Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 122,485 | C→G | 12.1% | L158F (TTG→TTC) | PP_0116 ← | putative lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 122,485 | 0 | C | G | 12.1% | 82.8 / 3.0 | 31 | L158F (TTG→TTC) | PP_0116 | putative lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/16); new base G (2/2); total (13/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGCGCTTTTCCAGCAAAGTCTTCAGCCAAGGCGCATCCTCGGTGCGCGGTACCTGGAATACCACCTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGCCTTTTCCAGCTCGGCCTTGCGAGCCTGGGTCACGGCATCCCCGCCAGTGACCGCTGGCGCCTGCG > NC_002947/122345‑122633 | aCGCGCTTTTCCAGCAAAGTCTTCAGCCAAGGCGCATCCTCGGTGCGCGGTACCTGGAATACCACCTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGCCTTGAAGAccact < 2:748652/150‑2 (MQ=255) ccAGCAAAGTCTTCAGCCAAGGCGCATCCTCGGTGCGCGGTACCTGGAATACCACCTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGCCTTGAAGAccact > 1:335931/1‑139 (MQ=255) ccAGCAAAGTCTTCAGCCAAGGCGCATCCTCGGTGCGCGGTACCTGGAATACCACCTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGCCTTGAAGAccact < 2:335931/140‑2 (MQ=255) aGTCTTCAGCCAAGGCGCATCCTCGGTGCGCGGTACCTGGAATACCACCTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGt < 1:308771/150‑1 (MQ=255) gTCTTCAGCCAAGGCGCATCCTCGGTGCGCGGTACCTGGAATACCACCTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTc < 2:660651/150‑1 (MQ=255) gCCAAGGCGCATCCTCGGTGCGCGGTAACTGGAATACCACCTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCga < 1:827913/150‑1 (MQ=255) gcATCCTCGGTGCGCGGTACCTGGAATACCACCTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGt > 1:143654/1‑150 (MQ=255) gcATCCTCGGTGCGCGGTACCTGGAATACCACCTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGt < 2:360725/150‑1 (MQ=255) gcccgGTACCTGGTATGCCACCTCACACTGGTAACTCACCACATCGGAGGTTATTTCGTTCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGACGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGggctt < 2:415474/147‑1 (MQ=255) aTACCACCTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCtt > 1:227218/1‑150 (MQ=255) caccTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGggctt > 2:586411/1‑132 (MQ=255) caccTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGggctt < 1:586411/132‑1 (MQ=255) cccTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTTGCTTCGGCGGCTTTCAgc < 2:602202/149‑1 (MQ=255) acacTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGcgccgc > 2:802317/1‑150 (MQ=255) acTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTc > 1:398285/1‑71 (MQ=255) acTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTc < 2:398285/71‑1 (MQ=255) ggTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCg < 1:494915/109‑1 (MQ=255) ggTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCg > 2:494915/1‑109 (MQ=255) gTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTGGTCCGGTTGGCGGCGCGGCGCACGGCAGTCCGTGTTCTTGAAGGCCACCACGGGACTTGGCGATGTAGGGTGGATTATGCGTGCCTTGGGCTTGGGTTCGGGGGCTATCATCGCCACTTCAGc > 2:729277/1‑150 (MQ=255) tAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGcc < 2:227218/150‑1 (MQ=255) aTCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAACCTTTTCCAGCTc < 2:243443/150‑1 (MQ=255) gcAATGTAGTACTGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTAAATGGTCTTCAAGGACATCACGGTACTTGGCGCTGTCGGTTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGCCTTTTCCAGCTCGGCCTTg < 2:151659/150‑1 (MQ=255) tcCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGCCTTTTCCAGCTCGGCCTTGCGAGCCTgg < 1:802317/150‑1 (MQ=255) gcagcgcaCGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGggcttg < 2:367664/80‑1 (MQ=255) gcagcgcaCGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGggcttg > 1:367664/1‑80 (MQ=255) agcgcaCGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGCCTTTTCCAGCTCGGCCTTGCGAGCCTGGGTCACGGCATCCCCg > 1:114579/1‑150 (MQ=255) gcaCGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGCCTTTTCCAGCCCGGCCTTGCGAGCCTGGGTCACGGCATCCCCGCCa < 1:245120/150‑1 (MQ=255) ggCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGCCTTTTCCAGCTCGGCCTTGCGAGCCTGGGTCACGGCATCCCCGCCAGTGa > 2:54324/1‑150 (MQ=255) aGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGCCTTTTCCAGCTCGGCCTTGCGAGCCTGGGTCACGGCATCCCCGCCAGTGACCGCTgg > 2:431410/1‑150 (MQ=255) ttCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGCCTTTTCCAGCTCGGCCTTGCGAGCCTGGGTCACGGCATCCCCGCCa < 1:696208/132‑1 (MQ=255) ttCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGCCTTTTCCAGCTCGGCCTTGCGAGCCTGGGTCACGGCATCCCCGCCa > 2:696208/1‑132 (MQ=255) ttCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGCCTTTTCCAGCTCGGCCTTGCGAGCCTGGGTCACGGCATCCCCGCCAGTGACCGCTGGCGCCTGc > 2:531605/1‑150 (MQ=255) tccAAGCCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGGGGCTTTCAGCGCCGATTCAGCCTTTTCCAGCTCGGCCTTGCGAGCCTGGGTCACGGCATCCCGGCTAGTGACCGCTGGCGCCTGc < 2:130649/148‑1 (MQ=255) tCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGCCTTTTCCAGCTCGGCCTTGCGAGCCTGGGTCACGGCATCCCCGCCAGTGACCGCTGGCGCCTGCg < 2:114579/150‑1 (MQ=255) | ACGCGCTTTTCCAGCAAAGTCTTCAGCCAAGGCGCATCCTCGGTGCGCGGTACCTGGAATACCACCTCACACTGGTAACTCACCACATCGGCGGCAATGTCGTCCAGTTGGCGGCGCAGCGCACGGCTGTCAGTGGTCTTCAAGGCCACCACGGTACTTGGCGCTGTCGGGTCGATGATGCGTGCCTCGGGCTTGGCTTCGGCGGCTTTCAGCGCCGCTTCAGCCTTTTCCAGCTCGGCCTTGCGAGCCTGGGTCACGGCATCCCCGCCAGTGACCGCTGGCGCCTGCG > NC_002947/122345‑122633 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |