| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 382,128:1 | +C | 11.1% | coding (420/1626 nt) | PP_0317 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 382,128 | 1 | . | C | 11.1% | 124.5 / 10.7 | 36 | coding (420/1626 nt) | PP_0317 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (15/17); new base C (2/2); total (17/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
ATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACGGTCGATCTGGCTGT > NC_002947/381993‑382273 | aTACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGGCCGATC‑GCCTggat < 2:7262/150‑3 (MQ=255) aCTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCa < 2:666799/150‑1 (MQ=255) gtggCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGGCCGATC‑GCCTggatga < 2:333100/127‑5 (MQ=255) gtggCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGGCCGATC‑GCCTggatga > 1:333100/1‑123 (MQ=255) tCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTg < 2:332631/150‑1 (MQ=255) gtgtTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGc > 2:80066/1‑150 (MQ=255) aTGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGa < 1:348585/150‑1 (MQ=255) tACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTa < 2:565574/150‑1 (MQ=255) gtCCATGCCCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCAAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGAGGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGaa < 1:69131/150‑1 (MQ=255) tCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGGGTTGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAt < 1:567349/150‑1 (MQ=255) cATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGa > 1:364194/1‑125 (MQ=255) cATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGa < 2:364194/125‑1 (MQ=255) gACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGTATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAtgctgc < 1:80066/150‑1 (MQ=255) gACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAtgctgc < 1:552792/150‑1 (MQ=255) ccTTGTTGATCTGCTCGTAATTGTCCAGCAGGTCGCGGTTGAGAAGATTATGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTAGCTCAGTGTGCGCATGCGCAATTCCATCTGGCGGTACTCGTTTAGCAACTGCCAGTACTGGCCGCATGTGGCCt > 2:392583/1‑150 (MQ=255) ttgttgATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGt > 1:404113/1‑150 (MQ=255) gttgATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGGTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGAGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTtc < 2:179194/150‑1 (MQ=255) aTCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGGACTGGTTAAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTtcgtcg > 2:43203/1‑150 (MQ=255) tGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTcggcg > 2:212281/1‑150 (MQ=255) gCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTcggcgg > 1:499268/1‑150 (MQ=255) cTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCggcggc > 1:48483/1‑150 (MQ=255) gCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAgt > 2:32931/1‑60 (MQ=255) gCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAgt < 1:32931/60‑1 (MQ=255) ccAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTg < 2:48483/150‑1 (MQ=255) gTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGtt > 2:817387/1‑87 (MQ=255) gTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGtt < 1:817387/87‑1 (MQ=255) gTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGAGGAGCAGATCATTGGCAGGtc > 2:299015/1‑149 (MQ=255) tCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTcggcg > 2:121953/1‑129 (MQ=255) tCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTcggcg < 1:121953/129‑1 (MQ=255) aCGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAt < 2:462204/94‑1 (MQ=255) aCGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAAt > 1:462204/1‑94 (MQ=255) aTCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGt < 2:248477/133‑1 (MQ=255) aTCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGt > 1:248477/1‑133 (MQ=255) tCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACGGTCGATCTg > 1:719528/1‑146 (MQ=255) tCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACGGTCGATCTg < 2:719528/146‑1 (MQ=255) ccAGGCCGATC‑GCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTATTTTTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCCGCGACGATCATTGGCATGTAGGCCTGGCGTGCACGGTCGATCTGGCTGt > 1:484323/1‑150 (MQ=255) | ATACTGGTTGGCGGCTTTTTCGTTGGTGGCGCGAGTCTGGTCAGTGTTGATGCGTACCAAGGTGTCCATGACCTTGTTGATCTGCTCGGAGTTGGCCAGCAGGTCGCGGTTGAGCAGGTCACGCAATTCATCCAGG‑CGATCGGCCTGGCTCAGTGTGCGCATGCGCGATTCCAGCTGGCGGTACTGGTTGAGCAACTGACCGTACTGGTCGAATGCTGCCTGTTCGTCGGCGGCGACGATCATTGGCAGGTAGGCCTGGCGTGCACGGTCGATCTGGCTGT > NC_002947/381993‑382273 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |