| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,470,634 | T→G | 13.8% | P224P (CCA→CCC) | alg44 ← | alginate biosynthesis protein Alg44 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,470,634 | 0 | T | G | 13.8% | 110.9 / 11.3 | 49 | P224P (CCA→CCC) | alg44 | alginate biosynthesis protein Alg44 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/21); new base G (4/3); total (25/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACTGGCGCGCGACCACGCAATCGCAGGGGCTGGTGAGGGTGCCGGACAGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTGGCTGACGAAATACATGCCATACAACGATTTGGCGAC > NC_002947/1470485‑1470780 | aaCTGGCGAGCGACAACGAAATCGCAGGGGCTGGTGAGGCTGCACTCCAGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCACGGTTGACCTTGAGCATGACCAGCATGCTGGTGGTGAGTCTTGCCAAt < 2:480434/150‑1 (MQ=255) cACGCAATCGCAGGGGCTGGTGAGGGTGCCGGACAGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAAGGGCGCGCCATTGGc > 1:474798/1‑150 (MQ=255) cACGCAATCGCAGGGGCTGGTGAGGGTGCCGGACAGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAAGGGCGCGCCATTGGc < 2:474798/150‑1 (MQ=255) cACGCAATCGCAGGGGCTGGTGAGGGTGCCGGACAGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAAGGGCGCGCCATTGGc > 1:55998/1‑150 (MQ=255) aCGCAATCGCAGGGGCTGGTGAGGGTGCCGGACAGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAAGGGCGCGCCATTGGcc < 2:55998/150‑2 (MQ=255) gCAATCGCAGGGGCTGGTGAGGGTGCCGGACAGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGAt > 1:271893/1‑150 (MQ=255) gCAGGGGCTGGTGAGGGTGCCGGACAGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGccc > 2:756453/1‑150 (MQ=255) cAGGGGCTGGTGAGGGTGCCGGACAGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCa > 2:537149/1‑150 (MQ=255) ggTGCGGGTGCCTGACAGCTGCTTGACAAATAGTTCCTCGATCTTCGCGGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAACGTTGCGCTTCAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCAACGCTTTc < 2:156705/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGACAGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTCAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGAGAAGCACGCCATGGTCATGCCCGTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAgg > 1:828131/1‑150 (MQ=255) cAGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTAc < 2:446958/150‑1 (MQ=255) aGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGAt < 1:508475/119‑1 (MQ=255) aGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGAt > 2:508475/1‑119 (MQ=255) ccAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCt < 2:352056/112‑1 (MQ=255) ccAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCt > 1:352056/1‑112 (MQ=255) aCAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTcgcgcg < 2:20968/150‑1 (MQ=255) cTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGc < 1:557288/103‑1 (MQ=255) cTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGc > 2:557288/1‑103 (MQ=255) aTCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAAGGgcgc < 1:131673/83‑1 (MQ=255) aTCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAAGGgcgc > 2:131673/1‑83 (MQ=255) tCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTtgg < 2:271893/150‑1 (MQ=255) ccGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTtggtgg > 2:765182/1‑150 (MQ=255) tgCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGAc < 2:449270/150‑1 (MQ=255) cGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACca > 1:79710/1‑150 (MQ=255) ttCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACAcc > 2:843400/1‑150 (MQ=255) ggTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCtt < 1:537149/150‑1 (MQ=255) ccTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGt > 2:291306/1‑150 (MQ=255) cTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTg < 2:79710/150‑1 (MQ=255) cTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTg < 1:756453/150‑1 (MQ=255) ttGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTgg < 2:587575/150‑1 (MQ=255) cATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTGGCTGAc > 2:602706/1‑150 (MQ=255) cAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACg > 2:822131/1‑76 (MQ=255) cAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACg < 1:822131/76‑1 (MQ=255) cAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGa > 2:266679/1‑119 (MQ=255) cAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGa < 1:266679/119‑1 (MQ=255) cAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTGGCTGACGAAATa > 1:507084/1‑150 (MQ=255) cTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTGGCTGACGAAATACATGCCa < 1:291306/150‑1 (MQ=255) tggtggTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGc > 2:842027/1‑109 (MQ=255) tggtggTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGc < 1:842027/109‑1 (MQ=255) ggtggtGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTGGCTGACGAAATACATGCCATa > 2:580679/1‑150 (MQ=255) ggtgAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTGGCTGACGAAATACATGCCATACaa < 1:257897/150‑1 (MQ=255) gAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCAAggccg < 2:442089/83‑4 (MQ=255) gAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCAAggccg > 1:442089/1‑80 (MQ=255) gCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTAcc > 2:434903/1‑63 (MQ=255) gCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTAcc < 1:434903/63‑1 (MQ=255) gCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTGGCTGACGAAATACATGCCATACAACGAttt < 2:828131/150‑1 (MQ=255) gCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGTGTGGCTGAc < 2:728581/122‑1 (MQ=255) gCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGTGTGGCTGAc > 1:728581/1‑122 (MQ=255) ccAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGGCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTGGCGGACGAAATACATGCCATACAACCATTTGGcgg > 2:844975/1‑149 (MQ=255) cAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTGGCTGACGAAATACATGCCATACAACGATTTGGcgac > 2:221033/1‑150 (MQ=255) | AACTGGCGCGCGACCACGCAATCGCAGGGGCTGGTGAGGGTGCCGGACAGCTGCTTGCCAAACAGTTCCTCGATCTTCGCCGGCTCCAGCTGTGCGTCTTCAAGGTTGCCCTTGAGCATGTCCAGCATGCTGGTGGTGAAGCTGGCCAATGGCGCGCCCTTGGCGATCTGCCCACCGCTTTCGACCAGGCTGCTTACGGTACCGTCGCGCGGCATGGTGACGTTGGTGGTCGGCACTGCGACCACACCGGCTTCGGCGTGGCTGACGAAATACATGCCATACAACGATTTGGCGAC > NC_002947/1470485‑1470780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |