Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,404,288 | T→C | 12.0% | L291P (CTG→CCG) | PP_2106 → | ammonium transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,404,288 | 0 | T | C | 12.0% | 120.9 / 6.9 | 52 | L291P (CTG→CCG) | PP_2106 | ammonium transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/17); new base C (3/3); total (31/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 |
GTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTT > NC_002947/2404139‑2404432 | gTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCTGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCt < 1:814097/150‑1 (MQ=255) gTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCt > 1:91955/1‑150 (MQ=255) aTGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCCCGCCACC‑GGCCtggtg < 1:156013/150‑1 (MQ=255) ccATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCgg > 1:213754/1‑150 (MQ=255) cATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGGGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCggg > 1:71841/1‑150 (MQ=255) tgggtggCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATACCGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑AGGCCGGTGGCga > 1:19607/1‑143 (MQ=255) tgggtggCACCCTCTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑AGGCCGGTGGCga < 2:19607/144‑2 (MQ=255) gtggCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGt > 2:785959/1‑150 (MQ=255) gCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTg > 2:459650/1‑150 (MQ=255) ccTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTg > 1:834644/1‑150 (MQ=255) tGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGa < 2:346593/150‑1 (MQ=255) tGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGa < 2:91955/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATACCGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCTGGTGGGTGCGCTCGCCGCC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGag > 1:476455/1‑149 (MQ=255) tCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCCTAACGGCGCGCTGGGCGGGCTGGTGGCGGTTTGCGCAGGTTCCGATCTGGTGCACACGGTGGGTGCGCTCGCCACA‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCGGTTTGTGTGGAcc > 2:241094/1‑150 (MQ=255) aGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCtt < 2:38958/150‑1 (MQ=255) cGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCt > 2:785434/1‑141 (MQ=255) cGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCt < 1:785434/141‑1 (MQ=255) gcgcAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGttt < 2:728658/124‑1 (MQ=255) gcgcAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGttt > 1:728658/1‑124 (MQ=255) aCGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCt < 1:824428/150‑1 (MQ=255) aCGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCt < 1:672768/150‑1 (MQ=255) aCGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCt < 1:459650/150‑1 (MQ=255) ccGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGaaa > 1:848722/1‑150 (MQ=255) tGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGacgacg > 1:629297/1‑150 (MQ=255) gCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACCAGGCC‑GGTGGCga > 2:59863/1‑91 (MQ=255) gCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑AGGCCGGTGGCga < 1:59863/92‑2 (MQ=255) cATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTc < 1:785959/150‑1 (MQ=255) tAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCt > 1:133354/1‑150 (MQ=255) aCGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTgg > 1:313107/1‑150 (MQ=255) gCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCg > 2:546207/1‑150 (MQ=255) cGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCCCGCCACCAGGCC‑GGTGGCgagc > 1:50554/1‑73 (MQ=37) cGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCCCGCCACCAGGCC‑GGTGGCgagc < 2:50554/76‑4 (MQ=37) tggtggCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATg < 2:568320/150‑1 (MQ=255) tttGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCtgtgtg > 2:459925/1‑150 (MQ=255) gTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTggg < 2:834644/150‑1 (MQ=255) gTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTggg < 2:758073/150‑1 (MQ=255) ccGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTg < 1:459925/150‑1 (MQ=255) gATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGc > 2:376102/1‑150 (MQ=255) tCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCAt > 1:658064/1‑150 (MQ=255) cTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTc > 1:337581/1‑127 (MQ=255) cTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTc < 2:337581/127‑1 (MQ=255) tGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCg > 1:135962/1‑150 (MQ=255) aCCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTggg > 2:227610/1‑100 (MQ=255) aCCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTggg < 1:227610/100‑1 (MQ=255) aCCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCtgtgtg < 2:173361/126‑1 (MQ=255) aCCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCtgtgtg > 1:173361/1‑126 (MQ=255) aCCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCtgtg > 2:199802/1‑150 (MQ=255) cccGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTgg > 2:196886/1‑150 (MQ=255) ccGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGTAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTCTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGc < 1:371220/150‑1 (MQ=255) gcTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCa > 1:557652/1‑150 (MQ=255) ccccGCCACC‑AGGCCGGTGGCGAGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCa > 1:153007/4‑150 (MQ=255) ccGCCACC‑AGGCCGGTGGCGAGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATc > 1:822635/2‑128 (MQ=255) ccGCCACC‑AGGCCGGTGGCGAGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATc < 2:822635/127‑1 (MQ=255) ccACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTATGGCGTGTTCGGCCAGGTgg > 1:514093/1‑150 (MQ=255) c‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCGCCGCCGCGCAAAATCGCTGGGAAATCGACGACGTCCTGGGCGTCTGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGGGTGGGGTGCCACGGCGTGTGGCGTGTTGGTCGAGGTGGCGtt > 2:351066/1‑150 (MQ=255) | GTTGATGGCCATGGTGGGTGGCACCCTGTCAGCGTTGCTGGCCGGGCGCAACGACCCGGGCTTTCTGCATAACGGCCCGCTGGCCGGGCTGGTGGCGATTTGCGCAGGTTCCGATCTGATGCACCCGGTGGGTGCGCTCGCCACC‑GGCCTGGTGGCGGGGGCGCTGTTTGTCTGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTT > NC_002947/2404139‑2404432 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |