| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,241,611 | G→C | 13.3% | noncoding (35/76 nt) | PP_t25 → | tRNA‑Ala |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,241,611 | 0 | G | C | 13.3% | 79.0 / 6.0 | 30 | noncoding (35/76 nt) | PP_t25 | tRNA‑Ala |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/12); new base C (2/2); total (16/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
AAATTAGTTTGACAGCCCTGCAATCCGAACTTAATATGCGCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAACGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCGACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCTAAGGCTGATAAGCAAGACCGGGTCCAGCAACCGGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTTCGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGAC > NC_002947/2241465‑2241750 | aaaTTAGTTTGACAGCCCTGCAATCCGAACTTAATATGCGCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAACGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCGACATTGTGGGGCTGTAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTgcatgccat < 2:691854/150‑1 (MQ=255) cAGCCCTGCAATCCGAACTTAATATGCGCCCCGTCCAGAGCGATGAACGAAAACGAAACGCCAGTTATCCTTCCAGCGATTCAGTTCAAAGCGACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAg < 1:362802/150‑1 (MQ=38) cccTGCAATCCGAACTTAATATGCGCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAACGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCGACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCgg > 1:295221/1‑150 (MQ=255) aTCCGAACTTAATATGCGCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAACGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCGACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATc < 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AAATTAGTTTGACAGCCCTGCAATCCGAACTTAATATGCGCCCCGTCCACAGCGATGAACGAAAACGAAACGCCAGGCACCCAGCCAGCGATTCAGTTCAAAGCGACATTGTGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCATGGCATGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTAGCTCCACCAAATTCCGCTTAGCAGCTAAGGCTGATAAGCAAGACCGGGTCCAGCAACCGGGTCTTGAAGGTAAGAAGGTTCGTCCCCTTCGTCTAGTGGCCTAGGAC > NC_002947/2241465‑2241750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |