Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,622,830 | T→C | 7.4% | D190G (GAC→GGC) | PP_1422 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,622,830 | 0 | T | C | 7.4% | 145.7 / 2.4 | 54 | D190G (GAC→GGC) | PP_1422 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/29); new base C (2/2); total (23/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.59e-01 |
ACGCCCGCGCTGACTGATGCAGCGGGCGATCTGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAGCGCGCCAATCTGGTTGACCAGCCCACCCAAGGTGGCCTGGTCGGGTTTGAGA > NC_002947/1622691‑1622979 | aCGCCCGCGCTGACTGATGCAGCGGGCGATCTGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTcccc < 1:274341/144‑1 (MQ=255) aCGCCCGCGCTGACTGATGCAGCGGGCGATCTGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTcccc > 2:274341/1‑144 (MQ=255) aCGCCCGCGCTGACTGATGCAGCGGGCGATCTGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCAc > 2:167190/1‑150 (MQ=255) gcTGACTGATGCAGCGGGCGATCTGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCTGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGa < 1:245949/150‑1 (MQ=255) gcTGACTGATGCAGCGGGCGATCTGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTTGCGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGa < 1:451457/150‑1 (MQ=255) gcTGACTGATGCAGCGGGCGATCTGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGa < 1:245342/150‑1 (MQ=255) tgactgaTGCAGCGGGCGATCTGCACGGTGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGt > 1:816405/1‑150 (MQ=255) gATCTGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATg > 2:724822/1‑150 (MQ=255) aTCTGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGc < 1:301607/150‑1 (MQ=255) cTGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCGCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAg < 1:306761/150‑1 (MQ=255) cTGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAg < 2:385154/150‑1 (MQ=255) tGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAgg < 2:549824/150‑1 (MQ=255) gatctcgatgtAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCAGCAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGCCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAAc < 2:590115/150‑1 (MQ=255) cgatgtAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGt < 1:720618/150‑1 (MQ=255) gatgtAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGa < 1:281898/125‑1 (MQ=255) gatgtAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGa > 2:281898/1‑125 (MQ=255) gatgtAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAAc < 2:165479/144‑1 (MQ=255) gatgtAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAAc > 1:165479/1‑144 (MQ=255) gatgtAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGCCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAAc > 1:590120/1‑144 (MQ=255) gatgtAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGCCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAAc < 2:590120/144‑1 (MQ=255) gatgtAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGACATGGAGCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGCCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAAccagatc > 1:590115/1‑145 (MQ=255) gtAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGa < 1:724822/150‑1 (MQ=255) gtAATCGATCTTGTCACTCTGGCGTTCCAGGTCATGAACTTGGCTCGGTGGGTGGAACAACTGCTCCGGAAGCTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGTTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGa < 2:701615/150‑1 (MQ=255) aTCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGacaa > 2:231391/1‑150 (MQ=255) gATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCACCTGCTCCGGAATCTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAg < 2:87090/150‑1 (MQ=255) ttGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCg < 1:167190/150‑1 (MQ=255) gTCAGTCGGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGtt < 2:258025/150‑1 (MQ=255) cAGTCGGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTtgt > 1:499664/1‑150 (MQ=255) tCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCa < 2:742782/150‑1 (MQ=255) cAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATa > 1:436000/1‑150 (MQ=255) aGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAg > 1:840782/1‑150 (MQ=255) cTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCgg < 2:840782/150‑1 (MQ=255) tCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGt < 1:381050/102‑1 (MQ=255) tCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGt > 2:381050/1‑102 (MQ=255) tCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAgcg > 1:611817/1‑150 (MQ=255) tCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAgcg > 2:355918/1‑150 (MQ=255) gCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAgcgcgc < 1:355918/150‑1 (MQ=255) cTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAGCGCGCCAATCTGGTTGAc < 2:816405/150‑1 (MQ=255) gCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAGCGCGCCAATCTGGTTGACCa < 2:436000/150‑1 (MQ=255) cGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGc < 1:97853/43‑1 (MQ=255) cGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGc > 2:97853/1‑43 (MQ=255) cGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGc > 2:238886/1‑52 (MQ=255) cGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGc < 1:238886/52‑1 (MQ=255) cGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAGCGCGCCAATCTGGTTGACCAGccc > 2:727600/1‑150 (MQ=255) cTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCAGGGGCTGGAGGTGCTCCATCAGATGATGCATGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAGCGCGCCAATCTGGTTGACCAGCCCACCCaa < 2:611817/150‑1 (MQ=255) cAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAgcg > 1:793621/1‑118 (MQ=255) cAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAgcg < 2:793621/118‑1 (MQ=255) ccTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAGCGCGCCAATCTGGTTGACCAGCCCACCCAAGGTGGCCt > 1:560948/1‑150 (MQ=255) gAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAGCGCGCCAATCTGGTTGACCAGCCCACCCAAGGTGGCCTGGTc > 2:322397/1‑150 (MQ=255) ggATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAGCGCGCCAATCTGGTTGACCAGCCCACCCAAGGTGGCCTGGTCgg < 1:322397/150‑1 (MQ=255) tCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGacaa > 2:94511/1‑64 (MQ=255) tCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGacaa < 1:94511/64‑1 (MQ=255) tGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTc < 2:852892/79‑1 (MQ=255) tGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTc > 1:852892/1‑79 (MQ=255) tCCCCCAGCACCGGCTGGACTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAGCGCGCCAATCTGGTTGACCAGCCCACCCAAGGTGGCCTGGTCGGGTTTgaga < 2:560948/150‑1 (MQ=255) | ACGCCCGCGCTGACTGATGCAGCGGGCGATCTGCACGATGTCGATGTAATCGATCTTGTCAGTCTGGCGGTCCAGGTCATGAACCTGGCTCGGCAGGTGGACCAACTGCTCCGGAAACTCCCAGGCCTTGAGGATCTTGTCCCCCAGCACCGGCTGGAGTTGCTCGATCACATAATGCAGGCAAACCGGGTCGGACAACAGTTCGTTGTGCTCTTCGGCATAGATGAGTACCGGCAGCGCGCCAATCTGGTTGACCAGCCCACCCAAGGTGGCCTGGTCGGGTTTGAGA > NC_002947/1622691‑1622979 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |