| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,193,935 | T→A | 15.6% | L23* (TTG→TAG) ‡ | uxpA → | lipoprotein UxpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,193,935 | 0 | T | A | 15.6% | 76.2 / 8.7 | 32 | L23* (TTG→TAG) ‡ | uxpA | lipoprotein UxpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/13); new base A (3/2); total (17/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.67e-01 | |||||||||||
TTGGAATTGCTGTCGGATTTCTGCCATCAAACTGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGCCGATACCCTCGATGCCCGCCAGCCTGGCCAGGCGGTGGTACCGGCTACCCGGTTGGGGCCGGTCA > NC_002947/1193786‑1194078 | ttGGAATTGCTGTCGGATTTCTGCCATCAAACTGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCtt < 2:623304/150‑1 (MQ=255)ttGGAATTGCTGTCGGATTTCTGCCATCAAACTGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCtt < 2:489677/150‑1 (MQ=255) aTTGCTGTCGGATTTCTGCCATCAAACTGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCAc > 2:368408/1‑150 (MQ=255) tCGGATTTCTGCCATCAAACTGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCAAGGCACCgata < 2:761455/148‑4 (MQ=255) tCGGATTTCTGCCATCAAACTGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCAAGGCACCgata > 1:761455/1‑145 (MQ=255) aTCAAACTGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGcaca < 1:655819/150‑1 (MQ=255) aTCAAACTGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGcaca > 2:517417/1‑150 (MQ=255) tCAAACTGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAg > 1:711111/1‑150 (MQ=255) aaCTGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCt > 2:491384/1‑150 (MQ=255) tGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCAAGGCACCgata > 2:579597/1‑125 (MQ=255) tGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCAAGGCACCgata < 1:579597/128‑4 (MQ=255) tAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCtt > 2:570035/1‑116 (MQ=255) tAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCtt < 1:570035/116‑1 (MQ=255) tAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCa < 1:815882/150‑1 (MQ=255) gcAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGCGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGggcg > 1:483641/1‑150 (MQ=255) aTCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAAt > 1:424355/1‑150 (MQ=255) gggTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGccc > 2:515128/1‑150 (MQ=255) gTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAg < 1:491384/150‑1 (MQ=255) tGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTg < 2:424355/150‑1 (MQ=255) 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gCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGCCGATACCCTCGAt < 1:830999/150‑1 (MQ=255) gAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGCCGATACCCTCGATGCCCGCCa > 2:459254/1‑150 (MQ=255) gtgCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGCCGATACCCTCGATGCCCGCCAGCCTGGc < 2:711111/150‑1 (MQ=255) cacaGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGCCGATACCCTCGATGCCCGCCAGCCTGGCCAg < 2:680520/150‑1 (MQ=255) gATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGCCGATACCCTCGATGCCCGCCAGCCTGGCCAGGCGGTGGTACCGGc < 2:192040/150‑1 (MQ=255) ggCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGc > 2:660775/1‑101 (MQ=255) ggCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGc < 1:660775/101‑1 (MQ=255) cgagcagcGGTGCCAAGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGCCGATACCCTCGATGCCCGCCAGCCTGGCCAGGCGGTGGTACCGGCTACCCGGTTgg > 1:67488/8‑150 (MQ=255) tCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTCCGTCGCCGATACCCTCGATGCCCGCCAGCCTGGCCAGGCGGTGGTACCGGCTACCCGGTTGGGGCCgg > 2:26977/1‑150 (MQ=255) tCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGCCGATACCCTCGATGCCCGCCAGCCTGGCCAGGCGGTGGTACCgg > 2:360226/1‑132 (MQ=255) tCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGCCGATACCCTCGATGCCCGCCAGCCTGGCCAGGCGGTGGTACCgg < 1:360226/132‑1 (MQ=255) gtgtCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGCCGATACCCTCGATGCCCGCCAGCGTGGCCACGAGGTGGTAGCGGCTACCCGGTTCGGGCCGGTCa < 2:250860/150‑1 (MQ=255) | TTGGAATTGCTGTCGGATTTCTGCCATCAAACTGTAATGCCAACGCCGCAACATCCGGGTCCCTGAATGGACGTGGTTAAGGATGGCGGATGCGATGGCGAGCAGTGTGCACAGGCGCGAAGTGATCGGCTGGATGGGTATCGGTGCCTTGGCACCGCTGCTCGGCGCCTGCACAGCCTTCCCAGGGCAGCAGGGCGGCAATGCCCAGCTCGACTTGCTGTACGTCGCCGATACCCTCGATGCCCGCCAGCCTGGCCAGGCGGTGGTACCGGCTACCCGGTTGGGGCCGGTCA > NC_002947/1193786‑1194078 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |