| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,781,639 | A→T | 10.5% | L827Q (CTG→CAG) | glnD ← | uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,781,639 | 0 | A | T | 10.5% | 99.2 / 4.5 | 38 | L827Q (CTG→CAG) | glnD | uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/20); new base T (2/2); total (16/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
GGCGGCTGCACAGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGGGTAGTCCTCGGGGTT > NC_002947/1781490‑1781784 | ggcggcTGCACAGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCcagca > 2:581253/1‑150 (MQ=255) gcggcTGCACAGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCcagcag > 2:58769/1‑150 (MQ=255) aGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCTGCTGGCCCggctgg < 1:325114/150‑5 (MQ=255) gCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGt > 2:19162/1‑150 (MQ=255) gCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGt > 2:192633/1‑150 (MQ=255) cTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTc > 1:579906/1‑150 (MQ=255) ggTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGcc > 2:568969/1‑136 (MQ=255) ggTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGcc < 1:568969/136‑1 (MQ=255) gTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGCACACG‑TCTGGACT‑‑CAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCACTTGGCGCCTCAGCAGTCCCGTGCGGTCTGgcgc > 1:233003/1‑150 (MQ=255) gCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGa < 2:301938/150‑1 (MQ=255) gCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGa < 1:432582/150‑1 (MQ=255) gCTGGTTGGCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGACCCAGCCGGACCAGCATGCCCGGGCGGTGTGGCGCGGTGATTTCgg > 2:661351/1‑149 (MQ=255) gTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGCTCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGAt < 2:103443/150‑1 (MQ=255) agaaCACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCAt < 1:739809/150‑1 (MQ=255) gTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGat > 1:13115/1‑149 (MQ=255) gTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAg < 1:58769/150‑1 (MQ=255) ttctACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGAt < 2:579906/150‑1 (MQ=255) tctACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATg < 1:581253/150‑1 (MQ=255) 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ttGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGc < 1:667585/150‑1 (MQ=255) gg‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCtt < 2:233003/150‑1 (MQ=255) gg‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCtt < 2:734707/150‑1 (MQ=255) gg‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCAGCCCCAGCCCCGCCATCAGTCCCGGGCGGTCTGGCGGGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCtt < 1:192633/150‑1 (MQ=255) gTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCcgcg < 1:661351/150‑1 (MQ=255) gTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGTCGCGGTGAttt > 2:289212/1‑65 (MQ=255) gTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGTCGCGGTGAttt < 1:289212/65‑1 (MQ=255) cAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGgat < 2:163554/150‑1 (MQ=255) aGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGgatg > 1:132879/1‑150 (MQ=255) gATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCgcggatcttcctggagttcgacctgtcactgcaaaacgccaagatcgccaccctcggcgagcgggtagaagacgtgttcttcattaccgatgccgacaaccagcc > 2:345446‑M2/1‑40 (MQ=255) gATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCgcggatcttcctggagttcgacctgtcactgcaaaacgccaagatcgccaccctcggcgagcgggtagaagacgtgttcttcattaccgatgccgacaaccagcc < 1:345446‑M2/145‑106 (MQ=255) aTCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCgcggatcttcctggagttcgacctgtcactgcaaaacgcacatcaggccaccctcggcgagcgggtagaagacgtgttcttcattaccgatgccgacaaccagccgctgtc < 1:480680‑M2/150‑112 (MQ=255) ccGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCgg < 1:661555/150‑1 (MQ=255) cccGGGCCTGCTGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATTGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTGGAAGTGCTTGAGCTGGCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGGGTAGTCCt > 2:734195/2‑150 (MQ=255) cccGGGCCTGCTGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGga > 2:191124/2‑132 (MQ=255) cccGGGCCTGCTGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGga < 1:191124/131‑1 (MQ=255) gggCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGGGTAGTCCTCgg < 2:132879/150‑1 (MQ=255) cagcagGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGGGTAGTCCTCGGGGtt < 1:395217/150‑1 (MQ=255) | GGCGGCTGCACAGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGGGTAGTCCTCGGGGTT > NC_002947/1781490‑1781784 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |