| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,014,899 | G→A | 10.0% | R449W (CGG→TGG) | PP_0875 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,014,899 | 0 | G | A | 10.0% | 105.0 / 3.6 | 40 | R449W (CGG→TGG) | PP_0875 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/18); new base A (2/2); total (20/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
GTGTTCTTGAACTGGGTGATGCTCATGACCGGTGGATCCTGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGAGGCCAGCTTGCCAGGCTCGATAGCGGGCGGTTGTCGAGCACCCAGGGTTGCGCCGTCAGTTCGTTGTGCTGGTTGAGGAT > NC_002947/1014754‑1015040 | gtgtTCTTGAACTGGGTGATGCTCATGACCGGTGGATCCTGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGggtccggtcc > 2:543732/1‑150 (MQ=255) tccTCATGACCGGTGTATCCTGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGga < 1:155708/148‑1 (MQ=255) aTGACCGGTGGATCCTGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATc > 2:313089/1‑150 (MQ=255) gTGGATCCTGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGt > 2:242871/1‑150 (MQ=255) tGGATCCTGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTa < 1:313089/150‑1 (MQ=255) tCCTGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGccc > 2:396066/1‑150 (MQ=255) ccTGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCcca < 1:147867/150‑1 (MQ=255) cTGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCccag > 1:178405/1‑150 (MQ=255) cTGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCccag > 1:251555/1‑150 (MQ=255) tGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAg < 2:707813/123‑1 (MQ=255) tGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAg > 1:707813/1‑123 (MQ=255) tGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCccagc < 2:251555/150‑1 (MQ=255) tGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCcaagc < 1:166181/150‑1 (MQ=255) gAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGCAGAGTGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAg > 1:188694/1‑150 (MQ=255) gAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCgg < 1:461600/150‑1 (MQ=255) gTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGAGGCCa > 2:27301/1‑150 (MQ=255) gCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACAGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGAGTTGTAAGCCAGGCAGCGGCAGGGCACTGGAGGCCAGc > 2:422595/1‑150 (MQ=255) aTGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGAGGCCAGCtt > 2:738839/1‑150 (MQ=255) ccTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGAGGCCAGCTTGCCAgg < 1:242871/150‑1 (MQ=255) ttCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGTGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGAGGCCAGCTTGCCAGGCt > 1:683735/1‑150 (MQ=255) 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aCTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGAGGCCAGCTTGCCAGGCTCGATAGCGGGCGGTTGTCGAGCACCCAGGGTTGCGCAGTCAGTTCGtt > 1:682657/1‑150 (MQ=255) gggTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGAGGCCAGCTTGCCAGGCTCGATAGCGGGCGGTGGCGGAGCACCCAGGGTTGCGCCGTCAGTTCGTTGTGCTgg > 1:7917/1‑150 (MQ=255) gggTTGGCGAGGGTCCAGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGa > 2:272858/1‑78 (MQ=255) gggTTGGCGAGGGTCCAGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGa > 2:272664/1‑78 (MQ=255) gggTTGGCGAGGGTCCAGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGa < 1:272858/78‑1 (MQ=255) gggTTGGCGAGGGTCCAGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGa < 1:272664/78‑1 (MQ=255) ggTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGAGGCCAGCTTGCCAGGCTCGATAGCGGGCGGTTGTCGAGCACCCAGGGTTGCGCCGTCAGTTCGTTGTGCTGGt < 1:27301/150‑1 (MQ=255) tgtctaGGGTCCGGTAATCGTGGAAGAGGATCTGTATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGAGGCCAGCTTGCCAGGCTCGATAGCGGGCGGTTGTCGAGCACCCAGGGTTGCGCCGTCAGTTCGTTGTGCTGGTTGa < 2:7917/145‑1 (MQ=255) ggCGAGTGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGAGGCCAGCTTGCCAGGCTCGATAGCGGGCGGTTGTCGAGCACCCAGGGTTGCGCCGTCAGTTCGTTGTGCTGGTTGAg < 2:683735/150‑1 (MQ=255) gAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGAGGCCAGCTTGCCAGGCTCGATAGCGGGCGGTTGTCGAGCACCCAGGGTTGCGCCGTCAGTTCGTTGTGCTGGTTGAGGAt < 1:151478/150‑1 (MQ=255) | GTGTTCTTGAACTGGGTGATGCTCATGACCGGTGGATCCTGTACGAGTGAAAAGGGAAGTCAGTGCATGAAGCCTTCCATGAAGTCCGCAACCGAGATGGCCAGGCGCCGCCTCCACGGTGCACTGGCGGGGTTGGCGAGGGTCCGGTCCTCGTGGACGAAGCTCTGGATGATCGCGTTGTAGCCCAGCCAGCGGCAGGGCTCGGGAGGCCAGCTTGCCAGGCTCGATAGCGGGCGGTTGTCGAGCACCCAGGGTTGCGCCGTCAGTTCGTTGTGCTGGTTGAGGAT > NC_002947/1014754‑1015040 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |