Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,183,462 | A→T | 8.5% | I310N (ATT→AAT) | mltF ← | membrane‑bound lytic murein transglycosylase F |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,183,462 | 0 | A | T | 8.5% | 132.9 / 2.5 | 45 | I310N (ATT→AAT) | mltF | membrane‑bound lytic murein transglycosylase F |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/20); new base T (2/2); total (23/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTACTTGGCGCCGCCCTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGGTGTAGGCGCCGACATAGCCAAGTACGTCGACATGGCCGTAGTAGCGGT > NC_002947/1183314‑1183609 | gTACTTGGCGCCGCCCTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAAt < 2:219383/150‑1 (MQ=255) tACTTGGCGCCGCCCTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATg < 1:71296/150‑1 (MQ=255) tACTTGGCGCCGCCCTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATg < 1:659146/150‑1 (MQ=255) aCTTGGCGCCGCCCTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATgg < 2:47106/150‑1 (MQ=255) ttGGCGCCGCCCTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCGTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCt < 2:203020/150‑1 (MQ=255) ttGGCGCCGCCCTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCt < 2:624206/150‑1 (MQ=255) gccgccCTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCcag > 2:715296/1‑150 (MQ=255) gccgccCTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCcag > 1:351321/1‑150 (MQ=255) cgccCTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGAGTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCcagca < 1:64638/150‑1 (MQ=255) cTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGCAGCCATTGGCTACca < 2:163758/143‑1 (MQ=255) cTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGCAGCCATTGGCTACca > 1:163758/1‑143 (MQ=255) tctGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGa > 1:188212/1‑150 (MQ=255) tctGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGa > 2:693738/1‑150 (MQ=255) gTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCATTGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTgg > 1:799371/1‑150 (MQ=255) gTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGATCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTa < 2:282238/150‑1 (MQ=255) cacGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCtt > 1:647971/1‑150 (MQ=255) cccATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAg > 1:664386/1‑150 (MQ=255) ggCGGTGGGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGGCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTa < 2:82411/150‑1 (MQ=255) ggCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTa > 1:99671/1‑150 (MQ=255) ggTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGTTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTACGCGACATAGGCGTAGATCTTGAAGTGCTTCTCGTACtt > 2:259682/1‑150 (MQ=255) cAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGc < 1:812200/75‑1 (MQ=255) cAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGc > 2:812200/1‑75 (MQ=255) gCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCa < 2:368419/88‑1 (MQ=255) gCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCa > 1:368419/1‑88 (MQ=255) gCATCATCAGGCCGCGCACACCGGACTTGGAGGCGGGTTCCGGCTGCCCCATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGtt > 1:203486/1‑150 (MQ=255) catcatCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTg < 1:823135/150‑1 (MQ=255) tcatcaGGCCGCGCACGCCGGTCTCGGGACAGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCa > 1:662849/1‑150 (MQ=255) atcaGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAgg < 2:647971/150‑1 (MQ=255) gCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGTTGCTg < 1:715296/150‑1 (MQ=255) ccGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCATTGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTgg < 2:799371/150‑1 (MQ=255) gCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGgt > 1:746779/1‑150 (MQ=255) cGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGgtgt > 1:779127/1‑150 (MQ=255) tGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGGTGTAGgcgc < 1:283167/150‑1 (MQ=255) gACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCAAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTNGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGGTGTAGGCGCCGACATa < 1:259682/150‑1 (MQ=255) ttCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGGTGTAGGCGCCGACATAGcc > 1:272189/1‑150 (MQ=255) cTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGGTGTAGGCGCCGACATAGCCAAGTAc > 2:772029/1‑150 (MQ=255) caTCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGATGGGCGAAGGTGTAGGCGCCGACATAGCCAAGTACGTCGAc > 1:779413/1‑150 (MQ=255) cTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTg > 1:507466/1‑102 (MQ=255) cTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTg < 2:507466/102‑1 (MQ=255) cTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGGTGTAGGCGCCGACATAGCCAAGTACGTCGACATGGCCgta < 2:99671/150‑1 (MQ=255) tGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGGTGTAGGCGCCGACATAGCCAAGTACGTCGACATGGCCgtag > 1:44401/1‑150 (MQ=255) ggTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGgt < 2:475133/109‑1 (MQ=255) ggTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGgt > 1:475133/1‑109 (MQ=255) gcgaaTGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGGTGTAGGCGCCGACATAGCCAAGTACGTCGACATGGCCGTAGTAGCg > 1:850763/4‑150 (MQ=255) ccAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGGTGTAGGCGCCGACATAGCCAAGTACGTCGACATGGCCGTAGTAGCgg > 1:739296/1‑150 (MQ=255) cAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGGTGTAGGCGCCGACATAGCCAAGTACGTCGACATGGCCGTAGTAGCGGt < 1:322103/150‑1 (MQ=255) | GTACTTGGCGCCGCCCTGGATGCTCTGCCTCGGGTCCAGTCGGTTCGACACGCCCATGGCCTGGGCGGTGCGCTGGGTCAGCATCATCAGGCCGCGCACGCCGGTCTTGGAGGTGACTTCCGGCTGCCACATCGATTCCTGGTAGCCAATGGCTGCCAGCAGGCGCCAGTCGACCTGCTCGACCTTGGCGTAGCTCTTGAAGTGCTTCTCGTACTTGGGCAGGCGCTGTTGCAGGTGCTGGGCGAAGGTGTAGGCGCCGACATAGCCAAGTACGTCGACATGGCCGTAGTAGCGGT > NC_002947/1183314‑1183609 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |