Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,049,192 | C→A | 11.4% | L137L (CTG→CTT) | PP_0907 ← | RND transporter membrane fusion protein‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,049,192 | 0 | C | A | 11.4% | 91.1 / 2.6 | 36 | L137L (CTG→CTT) | PP_0907 | RND transporter membrane fusion protein‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/17); new base A (2/2); total (16/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 |
TTTCTTGATCTTCTGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGATCCACGCCCTGCA > NC_002947/1049048‑1049340 | tttCTTGATCTTCTGCGCCTCAAGCGGCTCGACCCCCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTGGGCCTGGCCAAGGTc < 1:84115/150‑1 (MQ=255) tcttctGCTCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGTAAAGGCGGTCGAACTAGCCGCCGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCCAGCTGCCTCGTCCGAGGTCGACCTTGGCTCGTCCCAGGTGGGCTAggg > 2:159564/1‑150 (MQ=255) tcttctGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAggg < 2:690529/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGt > 1:566855/1‑98 (MQ=255) gTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGt < 2:566855/98‑1 (MQ=255) gaggaAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGt > 1:9787/1‑150 (MQ=255) aggaAAGGCGGTCGAACTCGCCGCAGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGtt < 1:293/150‑1 (MQ=255) gaAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCGCGAGCAGTTGc > 1:177174/1‑150 (MQ=255) gAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGAc < 2:289065/150‑1 (MQ=255) 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aaGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGAAGTTGCCCGGCATTGACCTGTTGGCCTGAGTAGAAGTGAAGAGATTTGACGATGCCTGCCACCTCCAgg < 2:9787/150‑1 (MQ=255) cGACCTGGGCCTGGCCAAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCa > 2:486771/1‑150 (MQ=255) gACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGAt > 1:811787/1‑129 (MQ=255) gACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGAt < 2:811787/129‑1 (MQ=255) ctggCCAAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGc < 2:594575/76‑1 (MQ=255) ctggCCAAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGc > 1:594575/3‑78 (MQ=255) ccAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGATCCACGCCCTGCa > 1:603549/1‑150 (MQ=255) acAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTGGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGATCCACGCCCTGCa > 2:585812/2‑150 (MQ=255) | TTTCTTGATCTTCTGCGCCTTAAGCTGCTCGACCACCGCCTGGTTGCGCCGGTACTGGGAGGAAAGGCGGTCGAACTCGCCGCGGGAGATGGCCGAATCGCCCACCAGCTGGCTGCCACGGCCGAAGTCGACCTTGGCCAGGCCCAGGTCGGCCAGGGCGGTACCGAGCAGGGCTGTTTCCTGATCGTCGTTGAGCTGCAAGAGCAGTTGCCCGGCCTTGACCTGTTGGCCTGAGTCGAAGTGCAGGGATTTGACGATGCCTTCCACCTCCAGGCTCAGATCCACGCCCTGCA > NC_002947/1049048‑1049340 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |