Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,387,902 | T→C | 14.3% | *198W (TGA→TGG) | PP_1209 ← | cold‑shock protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,387,902 | 0 | T | C | 14.3% | 62.0 / 3.9 | 28 | *198W (TGA→TGG) | PP_1209 | cold‑shock protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/11); new base C (2/2); total (15/13) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-01 |
CCCCGCCTCCTCATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGAAAGTGCACGAAGATGTC > NC_002947/1387761‑1388039 | ccccGCCTCCTCATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCTCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGGTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAAcggcg < 1:494503/150‑1 (MQ=255) ccGCCTCCTCATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGACCAAcggctga < 2:182314/150‑4 (MQ=255) attGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCAc < 1:113555/150‑1 (MQ=255) tGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGt > 2:130066/1‑150 (MQ=255) ccAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCt < 2:146609/150‑1 (MQ=255) aGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGc > 1:544111/1‑150 (MQ=255) aGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGc > 2:138048/1‑150 (MQ=255) cGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTcgc < 2:544111/150‑1 (MQ=255) gccagccCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCa > 2:749208/1‑150 (MQ=255) gccagccCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCa < 1:698800/150‑1 (MQ=255) cccACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGa > 2:13516/1‑150 (MQ=255) aGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTc < 2:574507/112‑1 (MQ=255) aGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTc > 1:574507/1‑112 (MQ=255) tATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCa < 1:138048/150‑1 (MQ=255) ggTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGAc < 1:130066/150‑1 (MQ=255) gTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGAcc > 1:765511/1‑150 (MQ=255) gcaCGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAAc > 2:27954/1‑124 (MQ=255) gcaCGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAAc < 1:27954/124‑1 (MQ=255) gCCCTTGTGGGCGCTGGTTTTCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGt < 2:794214/150‑1 (MQ=255) cccTTGTGGGCGCCGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCCGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGAAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCCGGCCTTCGACCAGAATGCGGTg > 2:6552/1‑150 (MQ=255) cTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACcgcg > 1:144630/1‑150 (MQ=255) gTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGa > 1:380539/1‑150 (MQ=255) tGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGaaa < 1:807041/150‑1 (MQ=255) gCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGAAAGTGCa > 2:712835/1‑150 (MQ=255) gCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGAAAGTGCACGAAGa > 2:71483/1‑150 (MQ=255) aaccgCCGTTGACCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGAAAGTGCACGAAGATGTc > 2:497901/5‑150 (MQ=255) ccgCCGTTGACCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGAc > 1:765143/3‑97 (MQ=255) ccgCCGTTGACCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGAc < 2:765143/95‑1 (MQ=255) | CCCCGCCTCCTCATTATTGAGTTGTTCCAGGCTGCTATCGCCGGCAAGCCAGCCCCCACAGGTATGATGCTGCCTTCAGGTGCAGCACGGCCCTTGTGGGCGCTGGTTTGCCGTTGATAGCGTCGGCCGGTCAGCCGTTGGTCAACGGCGGTTTACTGCAACCACGTCTTCGGCCTGCAGGCCCTTGTCGCGGTGCATCACCGAAAACTCCACGCGCTGGCCTTCGACCAGAATGCGGTGGCCCTCACCGCGGATGGCCCGAAAGTGCACGAAGATGTC > NC_002947/1387761‑1388039 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |