Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,299,783 | T→C | 9.7% | Q134R (CAG→CGG) ‡ | PP_1134 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,299,783 | 0 | T | C | 9.7% | 107.8 / 3.1 | 41 | Q134R (CAG→CGG) ‡ | PP_1134 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/20); new base C (2/2); total (19/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.90e-01 |
ACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCGGGCGCTCCTGCAGGCCTGCCGGGGCCTGGCCGACGAACTTGT > NC_002947/1299636‑1299927 | aCTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTgg > 2:208678/1‑150 (MQ=255) gCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCCCGCTCTTGCGCCACAGGCCGCAGGGTTCCTTTGTGCGCTGGCGCACTTc < 2:438217/150‑1 (MQ=255) gtggtgTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAACGTGCCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCtt < 1:479929/150‑1 (MQ=255) ggtgTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGc < 2:376183/150‑1 (MQ=255) gTCTTTGATCTGGCTGGACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGGACCGGCGCCGCCTTCACCGACCTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAg < 1:55563/150‑1 (MQ=255) ttGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCCAGCGCAccaag < 1:242053/132‑5 (MQ=255) ttGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCCAGCGCAccaag > 2:242053/1‑128 (MQ=255) ttGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTACACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGgatg > 1:425630/1‑150 (MQ=255) tGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTTTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGa < 1:304910/150‑1 (MQ=255) tGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCCAGCGCAccaa < 1:99743/121‑4 (MQ=255) tGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCCAGCGCAccaa > 2:99743/1‑118 (MQ=255) aCAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGc > 2:686544/1‑150 (MQ=255) cAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTAGTCTACGTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGcc > 1:649629/1‑150 (MQ=255) ttGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAg > 2:322872/1‑128 (MQ=255) ttGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAg < 1:322872/128‑1 (MQ=255) tGCCGTCCGAGAAGGTGCCGGCGCCCCCTTCATCGAACCGCACGTTCGCATTAAGGTTCACAACGCACACACGTATTCGGTCCCACGCGGTTTTGCTGCGTTCGCGCACTGCCTGGCGACGGTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCAttt < 2:736797/150‑1 (MQ=255) tGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGCTCGGCTTGGAGCCCAttt < 2:425630/150‑1 (MQ=255) gTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTTCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGc > 2:378537/1‑150 (MQ=255) ccGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCa < 2:469641/150‑1 (MQ=255) gggaCCGGCGCCGCCTTCAAAGAACTGCAAATTAGAACAGCCGTATATCACGCCCTTGCGCTACAGGCCCCAGTTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAg < 2:649629/147‑1 (MQ=255) ggTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAg < 1:686544/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGcc > 1:385573/1‑128 (MQ=255) ccGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGcc < 2:385573/128‑1 (MQ=255) ttCACCGACCTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACCGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGcc < 2:23276/150‑1 (MQ=255) ttCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGTCCGGCAAAGATGcc > 1:324777/1‑150 (MQ=255) cTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGcc < 1:89717/150‑1 (MQ=255) tGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCg < 1:116106/129‑1 (MQ=255) tGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCg > 2:116106/1‑129 (MQ=255) cGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTACCACTTTCGAGGATGATAAAATTGCGGCATACATGGCCTATCAACATGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAAc > 1:616272/1‑150 (MQ=255) gTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTAGCTCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAAcc > 1:794960/1‑150 (MQ=255) tGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGa < 2:105530/150‑1 (MQ=255) gTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCgg < 1:500165/150‑1 (MQ=255) cACGCTCTTGCTCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCGGGCGCTc > 2:33657/1‑150 (MQ=255) tctTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCGGGCGCTCCTGCa > 1:177467/1‑150 (MQ=255) ccACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCGGGCGCTCCTGCAGGCCTGc > 1:37383/1‑150 (MQ=255) aGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCTCTTCCTTGCAACGTTGGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCAGTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCGGGCGCTCCTGCAGGCCTGCCggg < 2:324777/150‑1 (MQ=255) gCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGa > 1:74415/1‑116 (MQ=255) gCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGa < 2:74415/116‑1 (MQ=255) cccAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGc > 2:175314/1‑73 (MQ=255) cccAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGc < 1:175314/73‑1 (MQ=255) tGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCGGGCGCTCCTCCAGTCCTCCCGGGGCCTGGCCGACGAACTTGt > 2:747436/1‑150 (MQ=255) | ACTTTGCGGCCGTGGTGTTGCGGGTCCTTGATCTGGCTGTACAGCTTGCCGTCCGAGAAGGTACCGGCGCCGCCTTCACCGAACTGCACGTTGGACTCGGGGTTGAGCACGCTCTTGCGCCACAGGCCCCAGGTGTCCTTGGTGCGCTGGCGCACTTCCTTGCCACGTTCGAGGATGATCGGCTTGAAGCCCATTTGTGCCAGCAACAGGCCGGCAAAGATGCCGCACGGGCCGAAACCGACCACGATCGGGCGCTCCTGCAGGCCTGCCGGGGCCTGGCCGACGAACTTGT > NC_002947/1299636‑1299927 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |