| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,148,802 | A→C | 15.9% | L150R (CTT→CGT) | PP_1007 ← | transmembrane sensor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,148,802 | 0 | A | C | 15.9% | 97.9 / 12.0 | 44 | L150R (CTT→CGT) | PP_1007 | transmembrane sensor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/16); new base C (3/4); total (24/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CTCGGGGACCTGGAAGTAAGCCTCGCCCTGTAGCAGGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGGCGCCCGCGCCATGACCTGCGTTGCTGCTGGTGCATGTGCGTGGCCACCT > NC_002947/1148654‑1148949 | cTCGGGGACCTGGAAGTAAGCCTCGCCCTGTAGCAGGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAg < 1:38311/150‑1 (MQ=255) gggACCTGGAAGTAAGCCTCGCCCTGTAGCAGGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAggtgg < 1:224582/150‑1 (MQ=255) gACCTGGAAGTAAGCCTCGCCCTGTAGCAGGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCTTACGGTGGTc < 2:534007/150‑1 (MQ=255) ggAAGTAAGCCTCGCCCTGTAGCAGGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCt < 2:337821/150‑1 (MQ=255) aaGTAAGCCTCGCCCTGTAGCAGGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCAGGCCGACCACCTTACGGTGGTCGGcgagc < 2:300510/150‑5 (MQ=255) aaGGAAGCGTCGCCCTGTCGCAGCAGGGCGACCTGGCGGTCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCTTACGGTGGTCGGcgagc < 2:157749/150‑5 (MQ=255) ccTCGCCCTGTAGCAGGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCAGAATTCGTCTTGCGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGGTGTAGTCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCa > 2:312793/1‑150 (MQ=255) tCGCCCTGTAGCAAGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGGGTTGAGCAGCACTTTTGCGACGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCCACCACCGTAAGGTGGTCCGCCTGAAGCCTCATg > 2:108427/1‑150 (MQ=255) cGCCCTGTAGCAGGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATgg < 1:128124/150‑1 (MQ=255) cGCCCTGTAGCAGGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATgg < 2:507893/150‑1 (MQ=255) cccTGTAGCAGGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGc < 2:13948/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTAc > 1:617004/1‑150 (MQ=255) gggcgACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACgg > 1:67870/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGGCCGTACTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATa > 1:173535/1‑150 (MQ=255) ggcggcCGTCCTGGCGTTAGCTGGCGAATGCAGAATTGGTGTTGAGCAGCACGTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGcc > 2:226688/1‑150 (MQ=255) gcCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGAc > 1:280388/1‑150 (MQ=255) cTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACcagcag > 2:640061/1‑150 (MQ=255) cGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTg > 1:559173/1‑150 (MQ=255) 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agcagcACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTg > 2:495482/1‑150 (MQ=255) cagcaCTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTgcg > 1:611451/1‑150 (MQ=255) cagcaCTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTgcg > 1:806577/1‑150 (MQ=255) cagcaCTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTgcg > 2:289433/1‑150 (MQ=255) cagcaCTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTgca > 1:79403/1‑149 (MQ=255) agcaCTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTgcgc < 2:806577/150‑1 (MQ=255) ttttGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGgcg > 1:350051/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCTTACGGTGGTc < 1:666885/55‑1 (MQ=37) ttGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCTTACGGTGGTc > 2:666885/1‑55 (MQ=37) aGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGGCGCCCGCGCCATGACCTGCGTtgc < 1:620208/150‑1 (MQ=255) gctggcgctCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGGCGCCCGCGCCATGACCTGCGTTgctgct < 1:495482/150‑1 (MQ=255) gctCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGGCGCCCGCGCCATGACCTGCGTTGCTGCTGGTGCa > 1:712744/1‑150 (MQ=255) ggCCGACCACCTTACGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGGCGCCCGCGCCATGACCTGCGTTGCTGCTGGTGCAtgt > 2:342814/2‑150 (MQ=255) cGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGGCGCCCGCGCCATGACCTGCGTTGCTGCTGGTGCAtgt < 2:280388/150‑1 (MQ=255) gACCACCTTACGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCAGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGGCGCCCGCGCCATGACCTGCGTTGCTGCTGGTGCATGTGCGt > 2:349209/1‑150 (MQ=255) gACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGTTTTCCAGTGa < 2:674665/100‑1 (MQ=255) gACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGTTTTCCAGTGa > 1:674665/1‑100 (MQ=255) gACCACCGTAAGGTGGGCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGGCGCCAGCGCCATGACCTGCGTTGCTGCTGGTGCCtgtcagt < 2:214597/150‑5 (MQ=255) accaccGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGGCGCCCGCGCCATGACCTGCGTTGCTGCTGGTGCATGTGCGTg > 2:215803/1‑150 (MQ=255) accGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGGCGCCCGCGCCATGACCTGCGTTGCTGCTGGTGCATGTGCGTGGcc < 1:640061/150‑1 (MQ=255) tAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAACAGCCCGACCAGCAGCATCGCCGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGGCGCCCCCGTGATGAGCGGCGTCGCATCGGGGGCACGGTCGTGGCCACCt < 2:76602/150‑1 (MQ=255) | CTCGGGGACCTGGAAGTAAGCCTCGCCCTGTAGCAGGCGGGCGACCTGGCGGCCGTCCTGGCGTTCGCTGGCGAATGCCGAATTGGTGTTGAGCAGCACTTTTGCGCCGTCTTCCAGTTGCAGGCGCTGGCGCTCGCCGACCACCGTAAGGTGGTCGGCCTGCAGGCGCATGGGCAGGTTACCGACGGTGAATAGCCCGACCAGCAGCAGCGCTGCGGTGGCCAGGGGTTTCCAGTGACTGCGCAGGCGCCCGCGCCATGACCTGCGTTGCTGCTGGTGCATGTGCGTGGCCACCT > NC_002947/1148654‑1148949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |