| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,072,822:1 | +T | 15.4% | coding (685/1308 nt) | mdtA ← | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,072,822 | 1 | . | T | 15.4% | 154.3 / 29.3 | 52 | coding (685/1308 nt) | mdtA | multidrug transporter membrane fusion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (21/23); new base T (4/4); total (25/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
GGTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCT > NC_002947/4072673‑4072965 | ggTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAgcgc < 1:791173/150‑1 (MQ=255)ggTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAgcgc > 1:348937/1‑150 (MQ=255) gATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑ggtg < 2:348937/150‑1 (MQ=255) gATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑ggtg < 1:658314/150‑1 (MQ=255) ttGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑ggtggt > 1:112108/1‑150 (MQ=255) tGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAACGTGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACC‑GCGCTGgtggtg < 2:120398/150‑1 (MQ=255) tGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTggcgg > 2:823457/1‑150 (MQ=255) aCCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGccac > 1:85748/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACC‑GCGCTGgtggtgat < 2:58286/129‑3 (MQ=255) ccAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACC‑GCGCTGgtggtgat > 1:58286/1‑127 (MQ=255) cAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACC‑GCGCTGgtggtga < 2:598753/127‑2 (MQ=255) cAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACC‑GCGCTGgtggtga > 1:598753/1‑126 (MQ=255) aGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCa < 2:85748/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGtt > 1:771909/1‑120 (MQ=255) cGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGtt < 2:771909/120‑1 (MQ=255) gCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGgc > 1:521708/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAg < 2:568571/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCCCAGTGCTCAGTGGGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGTTGGCGTTGCCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAgg < 2:274455/150‑1 (MQ=255) ggCGCCACTGCGGTGGCGCGCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCCCCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGcc < 1:84780/150‑1 (MQ=255) ggCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGcc < 2:521708/150‑1 (MQ=255) aCTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACg > 2:799850/1‑150 (MQ=255) ggTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCGGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCAc < 1:823457/150‑1 (MQ=255) gcgcTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGAt < 1:550410/150‑1 (MQ=255) cAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCa > 1:740608/1‑139 (MQ=255) cAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCa < 2:740608/139‑1 (MQ=255) aGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGAt < 1:799850/150‑1 (MQ=255) tCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCCGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCAAGAACGAGCTAGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCAggg > 2:623636/1‑150 (MQ=255) tCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTggg > 1:62726/1‑150 (MQ=255) tCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTggg > 1:105951/1‑150 (MQ=255) ttCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGaa > 1:288542/1‑150 (MQ=255) cGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAAt < 2:773673/150‑1 (MQ=255) tttCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATggg < 1:166345/127‑1 (MQ=255) tttCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATggg > 2:166345/1‑127 (MQ=255) tttCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTgg < 2:654930/140‑1 (MQ=255) tttCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTgg > 1:654930/1‑140 (MQ=255) tttCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGa < 1:623636/150‑1 (MQ=255) ttCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGc > 2:212302/1‑86 (MQ=255) ttCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGc < 1:212302/86‑1 (MQ=255) ttCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTCGTGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAg < 1:794479/150‑1 (MQ=255) cGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAACCGAGGtt < 2:105951/150‑1 (MQ=255) ggCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAg > 1:242260/1‑146 (MQ=255) ggCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAg < 2:242260/146‑1 (MQ=255) aGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAgg > 2:31422/1‑150 (MQ=255) ggCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGcgtc > 1:664049/1‑150 (MQ=255) gTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGAc > 2:304625/1‑150 (MQ=255) gTTGATCGGCCAGGTCTGGGTACTCACCACCAGAGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGCTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCAGTACATTGGCACACGGTTCTGCGTGAAAGCGAGGTTCAGGCGGGCGTGGTTGAc < 2:120647/150‑1 (MQ=255) ttGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGAcc > 1:456390/1‑150 (MQ=255) ggCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGAcagcaagc < 2:771574/150‑8 (MQ=255) gggTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCt < 2:664049/150‑1 (MQ=255) gacaccacC‑GCGCTGGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGc > 1:751702/3‑64 (MQ=37) gacaccacC‑GCGCTGGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGc < 2:751702/62‑1 (MQ=37) tCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCa < 2:288542/150‑1 (MQ=255) caccacC‑GCGCTGGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGACTGATTGGATTTGACCAg > 2:832316/1‑150 (MQ=255) accaccAGCGC‑GGTGGCGTAGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGc > 2:780120/1‑150 (MQ=255) ccaccaGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCa < 2:563618/147‑1 (MQ=255) ccaccaGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCa > 1:563618/1‑147 (MQ=255) ccaGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCt > 2:414531/1‑150 (MQ=255) cgc‑gGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGa < 2:504216/116‑1 (MQ=255) cgc‑gGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGa > 1:504216/1‑116 (MQ=255) | GGTGGATTGCAGCTTGCTGTCACCGCGGTCCCAGGCCTCGACCGGCAGGCTGGCGCCACTGCGGTAGCGCTCCAGCACAGTGCTCAGTTCGGTTTCCGGCAGGGTGAAGGCGACGTTGATCGGCTCGGTCTGGGTGATCACCACCAGCGC‑GGTGGTGTCGTTGGCGGCCACCAGGTTGCCCAGATCGAGCTGGCGCAGGCCCACACGGCCACTGATGGGCGCACGGATCTGGGTGAAATCGAGGTTCAGGCGGGCGTCGTTGACCTGTGCCTGATTGGTCTTGACCAGCCCCT > NC_002947/4072673‑4072965 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |