Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 94,007 | G→A | 8.9% | G102S (GGC→AGC) | trpI → | HTH‑type transcriptional regulator TrpI |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 94,007 | 0 | G | A | 8.9% | 118.6 / 3.0 | 45 | G102S (GGC→AGC) | trpI | HTH‑type transcriptional regulator TrpI |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/17); new base A (2/2); total (26/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 |
GTTCGTCAAGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACC > NC_002947/93859‑94155 | gTTCGTCAAGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCggg > 2:404905/1‑150 (MQ=255) aGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCctgc < 1:777701/150‑1 (MQ=255) tCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTa > 2:446275/1‑150 (MQ=255) tCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTa < 2:569048/150‑1 (MQ=255) aagtggcaGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCGGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTc > 2:384531/7‑150 (MQ=255) tCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCcgc > 2:65933/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTgg > 2:91414/1‑150 (MQ=255) gCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTgggg < 2:103665/150‑1 (MQ=255) gTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGTGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAgg > 1:104555/1‑150 (MQ=255) gTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAgg > 2:342307/1‑150 (MQ=255) tCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGc > 1:283757/1‑150 (MQ=255) gcgcGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGa > 2:270728/1‑150 (MQ=255) gcgATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCACTCGGGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATCCACCGCCTGGGACGGTTGCAGGCGGAtt > 1:232498/1‑150 (MQ=255) cAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGtt > 1:168254/1‑111 (MQ=255) cAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGtt < 2:168254/111‑1 (MQ=255) aGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTAtt > 1:636594/1‑107 (MQ=255) aGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTAtt < 2:636594/107‑1 (MQ=255) ttCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGNGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCAc > 1:425962/1‑150 (MQ=255) gACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTg > 2:326625/1‑150 (MQ=255) aCCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGt < 1:326625/150‑1 (MQ=255) aCCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGt > 2:559801/1‑150 (MQ=255) cgcAGCGTGTGTTCCGAGCTCCGCCGTAATATAAGCGAGGCGCCATTCGTGCTTGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGTCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGt < 1:404905/150‑1 (MQ=255) cgcAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGt < 1:65933/150‑1 (MQ=255) tgtTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGAc < 2:478561/150‑1 (MQ=255) ttCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCt > 1:847441/1‑150 (MQ=255) ttCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCCCGAGCAGccca > 1:454703/1‑59 (MQ=255) ttCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCCCGAGCAGccca < 2:454703/61‑3 (MQ=38) ccGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCgcggcg > 2:490074/1‑150 (MQ=255) cGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGcggcgg > 2:614107/1‑150 (MQ=255) gtgAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCggg > 2:798314/1‑150 (MQ=255) tgAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGTTCTGCGGCGGCCCGGGc < 2:847441/150‑1 (MQ=255) gCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGTGTGCGTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTgg < 1:270728/150‑1 (MQ=255) gAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGAt < 2:283757/150‑1 (MQ=255) ggCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGc > 1:201244/1‑150 (MQ=255) gcgcCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGACAGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCg > 1:433867/1‑150 (MQ=255) gcCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGtt > 2:655367/1‑150 (MQ=255) aTTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCt > 1:117061/1‑150 (MQ=255) tCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTgg < 2:479042/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTTCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGgt < 2:117061/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGgt < 2:232498/150‑1 (MQ=255) gctgccCGAGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTAt < 2:257442/146‑1 (MQ=255) gctgccCGAGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTAt > 1:257442/1‑146 (MQ=255) ctgctCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGa < 1:446275/150‑1 (MQ=255) tgctCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAg < 1:614107/150‑1 (MQ=255) tCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCa > 2:714635/1‑150 (MQ=255) tCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCa > 1:227698/1‑150 (MQ=255) gggCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCAcc < 2:227698/150‑1 (MQ=255) | GTTCGTCAAGGACGGGCGTGGCATCAAACTCACAGATGCCGGTATGCGTCTGCGCGATGCCAGCGGTGAGGCCTTCGACCGGCTGCGCAGCGTGTGTTCCGAGCTCAGCCGTGATGTGAGCGAGGCGCCATTCGTGCTGGGCTGCTCGGGCAGCCTGCTGGCGCGGTGGTTTATTCCGCGGCTGGGGCGGTTGCAGGCGGATTTGCCTGAGCTGCGCTTGCACCTGTCGGCGGGTGAGGGCGACCTTGACCCGCGGCGGCCCGGGCTGGATGCGTTGCTGGTGTATGCCGAGCCACC > NC_002947/93859‑94155 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |