Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,143,873 | T→C | 7.8% | W335R (TGG→CGG) | arcD‑II → | arginine/ornithine antiporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,143,873 | 0 | T | C | 7.8% | 146.3 / 2.1 | 52 | W335R (TGG→CGG) | arcD‑II | arginine/ornithine antiporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/23); new base C (2/2); total (27/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
GCCTCGGCCTGGCGGTCTCGCTGCTTGGCGCCTTGCTTTCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTGGTCTGCGGCCTATGCCGTGCTGCTGGCGATGCGCG > NC_002947/1143727‑1144020 | gCCTCGGCCTGGCGGTCTCGCTGCTTGGCGCCTTGCTTTCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGc < 2:834162/150‑1 (MQ=255) ccTCGGCCTGGCGGTCTCGCTGCTTGGCGCCTTGCTTTCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCt > 1:679876/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTGGCGGTCTCGCTGCTTGGCGCCTTGCTTTCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGa > 2:781102/1‑150 (MQ=255) cGGTCTCGCTGCTTGGCGCCTTGCTTTCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCa < 2:679876/150‑1 (MQ=255) ggTCTCGCTGCTTGGCGCCTTGCTTTCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCAt < 1:367037/150‑1 (MQ=255) tcGCTGCTTGGCGCCTTGCTTTCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGAtt > 1:635952/1‑150 (MQ=255) ctgctTGGCGCCTTGCTTTCATGGGCAATTCTGCGAGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCACGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAg < 2:534773/150‑1 (MQ=255) gcCTTGCTTTCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCctg < 1:455851/150‑1 (MQ=255) ttGCTTTCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCctgctg > 2:631247/1‑150 (MQ=255) cTTTCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAg < 1:62409/135‑1 (MQ=255) cTTTCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAg > 2:62409/1‑135 (MQ=255) tCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACg > 1:845157/1‑150 (MQ=255) ttGGGTGCTGTTGTTTGCCGAAATCCTTTACGCCATGGCGCGGTACAAGACCATGCCGCGTTTTCTGGCCAAGGAAAACGCTAATCATGTGCCGGCTAACGCCTTGTGGTTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCt < 2:211331/149‑1 (MQ=255) aTGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACGAGACCATGCCGCGCTTTCTGGACAAGGACAACGCCCACCATGGGCTGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCt > 2:844183/1‑150 (MQ=255) gctgctGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCGGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTtctc < 1:781102/150‑1 (MQ=255) tgctgTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAAc > 2:693663/1‑110 (MQ=255) tgctgTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAAc < 1:693663/110‑1 (MQ=255) tgctgTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTc < 2:729781/128‑1 (MQ=255) tgctgTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTc > 1:729781/1‑128 (MQ=255) cGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGCGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCt < 1:343329/132‑1 (MQ=255) cGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGCGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCt > 2:343329/1‑132 (MQ=255) cGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGCGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCt < 1:343290/132‑1 (MQ=255) cGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGCGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCt > 2:343290/1‑132 (MQ=255) aTCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGa > 1:97948/1‑121 (MQ=255) aTCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGa < 2:97948/121‑1 (MQ=255) cTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGt > 1:702502/1‑150 (MQ=255) aCGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCt > 1:840776/1‑116 (MQ=255) aCGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCt < 2:840776/116‑1 (MQ=255) aCGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTAc < 2:845157/150‑1 (MQ=255) cgcgGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTgg < 1:308124/150‑1 (MQ=255) gACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGAAACAGTGCATGAGTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCg > 1:530946/1‑150 (MQ=255) aCAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACg > 1:350576/1‑104 (MQ=255) aCAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACg < 2:350576/104‑1 (MQ=255) aCAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGt < 1:36264/150‑1 (MQ=255) aaGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGACAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGGGGCTGACCAACTGCAGGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCAATATCAGGACGTACACCAGTCTGATCTCCCTGGCCTCGTCa > 1:225482/1‑150 (MQ=255) aCCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATg > 1:355782/1‑150 (MQ=255) cATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGAt > 1:628154/1‑150 (MQ=255) cATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGAt > 2:706340/1‑150 (MQ=255) ccGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGa > 2:4707/1‑70 (MQ=255) ccGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGa < 1:4707/70‑1 (MQ=255) aaGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTgg < 1:161548/150‑1 (MQ=255) aaGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGATTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTgg > 2:658187/1‑150 (MQ=255) gCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTGGTCTGCGGcc > 2:352665/1‑150 (MQ=255) aaCCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTGGTCTGCGGCCTAt > 1:768629/1‑150 (MQ=255) tgtgCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTGGTCTGCGGCCTATGCCGt < 2:702502/150‑1 (MQ=255) gCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTGGTCTGCGGCCTATGCCGTGctgctg > 2:302255/1‑150 (MQ=255) cTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTGGTCTGCGGCCTATGCCGTGCTGCTgg < 1:352665/150‑1 (MQ=255) cTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTGGTCTGCGGCCTATGCCGTGCTGCTgg < 2:530946/150‑1 (MQ=255) aCGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATc < 2:177234/83‑1 (MQ=255) aCGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATc > 1:177234/1‑83 (MQ=255) ccTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTGGTCTGCGGCCTATGCCGTGCTGCTGGCGATgcg > 2:96283/1‑150 (MQ=255) cTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCTGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTGGTCTGCGGCCTATGCCGTGCTGCTGGCGATgcgc < 1:844183/150‑1 (MQ=255) tgtgGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTGGTCTGCGGCCTATGCCGTGCTGCTGGCGATgcgcg > 1:815584/1‑150 (MQ=255) | GCCTCGGCCTGGCGGTCTCGCTGCTTGGCGCCTTGCTTTCATGGGCGCTGCTGTGTGCCGAAATCCTTTACGCCACGGCGCGGGACAAGACCATGCCGCGCTTTCTGGCCAAGGAAAACGCCAACCATGTGCCGGCTAACGCCCTGTGGCTGACCAACTGCATGATTCAGGGTTTCCTGCTGATTACGCTGTTCTCCGCCGGTACGTACACCAGTCTGATCTACCTGGCCTCGTCAATGATCCTGGTGCCCTACCTGTGGTCTGCGGCCTATGCCGTGCTGCTGGCGATGCGCG > NC_002947/1143727‑1144020 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |