| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,698,856:1 | +C | 10.8% | coding (562/1014 nt) | cheBC → | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,698,856 | 1 | . | C | 10.8% | 130.8 / 11.2 | 37 | coding (562/1014 nt) | cheBC | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (20/13); new base C (2/2); total (22/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
AGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATG > NC_002947/1698709‑1699003 | aGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCAtg‑tg < 2:210561/150‑1 (MQ=255) ggTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCA‑CATGCTGGACCa < 1:340620/150‑1 (MQ=255) gCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGgtg > 2:831079/1‑150 (MQ=255) gCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGc > 1:224194/1‑150 (MQ=255) gCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCCGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGcc > 1:259101/1‑150 (MQ=255) ttCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGa > 2:465362/1‑150 (MQ=255) cgccgcGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTc < 2:259101/150‑1 (MQ=255) gTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAgcagcgc < 1:465362/150‑1 (MQ=255) ggCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCA‑CATGCTGGACCAg < 2:286753/106‑1 (MQ=255) ggCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCA‑CATGCTGGACCAg > 1:286753/1‑106 (MQ=255) gCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGc < 2:175000/150‑1 (MQ=255) gggTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGc > 1:176148/1‑150 (MQ=255) caCTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAAc > 2:550843/1‑150 (MQ=255) tCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAAccgc > 2:208730/1‑150 (MQ=255) gAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAAccgccg > 1:739748/1‑150 (MQ=255) tgctCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAg < 1:831079/150‑1 (MQ=255) ctCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATgg > 2:300734/1‑79 (MQ=255) ctCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATgg < 1:300734/79‑1 (MQ=255) tCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCg > 1:359101/1‑132 (MQ=255) tCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCg < 2:359101/132‑1 (MQ=255) 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aGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCgg < 1:713346/150‑1 (MQ=255) cGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGTCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTa < 1:422241/150‑1 (MQ=255) cGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGGGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTa > 1:412919/1‑150 (MQ=255) tCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTaccaa < 1:651508/150‑1 (MQ=255) ccGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGcc > 1:274386/1‑99 (MQ=255) ccGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGcc < 2:274386/99‑1 (MQ=255) cATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAg > 1:252704/1‑116 (MQ=255) cATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAg < 2:252704/116‑1 (MQ=255) accTGGTCCA‑CATGCTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGACACCGTCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTCGCCGGCACCAAACCCCACATTCGcc > 1:270390/3‑150 (MQ=255) gCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCt < 2:176148/150‑1 (MQ=255) cAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAg > 1:187037/1‑150 (MQ=255) gCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGaa > 1:710189/1‑150 (MQ=255) aTG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATg < 2:739748/150‑1 (MQ=255) | AGGTCGGTGGCTGCACCGCTGCGCGAGGCTTCCCAGCGCCGCGGGTTGGTGGCAATCGGGTCTTCGGCGGGTGGCCCGGCAGCACTCGAAGTGCTGCTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATG > NC_002947/1698709‑1699003 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |