| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,147,930 | A→C | 8.4% | V878G (GTC→GGC) | rne ← | ribonuclease E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,147,930 | 0 | A | C | 8.4% | 115.3 / 4.2 | 48 | V878G (GTC→GGC) | rne | ribonuclease E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/18); new base C (2/2); total (28/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.80e-01 | |||||||||||
CTTGAGCTTTGGTGGCCGCTTCGACCTGCTCGACCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGCCTTCTTCTTCACTGCCGTCGATCAGCTCGCCGTTGGCATTGCGCTGACGCTCACGACGGTTGCTG > NC_002947/2147781‑2148076 | cttGAGCTTTGGTGGCCGCTTCGACCTGCTCGACCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGa > 1:40738/1‑150 (MQ=255) tttGGTGGCCGCTTCGACCTGCTCGACCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACagcagc > 2:42238/1‑150 (MQ=255) ggCCGCTTCGACCTGCTCGACCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCAc > 2:531151/1‑150 (MQ=255) gCCGCTTCGACCTGCTCGACCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACg > 1:119121/1‑150 (MQ=255) gCCGCTTCGACCTGCTCGACCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACg < 2:14403/150‑1 (MQ=255) cGCTTCGACCTGCTCGACCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGc > 2:7158/1‑150 (MQ=255) gCTTCGACCTGCTCGACCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCa > 1:647105/1‑150 (MQ=255) aCCTGCTCGACCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGCTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCca < 1:469779/150‑1 (MQ=255) cTCGACCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCagcagc > 1:186093/1‑150 (MQ=255) cTCGACCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGAAAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCagcagc < 2:270571/150‑1 (MQ=255) aCCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAACTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCCAGGCCAGCAGCCAGt > 2:89026/1‑150 (MQ=255) cGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTc > 1:545053/1‑150 (MQ=255) gTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCTCTTGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCgg < 1:520520/150‑1 (MQ=255) gTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCTAGCAGCCAGTTCgg > 1:390538/1‑150 (MQ=255) tGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCa < 2:186093/150‑1 (MQ=255) gcTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGCCTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGc > 1:495883/1‑150 (MQ=255) ttCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCca > 2:54417/1‑127 (MQ=255) ttCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCca < 1:54417/127‑1 (MQ=255) ttCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTc > 1:741821/1‑150 (MQ=255) gCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGt < 2:647105/150‑1 (MQ=255) tgttgtCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTgg > 2:710730/1‑150 (MQ=255) tgtCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGTCGCCagcagc < 2:819984/103‑1 (MQ=255) tgtCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGTCGCCagcagc > 1:819984/1‑103 (MQ=255) tCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTgg > 1:778835/1‑150 (MQ=255) tCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGCTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCtgc > 2:433125/1‑149 (MQ=255) gCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCtgttgt < 2:495883/150‑1 (MQ=255) cAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTtgtg > 2:128391/1‑150 (MQ=255) cAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTtgtg > 2:419016/1‑150 (MQ=255) cAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTtgtg < 1:47360/150‑1 (MQ=255) aaCGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTgg < 2:40738/150‑1 (MQ=255) gCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGctct > 2:471031/1‑150 (MQ=255) aCTTCTGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGTCGCcagca < 1:405138/78‑1 (MQ=255) aCTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGTCGCcagca > 2:405138/1‑78 (MQ=255) ttCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCt > 1:127158/1‑131 (MQ=255) ttCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCt < 2:127158/131‑1 (MQ=255) ttCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCt < 1:726083/150‑1 (MQ=255) cggcggTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGc < 1:42238/150‑1 (MQ=255) cggcggTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGc < 1:7158/150‑1 (MQ=255) tAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTTGGCTTCTGCGTCGGGGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGGGTCCTGGTGCGGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGCctgctt > 1:604228/1‑150 (MQ=255) cTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGCCTTCTTCTTCACTGCCGTCGATCAGCTCGcc > 1:236072/1‑150 (MQ=255) gCTTTTGCGTGGGAGCTGATGTTGCTGCTGTCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCATCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTAGCCTTGTGCTGTTGTGGCTGCGCTTCGCTGCCTTCTTCGTCACTGCCGTCGATCAGCTCGCCGGTg < 2:119121/150‑1 (MQ=255) gAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGACACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCCCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTCCTCTTCGTTGCCTTCTTCTTCACTGCCGTCGATCAGCTCGCCGTTGGCATTGCGCTGa < 2:55805/150‑1 (MQ=255) gCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAATTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGCCTTCTTCTTCACTGCCGTCGATCAGCTCGCCGTTGGCATTGCGCTGACg > 2:172117/1‑150 (MQ=255) cTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGCCTTCTTCTTCACTGCCGTCGATCCGCTCGCCGTTGGCATTGCGCTGACGc > 1:122688/1‑150 (MQ=255) gATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGCCTTCTTCTTCACTGCCGTCGATCAGCTCGCCGTTGGCATTGCGCTGACGCTc > 1:514347/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGCCTTCTTCTTCACTGCCGTCGATCAGCTCGCCGTTGGCATTGCGCTGACGCTCacga < 1:128391/150‑1 (MQ=255) gctgctGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGCCTTCTTCTTCACTGCCGTCGATCAGCTCGCCGTTGGCATTGCGCTGACGCTCacgacg < 2:545053/150‑1 (MQ=255) tgctgGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGCCTTCTTCTTCACTGCCGTCGATCAGCTCGCCGTTGGCATTGCGCTGACGCTCACGACGGt > 1:277421/1‑150 (MQ=255) gCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGCCTTCTTCTTCACTGCCGTCGATCAGCTCGCCGTTGGCATTGCGCTGACGCTCACGACGGTtgctg > 2:831837/1‑150 (MQ=255) | CTTGAGCTTTGGTGGCCGCTTCGACCTGCTCGACCGGTTGGGCGGCTTCGCTGTTGTCGGTTTCTGCAACGGCAGCGACTTCGGCGGTAGCACGCTCGGCCTGCTGGTTGGCCTGGGCTTCTGCGTCGGAGCTGATGTTGCTGCTGGCGACAGCAGCCGTCACGGCAAGGCCAGCAGCCAGTTCGGCACCCAGCTCGGTGGCCTGGTGCTGTTGTGGCTGCTCTTCGCTGCCTTCTTCTTCACTGCCGTCGATCAGCTCGCCGTTGGCATTGCGCTGACGCTCACGACGGTTGCTG > NC_002947/2147781‑2148076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |