| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,726,527 | A→T | 16.7% | L560Q (CTG→CAG) | plsB ← | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,726,527 | 0 | A | T | 16.7% | 110.4 / 16.9 | 48 | L560Q (CTG→CAG) | plsB | glycerol‑3‑phosphate acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/22); new base T (4/4); total (22/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
TCAGCACCGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCC > NC_002947/1726378‑1726669 | tcaGCACCGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCgca > 1:268938/1‑150 (MQ=255) caGCACCGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCgcag > 2:489533/1‑150 (MQ=255) cgTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCa > 1:393157/1‑150 (MQ=255) cgTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGACCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTAGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCa > 2:245676/1‑150 (MQ=255) gTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCTGCTGCGCCaa < 2:267428/150‑2 (MQ=255) gTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAg < 2:501871/150‑1 (MQ=255) gTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGAGAGTCCGTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCTGCTGCGCCaa < 2:203110/150‑2 (MQ=255) ccTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTAc > 2:441590/1‑150 (MQ=255) cTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACa > 2:129716/1‑150 (MQ=255) cTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACa > 1:757880/1‑150 (MQ=255) ttCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCTGCTGCGCCaag < 1:229948/145‑3 (MQ=255) ttCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCTGCTGCGCCaag > 2:229948/1‑143 (MQ=255) ttCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAg < 1:640942/150‑1 (MQ=255) aTCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCTGCTGCGCCaa < 2:12245/141‑2 (MQ=255) aTCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCTGCTGCGCCaa > 1:12245/1‑140 (MQ=255) ccAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGa < 2:393157/150‑1 (MQ=255) tAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTAcg > 1:173237/1‑150 (MQ=255) agGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTAAGCgg < 1:594927/150‑1 (MQ=255) aTGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGcc > 2:202642/1‑126 (MQ=255) aTGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGcc < 1:202642/126‑1 (MQ=255) ccAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGgcgc < 2:742457/150‑1 (MQ=255) aGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGgcgcgc < 1:345555/150‑1 (MQ=255) gTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTCCGCGGGTCAGGGCGCTCTCGTc < 2:716238/150‑1 (MQ=255) ttCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGAAGCAGTGCCGGGTACCGCTGTCTTACTCGGGTTATAGCGCGCGCGTCCAgg > 2:94202/1‑150 (MQ=255) ttCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGAAGGGTGGTGGGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGATACAGGTCGAGCACGCCGGTCAGGGCGCGCTCGTCCCgg > 2:377550/1‑150 (MQ=255) caccaGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCt > 2:614780/1‑150 (MQ=255) caGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCtggt < 2:268938/150‑1 (MQ=255) aGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCtggtg < 2:565078/150‑1 (MQ=255) aGGTTCAGGCTGGGCACATGTTCGATGAGGGGCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGGGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCtggtg < 2:12688/150‑1 (MQ=255) tgctgcGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAgg < 1:667714/113‑1 (MQ=255) tgctgcGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAgg > 2:667714/1‑113 (MQ=255) gctgcGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACGGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGAcagcag > 2:717989/1‑150 (MQ=255) ctgcGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGt < 2:173237/150‑1 (MQ=255) ctgcGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGt < 1:614780/150‑1 (MQ=255) gcACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACa < 2:124156/87‑1 (MQ=255) gcACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACa > 1:124137/1‑87 (MQ=255) gcACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACa > 1:124156/1‑87 (MQ=255) gcACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACa < 2:124137/87‑1 (MQ=255) aGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTg > 2:573044/1‑150 (MQ=255) tGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGAc > 1:344131/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGAcc < 1:441590/150‑1 (MQ=255) cTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCgg < 2:757880/150‑1 (MQ=255) tGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCggg < 1:489533/150‑1 (MQ=255) ccTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATggcgg > 1:442544/1‑150 (MQ=255) ggtggtGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGtt < 1:245676/150‑1 (MQ=255) gggCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGt < 2:442544/150‑1 (MQ=255) gCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGttt < 1:377550/150‑1 (MQ=255) gCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGttt > 2:279213/1‑150 (MQ=255) ccnggCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTNGAGTACGCGGGTNAGGGCGNGNTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTtctc > 1:510397/4‑150 (MQ=255) ctGGCGCTGCTGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTcc > 1:381504/2‑150 (MQ=255) | TCAGCACCGCGTTGCCTTCATCCAGGTAGAGGATGCGGCCCAGGGCGTCCTTCTGCTCGGCCACCAGGTTCATGCTGCGCACATGTTCGATCAGTGCCTGGCCGTCGCCCTCGGGCAGGGTGGTGTGCGGCGAGTAGGGCACTTGGCGCAGCAGCGCCAGGTACAGGTCGAGTACGCGGGTCAGGGCGCGCTCGTCCAGGGCAAGGCGGCTGGTGGACAGCAGTGCCAGGGCCACCAGGTTGACCGGGTTGATGGCGGCCGCCTCGTTGAGGTGGCGGGCCACGGTTTCTCC > NC_002947/1726378‑1726669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |