| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,265,838 | A→G | 11.1% | L719P (CTT→CCT) | quiP ← | acyl‑homoserine lactone acylase QuiP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,265,838 | 0 | A | G | 11.1% | 120.5 / 5.2 | 45 | L719P (CTT→CCT) | quiP | acyl‑homoserine lactone acylase QuiP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/20); new base G (3/2); total (23/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
GCCGCTGCTGGTCAGTATCTGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACT‑GGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTGCGCCCGCCAGGCTGCGGGCGA > NC_002947/1265696‑1265985 | gCCGCTGCTGGTCAGTATCTGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCTTGCCGCAGGCGGCGa < 1:592004/150‑1 (MQ=255)gCCGCTGCTGGTCAGTATCTGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGa > 2:196448/1‑150 (MQ=255) tgcttGTCAGTATCTGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCATGCTAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTCCGGCAATCGGCGAACGGc < 1:153793/150‑1 (MQ=255) 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gacgaTCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCTAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCa > 1:602832/1‑150 (MQ=255) gacgaTCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCa > 2:797961/1‑150 (MQ=255) gacgaTCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGCGCCGGCCa > 1:315541/1‑150 (MQ=255) acgaTCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAg > 1:427069/1‑150 (MQ=255) gaTCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCTTGCCGCAGGCGGCGactt < 2:748285/105‑4 (MQ=255) gaTCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCTTGCCGCAGGCGGCGactt > 1:748285/1‑102 (MQ=255) 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tgAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACT‑GGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATAc > 2:577435/1‑150 (MQ=255) gAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCACAGCTACTGGGTGTCG‑TCTTTGTACTGCCAGGTTCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATAcc > 2:662883/1‑150 (MQ=255) gCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCgg < 1:664591/80‑1 (MQ=255) gCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCgg > 2:664591/1‑80 (MQ=255) gCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACT‑GGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGcc > 1:372591/1‑150 (MQ=255) aGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACT‑GGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTcc < 2:414145/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACT‑GGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTGCGCCCGCCAGGCTGCGGGc > 1:563214/1‑150 (MQ=255) cAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACT‑GGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTGCGCCCGCCAGGCTGCGGGCGa < 2:488130/150‑1 (MQ=255) cAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACT‑GGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTGCGCCCGCCAGGCTGCGGGCGa < 2:427069/150‑1 (MQ=255) | GCCGCTGCTGGTCAGTATCTGCAACGGTTCGGCCTGGCCGAAGTCGACGATCATCCGTGCCGAGGCTGGCAGATGCGTGTCGAAGTCGCTGCCCCAGGCGAATGGTGTGAGGGCCAGGGTAGTGAAGTCGCCGCCTGCGGCAAGCGGCGAACGGCTGATCGCATCACCCAGGCCATGGTAGGCCGGTGCCGGCCAGCGGTACT‑GGTGCAGCTTGCCCCACTGCCAGGTGCGTCGGTCGGCCCCCAGCTGTGCGATACCGGCCTCCATTGCGCCCGCCAGGCTGCGGGCGA > NC_002947/1265696‑1265985 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |