| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,451,903 | C→T | 16.2% | P20S (CCT→TCT) | PP_1271 → | putative Multidrug efflux MFS transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,451,903 | 0 | C | T | 16.2% | 51.0 / 2.1 | 24 | P20S (CCT→TCT) | PP_1271 | putative Multidrug efflux MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/11); new base T (2/2); total (11/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAAGTCAGTTTTCGTCAGCATTCGACCTTCTTAAACTTGCCCCAGCCCTGAAATTGTTGCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCC > NC_002947/1451771‑1452052 | cAAGTCAGTTTTCGTCAGCATTCGACCTTCTTAAACTTGCCCCAGCCCTGAAATTGTTGCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGttt < 2:362313/150‑1 (MQ=255) tCAGTTTTCGTCAGCATTCGACCTTCTTAAACTTGCCCCAGCCCTGAAATTGTTGCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGACGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGcc > 2:614147/1‑150 (MQ=255) cAGCATTCGACCTTCTTAAACTTGCCCCAGCCCTGAAATTGTTGCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAggtggtg < 2:753991/150‑1 (MQ=255) cttcttAAACTTGCCCCAGCCCTGAAATTGTTGCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTACGTCACGAACCTCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCCCCCCCGCCGGGGGGGGGCCGGCGGTTGGTGGTCGGGCTGtt > 1:574730/1‑150 (MQ=255) tcttAAACTTGCCCCAGCCCTGAAATTGTTGCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCg < 1:510320/150‑1 (MQ=255) aaaCTTGCCCCAGCCCTGAAATTGTTGCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGgtgt < 1:283678/150‑1 (MQ=255) ccAGCCCTGAAATTGTTGCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGTCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTgctggc > 1:72121/1‑150 (MQ=255) cTGAAATTGTTGCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGgctgtgct > 1:114181/1‑150 (MQ=255) tGAAATTGTTGCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGgctgtgctg > 2:650680/1‑150 (MQ=255) aTTGTTGCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGTCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTgcg > 2:190792/1‑150 (MQ=255) tgCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGc < 1:464934/150‑1 (MQ=255) aTTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGTCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCg < 2:72121/150‑1 (MQ=255) ttCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCgg > 1:14470/1‑150 (MQ=255) gACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCaa < 2:114181/150‑1 (MQ=255) gACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCaa > 2:168355/1‑150 (MQ=255) gACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCaa < 1:403008/150‑1 (MQ=255) cccTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGAttt > 1:410970/1‑150 (MQ=255) cTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTcc > 1:32218/1‑150 (MQ=255) cGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTgg < 2:574730/150‑1 (MQ=255) gccgccGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATg < 2:14470/150‑1 (MQ=255) cgccgcACCCGCGCCGGCCGCGTCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATggg < 1:190792/150‑1 (MQ=255) ccGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGgt > 2:15345/1‑62 (MQ=255) ccGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGgt < 1:15345/62‑1 (MQ=255) gccggccgCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCcga < 2:410970/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGcc < 1:650680/150‑1 (MQ=255) | CAAGTCAGTTTTCGTCAGCATTCGACCTTCTTAAACTTGCCCCAGCCCTGAAATTGTTGCTGGAGATGTATTCTCATGACTTCCCTGACGGCGCCCTCTGCGGCGCTGGCCGCCGCACCCGCGCCGGCCGCGCCTGCGCAGACGGCGTTTGGCCTGCAGGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCC > NC_002947/1451771‑1452052 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |