| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,294,064 | T→A | 16.0% | L6M (TTG→ATG) | PP_2020 → | lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,294,064 | 0 | T | A | 16.0% | 56.0 / 5.9 | 25 | L6M (TTG→ATG) | PP_2020 | lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/10); new base A (2/2); total (13/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
TGCTGACCTTCATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGAAGCCGGCCTCACTGTCGA > NC_002947/2293924‑2294212 | tGCTGACCTTCATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCAATGCGGcccc < 1:598274/150‑1 (MQ=255) aCCTTCATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGt < 2:131479/150‑1 (MQ=255) ttCATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTtat > 1:725107/1‑150 (MQ=255) tgctgcTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTg > 1:134200/1‑150 (MQ=255) tgctgcTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTg < 1:536113/150‑1 (MQ=255) tGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGa < 2:725107/150‑1 (MQ=255) gTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGAt < 1:206633/150‑1 (MQ=255) ttGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATgg < 2:406034/150‑1 (MQ=255) cgcTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTAccc < 2:134200/150‑1 (MQ=255) ggtagcgcGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGcc > 1:19915/5‑109 (MQ=255) ggtagcgcGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGcc < 2:19915/105‑1 (MQ=255) ttCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACt < 1:609237/96‑1 (MQ=255) ttCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACt > 2:609237/1‑96 (MQ=255) cAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGa < 1:821611/150‑1 (MQ=255) aaGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTAGCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGat > 1:424085/1‑150 (MQ=255) gagaAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCAATGCGGccccc > 1:247468/1‑71 (MQ=255) gagaAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCAATGCGGccccc < 2:247468/71‑1 (MQ=255) tggGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACg > 2:766486/1‑150 (MQ=255) gCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGcc > 2:254860/1‑150 (MQ=255) gtgggtCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCt > 1:698087/1‑150 (MQ=255) cccATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCtttt < 1:145379/115‑1 (MQ=255) cccATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCtttt > 2:145379/1‑115 (MQ=255) ggCCGCAATGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGAAGCCGGCCTCAc > 2:448881/1‑150 (MQ=255) cGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGTTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGAAGCCGGCCTCACTGt > 2:76768/1‑150 (MQ=255) aTTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTACGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGAAGCCGGCCTCACTGTCGa > 2:387359/1‑150 (MQ=255) | TGCTGACCTTCATGCTGCTTTGGAACATGTTTGGTGCGCTGTGGCTGCTACCGGCATTGGCGCGGTTCCTGATCAAGCCTGAGAAGATGGTGGGCAAGGAGGGTGGGTCGATCTTCGCCCATTGATTGGAGGGGGCCGCATTGCGGCCCCCCGGTTATACTGCCAGCTCATTTCAGATGGGTACCCCTATGTCCCCCCTCGCTACCGCCCTGCAGTCCTGCGATATGCTTTTGATCGACGGCCTGCACGCCTTCGATTTCACCGTTGATGAAGCCGGCCTCACTGTCGA > NC_002947/2293924‑2294212 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |