Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,078,309 | C→G | 12.9% | A55G (GCC→GGC) | maf → | septum formation protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,078,309 | 0 | C | G | 12.9% | 84.6 / 4.4 | 31 | A55G (GCC→GGC) | maf | septum formation protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/13); new base G (2/2); total (16/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
TTCAGGCTCGCCCCGTCGTCGTGAACTGCTGACGCAGATCGGCGTGCCGTTCATTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTGGCCATGCTGGCTGACCTGTCAGGCCGTGAGCACCAGGT > NC_002947/1078166‑1078453 | ttCAGGCTCGCCCCGTCGTCGTGAACTGCTGACGCAGATCGGCGTGCCGTTCATTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCt > 2:219769/1‑150 (MQ=255) ttCAGGCTCGCCCCGTCGTCGTGAACTGCTGACGCAGACCGGCGTGCCGACCAGTGTAAACAGCGCCACGGCAGACGGAAGTCCGCTACCCAGCGAGAGCGCCCCTGCCGGTGTCGAGGGCATGGACAGGGCAGAGGCCGCCGCCGGcat > 2:29603/1‑148 (MQ=255) tcagtgtCGCCCCGTCGTCGTGAACTGCTGACGCAGATCGGCGTGCCGTTCATTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAGGGCCGCCGCCGGCCTg < 1:29603/144‑1 (MQ=255) cAGGCTCGCCCCGTCGTCGTGAACTGCTGACGCAGATCGGCGTGCCGTTCATTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGGCGGCGGCCttt < 1:500173/150‑3 (MQ=255) ccccGTCGTCGTGAACTGCTGACGCAGATCGGCGTGCCGTTCATTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTc < 2:472580/150‑1 (MQ=255) ctgctgACGCAGATCGGCGTGCCGTTCATTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTGGACGGCCCGGCTGTa > 1:124246/1‑150 (MQ=255) gATCGGCGTGCCGTTCATTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTg > 2:766175/1‑115 (MQ=255) gATCGGCGTGCCGTTCATTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTg < 1:766175/115‑1 (MQ=255) ggCGTGCCGTTCATTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGac > 2:197650/1‑150 (MQ=255) cGTGCCGTTCATTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGacac > 1:681740/1‑150 (MQ=255) ttCATTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCgtg > 1:599546/1‑150 (MQ=255) aTTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCgtggtg > 1:526309/1‑150 (MQ=255) tcaGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATg > 2:665388/1‑150 (MQ=255) gTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTc < 1:219769/150‑1 (MQ=255) cccGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTAt > 1:849013/1‑150 (MQ=255) tGAATCTCCGCTACCCAGCTAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCGCGATGGTCGTATTCTCGGCaa > 2:440810/1‑150 (MQ=255) tctcCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCg > 1:606076/1‑150 (MQ=255) cGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGaaa > 1:778883/1‑150 (MQ=255) cccAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGCTGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGt < 2:526309/150‑1 (MQ=255) aGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGaa < 1:634596/150‑1 (MQ=255) gCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTCCCGTGGTCCTCCATGGTCGTATTCTCGGCACACCGCAAAACCCTGAAg > 2:51803/1‑150 (MQ=255) ccccTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTgg < 1:431167/150‑1 (MQ=255) cccTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTGGc < 1:197650/150‑1 (MQ=255) cccTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTGGc < 1:388884/150‑1 (MQ=255) aCGTCGAGCGCCTGGCCCGGTCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTAAGGGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATCGTCGTCTTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTGGCCATgctgg < 2:346029/150‑1 (MQ=255) cGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTGGCCATGCTGGCTGa < 2:599546/150‑1 (MQ=255) gAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTGGCCATGCTGGCTGAc < 2:778883/150‑1 (MQ=255) gCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTGGCCATGCTGGCTGACCTGTCAGGc < 1:307245/150‑1 (MQ=255) tgaccaGGCCGGCGGCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTgg > 2:823817/6‑122 (MQ=255) tgaccaGGCCGGCGGCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTgg < 1:823817/117‑1 (MQ=255) accaGGCCGGCGGCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTGGCCATGCTGGCTGACCTGTCAGGCCGTGAGc > 1:400929/4‑150 (MQ=255) cgccgccgGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTGGCCATGCTGGCTGACCTGTCAGGCCGTGAGCACCAGGt < 2:599393/150‑1 (MQ=255) gccgGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCgg > 2:273144/1‑80 (MQ=255) gccgGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCgg < 1:273144/80‑1 (MQ=255) | TTCAGGCTCGCCCCGTCGTCGTGAACTGCTGACGCAGATCGGCGTGCCGTTCATTGTCATCAGTGCCCCGGTCGATGAATCTCCGCTACCCAGCGAAAGCGCCCCTGCCTACGTCGAGCGCCTGGCCCGGGCAAAGGCCGCCGCCGGCCTGGTCAGTGTCGACGGCCCGGCTGTAGTGCTCGGCGCAGACACTGCCGTGGTGCTCGATGGTCGTATTCTCGGCAAACCGGAAAACCGTGAAGATGCCTTGGCCATGCTGGCTGACCTGTCAGGCCGTGAGCACCAGGT > NC_002947/1078166‑1078453 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |