| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,444,098:1 | +G | 13.8% | coding (95/948 nt) | PP_1262 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,444,098 | 1 | . | G | 13.8% | 95.1 / 11.9 | 29 | coding (95/948 nt) | PP_1262 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (12/13); new base G (2/2); total (14/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
GGCCTCGGCTTCTTCGACGTAGGTAAGAATCTGTTCGCAACGCATCAGGTAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCAATGCGGCGGGTGGTACGGTTGAGCAGCCTTGTTTGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGA > NC_002947/1443950‑1444246 | ggCCTCGGCTTCTTCGACGTAGGTAAGAATCTGTTCGCAACGCATCAGGTAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCAATGCGGCGGGTGGTACGGTTGAGCAGCCTTGTTTGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGt‑t < 1:269868/150‑1 (MQ=255) cttcttCGACGTAGGTAAGAATCTGTTCGCAACGCATCAGGTAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCAATGCGGCGGGTGGTACGGTTGAGCAGCCTTGTTTGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGT‑TCGCggtgg < 1:682301/150‑1 (MQ=255) cGCAACGCATCAGGTAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCAATGCGGCGGGTGGTACGGTTGAGCAGCCTTGTTTGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAg > 1:214696/1‑150 (MQ=255) 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ggTTGGAGACCGCCCGCGACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGa < 2:621402/140‑1 (MQ=255) ggTTGGAGACCGCCCGCGACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGa > 1:621402/1‑140 (MQ=255) gTTGGAGACCGCCCGCGACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATgg > 2:667257/1‑119 (MQ=255) gTTGGAGACCGCCCGCGACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATgg < 1:667257/119‑1 (MQ=255) ccgcccgcGACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGt < 1:497789/150‑1 (MQ=255) cgcgACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACtt < 1:829929/150‑1 (MQ=255) cgcgACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACtt > 2:522988/1‑150 (MQ=255) t‑tCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAaga > 2:234908/1‑149 (MQ=255) t‑tCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAaga < 1:234908/149‑1 (MQ=255) | GGCCTCGGCTTCTTCGACGTAGGTAAGAATCTGTTCGCAACGCATCAGGTAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCAATGCGGCGGGTGGTACGGTTGAGCAGCCTTGTTTGCAGATGGGCTTCCAGGTTGGAGACCGCCCGCGACACGT‑TCGCGGTGGTCGTATCCAGTTGCGCCGCAGCGGCAGTGAAGCTGCCGAGTTGGGCTACGCAACTGAAAGCACGCATGTTTTGCAGGGTGTCCATGGGTCACTCTCGAGGTAGAGGACAAAATTGTGTCACGAAGTAACTTGGAAAAGA > NC_002947/1443950‑1444246 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |