| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,941,599:1 | +G | 13.9% | coding (788/912 nt) | PP_2574 → | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,941,599 | 1 | . | G | 13.9% | 115.2 / 15.9 | 36 | coding (788/912 nt) | PP_2574 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (17/14); new base G (3/2); total (20/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
CGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCTGAAGTGAGCACGCCATGCCACCCC > NC_002947/2941450‑2941740 | cGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGa < 1:510642/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATG‑TCGAGCATTGcca < 1:171402/150‑2 (MQ=255) gAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCggatgc > 1:229142/1‑146 (MQ=255) tCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGggc < 1:368383/150‑1 (MQ=255) gTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTgg > 1:343447/1‑128 (MQ=255) gTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTgg < 2:343447/128‑1 (MQ=255) gatcgaGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTg < 1:343847/150‑1 (MQ=255) cgaGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGtt > 1:255139/1‑150 (MQ=255) agaTGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGa < 1:256872/150‑1 (MQ=255) tGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGc < 2:390825/150‑1 (MQ=255) ggtcggtcAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGAc < 2:543428/150‑1 (MQ=255) tcggtcAGGGTTTCAGTTTTTCGTTTCTGGTGACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGGAGCGAGTCCAGCTGACCa > 2:527158/1‑150 (MQ=255) gtcAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAAc > 1:199759/1‑150 (MQ=255) aaGGGTTTCGGTTGTTCGTTGCTGGTACCCCGTCCGAACTCGGAAAACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCAGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGATGCGGCGTCGTTGAAGCGAGTATAGATGACCAAACCg < 2:569872/149‑1 (MQ=255) tttCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGa > 1:169665/1‑127 (MQ=255) tttCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGa < 2:169665/127‑1 (MQ=255) gTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAg < 1:504795/116‑1 (MQ=255) gTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAg > 2:504795/1‑116 (MQ=255) gTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGa < 1:631788/150‑1 (MQ=255) ccGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGa > 1:362028/1‑150 (MQ=255) acCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTcc < 2:803333/148‑1 (MQ=255) acCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTcc > 1:803333/1‑148 (MQ=255) acCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCTg > 1:422941/1‑150 (MQ=255) ggCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCTGAAGTGAGCa > 1:74207/1‑150 (MQ=255) ggCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCTGAAGTGAGCa > 2:219961/1‑150 (MQ=255) ggCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGAGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGGTGTTCGTGGCGTTTTGTCGGGAAGATCCGGCGAAGTTCCTGAAGTGAGCa > 1:502388/1‑150 (MQ=255) tcggCAATG‑TCGAGCATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCTGAAGTGAGCACGCCa > 1:679424/3‑146 (MQ=255) tcggCAATG‑TCGAGCATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCTGAAGTGAGCACGCCa < 2:679424/144‑1 (MQ=255) tcggCAATG‑TCGAGCATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCTGAAGTGAGCACGCCATGcc > 1:360062/3‑150 (MQ=255) tcggCAATG‑TCGAGCATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCCGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCTGAAGTGAGCACGCCATGcc > 1:725396/3‑150 (MQ=255) cTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCTGAAGTGAGCACGCCATGcc > 1:579817/1‑150 (MQ=255) cAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCAGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCTGAAGTGAGCACGCCCTGCCAccc < 2:229142/150‑1 (MQ=255) aaTGCTCGA‑CATTGCCGAGCAGGTGGCGCTGGCGGAGGTGACTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTAAAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTGGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGATGGCGAAGTTCCTGAAGTGAGCACGCCATGCCAcccc > 2:274302/1‑150 (MQ=255) tCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTc > 1:701704/1‑99 (MQ=255) tCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTc < 2:701704/99‑1 (MQ=255) tCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCt < 1:65798/121‑1 (MQ=255) tCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCt > 2:65798/1‑121 (MQ=255) | CGAGATGGGCCTGGCACCGAACATCGTCTTCAGTTCACCGTCGATCGAGATGGTGCGCGGCATGGTCGGTCAGGGTTTCGGTTTTTCGTTGCTGGTAACCCGTCCGCACTCGGAATACACCTATGACGGCCAACGCCTGGCAATGCTCGA‑CATTGCCGAGCCGGTGGCGCTGTCGGGGCTGGCTGCGGCGTGGTTGAAGCGAGTCCAGCTGACCAAACCGGCGCAGTTGTTCGTGGAGTTTTGTCGGGAAGAGCTGGCGAAGTTCCTGAAGTGAGCACGCCATGCCACCCC > NC_002947/2941450‑2941740 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |