| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,403,353 | T→A | 15.1% | intergenic (‑249/‑64) | PP_2105 ← / → PP_2106 | hypothetical protein/ammonium transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,403,353 | 0 | T | A | 15.1% | 85.5 / 8.2 | 33 | intergenic (‑249/‑64) | PP_2105/PP_2106 | hypothetical protein/ammonium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/12); new base A (2/3); total (18/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCCTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCTGG > NC_002947/2403213‑2403495 | cgcCTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCGAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGAATCGGTGcca < 2:211760/150‑3 (MQ=255) cTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGa > 1:824756/1‑150 (MQ=255) gtgACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGAATCGGTGcca > 2:724460/1‑143 (MQ=255) gtgACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGAATCGGTGcca < 1:724460/145‑3 (MQ=255) aCCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAg > 1:74067/1‑150 (MQ=255) gTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTc < 2:507868/150‑1 (MQ=255) ttATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCt > 2:588780/1‑150 (MQ=255) cccGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCttt < 1:588780/150‑1 (MQ=255) gcgcAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGAATCGGTGccagc > 1:26492/1‑112 (MQ=255) gcgcAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGAATCGGTGccagc < 2:26492/116‑5 (MQ=255) cGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAgg > 1:238042/1‑150 (MQ=255) cTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATg < 2:306461/150‑1 (MQ=255) cTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATCTCATg > 1:20496/1‑150 (MQ=255) cTTAACACAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATg > 1:292842/1‑150 (MQ=255) cccAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGaaaa < 2:292842/150‑1 (MQ=255) cAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCATGTCTTCTTATTTCATGGAAAACATGCACATCGCTATggt > 2:246145/1‑149 (MQ=255) cAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGATGCCTTTTTcagca < 2:422521/110‑1 (MQ=255) cAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGATGCCTTTTTcagca > 1:422521/1‑110 (MQ=255) aaaCCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTg < 2:238042/150‑1 (MQ=255) aaCCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTgg < 2:74067/150‑1 (MQ=255) aaCCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTgg > 1:707638/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCAc > 1:845931/1‑150 (MQ=255) ccGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGcc > 2:353866/1‑92 (MQ=255) ccGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGcc < 1:353866/92‑1 (MQ=255) ggTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGa < 1:517185/108‑1 (MQ=255) ggTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGa > 2:517185/1‑108 (MQ=255) tAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGgcg > 2:132092/1‑150 (MQ=255) ggCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACGGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCTg < 2:707638/150‑1 (MQ=255) gCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTTTCGTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCTgg > 1:707701/1‑150 (MQ=255) gCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCa < 2:108677/135‑1 (MQ=255) gCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCa > 1:108677/1‑135 (MQ=255) aCCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGc < 1:90278/82‑1 (MQ=255) aCCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGc > 2:90278/1‑82 (MQ=255) | CGCCTGTGACCGGTTATGCGCCGATTCAGGGCGCCCGCGCAGCGGATACCGATAAACCTTAACCCAATCCACGACAAACCCAAGAAAAAACCACGCAGGCTTCACCCCGCTCACCTGAACAGGGTAGGGGCTGGCACCGATTCGGTGCAGGGATGCAGGTTCTTGAACTGTCCTGGTGCCTTTTTCAGCAGGTCTGCCTATTTCATGGAAAACATGCACAGCGCTATGGACTCTCTGGTCCACGGTTCCAACACCCTGTTCATTCTCATGGGCGCCATTCTGG > NC_002947/2403213‑2403495 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |