| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 72,283 | T→A | 12.9% | D189V (GAC→GTC) | glyQ ← | glycine‑tRNA ligase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 72,283 | 0 | T | A | 12.9% | 77.2 / 5.3 | 31 | D189V (GAC→GTC) | glyQ | glycine‑tRNA ligase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/14); new base A (2/2); total (15/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
CCAGCTTGATCAGGCGGTTGGCTTCGCTTTCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGTGA > NC_002947/72134‑72418 | ccAGCTTGATCAGGCGGTTGGCTTCGCTTTCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGt > 1:221602/1‑150 (MQ=255)ccAGCTTGATCAGGCGGTTGGCTTCGCTTTCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGt > 2:47939/1‑150 (MQ=255) aGCTTGATCAGGCGGTTGGCTTCGCTTTCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCg < 2:221602/150‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTTCGCTTTCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAgg > 1:841659/1‑150 (MQ=255) ttCGCTTTCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTacac > 1:547154/1‑150 (MQ=255) ttCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAAGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATc < 1:450173/150‑1 (MQ=255) gTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGACGGcccgttc > 2:56265/1‑125 (MQ=255) gTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGACGGcccgttc < 1:56265/129‑5 (MQ=255) gaacagttcgaacagttTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGAt > 2:384650/1‑150 (MQ=255) acagttcgaacagttTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGt > 2:544354/1‑150 (MQ=255) ttcgaacagttTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACAt < 2:542007/150‑1 (MQ=255) gttTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCCGgc > 1:216586/1‑150 (MQ=255) cGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGc < 1:47939/150‑1 (MQ=255) ttGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGt < 2:841659/150‑1 (MQ=255) 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tGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGTGa < 2:817481/150‑1 (MQ=255) | CCAGCTTGATCAGGCGGTTGGCTTCGCTTTCGTAGAAATCGAACAGTTCGAACAGTTTGTCGACGTTTGCATGTTCAAAGTTGTAGGTCGACTGCTCCACCTCGTTCTGGTGGAACACGTCGCCATAGGTGACCTTGCCGAACGGGCCGTCGGCCCACACCAGGTCGTACACCGAATCGACGCCCTGGATGTACATGGCCAGGCGCTCCAGGCCGTAGGTGATTTCACCGGTGACCGGGTAGCACTCGATGCCGCCAACCTGCTGGAAGTAGGTGAACTGGGTGA > NC_002947/72134‑72418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |