| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 939,928:1 | +C | 10.0% | coding (5697/18933 nt) | PP_0806 ← | surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 939,928 | 1 | . | C | 10.0% | 125.2 / 11.3 | 40 | coding (5697/18933 nt) | PP_0806 | surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (20/16); new base C (2/2); total (22/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
GAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTGACTTGAAGCACCTCGCCGTCTATCTGTGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAG > NC_002947/939782‑940077 | gAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTGACTTGAAGCACCTCGCCGTCTATCTGTGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑Gtg < 2:500249/150‑1 (MQ=255) aGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTGACTTGAAGCACCTCGCCGTCTATCTGTGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑Gtgc > 1:750429/1‑150 (MQ=255) tgccGCATCGGTGGCCGTGACTTGAAGCACCTCGCCGTCTATCTGTGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTc < 1:677631/150‑1 (MQ=255) tCGGTGGCCGTGACTTGAAGCACCTCGCCGTCTATCTGTGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCgg > 1:315478/1‑150 (MQ=255) cGTGACTTGAAGCACCTCGCCGTCTATCTGTGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGAc > 2:218429/1‑150 (MQ=255) tGACTTGAAGCACCTCGCCGTCTATCTGTGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCa < 1:446424/150‑1 (MQ=255) ttGAAGCACCTCGCCGTCTATCTGTGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGt < 2:694804/141‑1 (MQ=255) ttGAAGCACCTCGCCGTCTATCTGTGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGt > 1:694804/1‑141 (MQ=255) ttGAAGCACCTCGCCGTCTATCTGTGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGACCCAACTATCGGGC‑CCCCCGCACAGATATTGCGGTGATCGGCCGGCCACCGTCCG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCt > 1:278181/1‑150 (MQ=9) gCACCTCGCCGTCTATCTGTGGCGGGGCAAGGGTGATGCTGAAGCAGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGGGACCACGCTGCCGt > 1:583116/1‑150 (MQ=255) cGTCTATCTGTGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGa < 1:605393/150‑1 (MQ=35) gCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTtcgg > 2:794873/1‑150 (MQ=35) cGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGGCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTg < 2:848147/150‑1 (MQ=25) gAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGc > 2:25432/1‑150 (MQ=35) gggTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCgg > 1:507513/1‑150 (MQ=35) cTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCg < 1:218429/150‑1 (MQ=35) tGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCgg < 1:25432/150‑1 (MQ=35) gAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGt > 2:180113/1‑150 (MQ=35) 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2:507513/150‑1 (MQ=32) cccAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGGGGGCAGc > 1:346093/1‑150 (MQ=17) cccAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGGGATTTGGGTGGGCAGc > 1:188309/1‑150 (MQ=17) ccAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCACGGGCGGTGATATCCGGTGCTGTGATTTGGGTGGGCAGCg > 2:400989/1‑150 (MQ=17) cAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTAAG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGTCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGa > 1:699900/1‑150 (MQ=17) g‑tggtgCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGATGATATCcggtgcggt > 1:690866/1‑125 (MQ=18) g‑tggtgCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGATGATATCcggtgcggt < 2:690866/125‑1 (MQ=18) tggtgCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAacac < 1:639389/150‑1 (MQ=32) tggtgCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAacac > 2:725208/1‑150 (MQ=32) ccGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGt > 1:210801/1‑104 (MQ=33) ccGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGt < 2:210801/104‑1 (MQ=33) ccgggcAGCAC‑CGTACGCGTGCTGGCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCcggtgcgg > 2:776812/6‑112 (MQ=11) ccgggcAGCAC‑CGTACGCGTGCTGGCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCcggtgcgg < 1:776812/107‑1 (MQ=11) cgggCAGCAC‑CGTACGCGTGCTGGCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCaa > 1:400435/1‑150 (MQ=11) gggcAGCAC‑CGTACGCGTGCTGGCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAAt < 2:400435/147‑1 (MQ=11) ggcCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAAt < 2:750429/150‑1 (MQ=32) tACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTc < 2:315478/150‑1 (MQ=32) g‑gTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCcag < 2:583116/150‑1 (MQ=17) | GAGGCGTTGCCTGCCGCATCGGTGGCCGTGACTTGAAGCACCTCGCCGTCTATCTGTGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAGCTGCCGGTAGCGCCAACTATCACGCTACCCAGCACAG‑TGGTGCCGTCGGCGGCCAGCACGCGTACG‑GTGCTGCCCGGTTCGGCGCGGCCGGTGACCACGCTGCCGTCGGCATTGATCACCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATATCCGGTGCGGTGATTTGGGTGGGCAGCGAGGAAACACCGCCGTCATCAATGGCCACCACGTCCAG > NC_002947/939782‑940077 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |