Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,410,897 | G→A | 11.8% | D198D (GAC→GAT) | acnA‑I ← | aconitate hydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,410,897 | 0 | G | A | 11.8% | 81.8 / 2.9 | 34 | D198D (GAC→GAT) | acnA‑I | aconitate hydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/17); new base A (2/2); total (15/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
GGGGATCAGCATCGATACCGGCTGGCCGAGCATGGCCGCTTCCGCTTCGATGCCGCCGACACCCCAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAGGCGCTCTGGCCCCAACGCAGAAAGGCATAGCGCTCGCCATTGCGCT > NC_002947/2410750‑2411039 | ggggATCAGGAGCGATACCGGCTGGCCGCGCATGGCCGCTTCCGCTTCGATGCCGCCGACACCCCAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTc < 2:47732/150‑1 (MQ=255) cATCGATACCGGCTGGCCGAGCATGGCCGCTTCCGCTTCGATGCCGCCGAAAGCGCAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACg > 1:278314/1‑150 (MQ=255) tCGATACCGGCTGGCCGAGCATGGCCGCTTCCGCTTCGATGCCGCCGACACCCCAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACggg < 2:703705/150‑1 (MQ=255) cGAGCATGGCCGCTTCCGCTTCGATGCCGCCGACACCCCAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCAGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGc > 1:342465/1‑150 (MQ=255) gCATGGCCGCTTCCGCTTCGATGCCGCCGACACCCCAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCCCACCGTGCGGCCCa < 1:419997/150‑1 (MQ=255) cATGGCCGCTTCCGCTTCGATGCCGCCGCCTCCCCAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAg < 1:655983/150‑1 (MQ=255) tccgcttcGATGCCGCCGACACCCCAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAgg < 2:500581/150‑1 (MQ=255) gcttcGATGCCGCCGACACCCCAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTg < 2:109425/150‑1 (MQ=255) gccgACACCCCAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCcac < 2:428735/112‑1 (MQ=255) gccgACACCCCAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCcac > 1:428735/1‑112 (MQ=255) cccAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCgg > 2:485390/1‑150 (MQ=255) ccAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGt < 2:27258/150‑1 (MQ=255) aGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGACAAATGCCGGTGCCCggg < 2:278314/150‑1 (MQ=255) gTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCgggg < 1:485390/150‑1 (MQ=255) aTCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTg > 2:668137/1‑150 (MQ=255) tCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGt < 1:668137/150‑1 (MQ=255) tggtgTGCGAGTCTGTGCCCACAAAGGTGTCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAgg > 1:542279/1‑150 (MQ=255) aGTCTGCGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAGGCGCTCTGGc < 1:442739/150‑1 (MQ=255) ccaccaAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCAc > 1:632484/1‑115 (MQ=255) ccaccaAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCAc < 2:632484/115‑1 (MQ=255) ccaccaAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAg > 2:45764/1‑131 (MQ=255) ccaccaAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAg < 1:45764/131‑1 (MQ=255) ccaccaAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAGGCGCTCTGGCCCCAACGCa > 2:449671/1‑150 (MQ=255) accaAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCg > 1:538322/1‑59 (MQ=255) accaAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCg < 2:538322/59‑1 (MQ=255) accaAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAGGCGCTCTGGCCCCAACGCAGa > 1:495960/1‑150 (MQ=255) aTCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCAGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAGGCGCTCTGGCCCCAACGCAGAAAGGCATa < 2:342465/150‑1 (MQ=255) aaGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGATCACGCGGAAGTTGTCGAAg < 2:40315/114‑1 (MQ=255) aaGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGATCACGCGGAAGTTGTCGAAg > 1:40315/1‑114 (MQ=255) tGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAGGCGCTCTGGCCCCAACGCAGAAAGGCATAGCGCTCGCCATTGCGCt > 1:35026/1‑150 (MQ=255) gCGGCCATCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAGGCGCTCTg > 2:410896/1‑111 (MQ=255) gCGGCCATCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAGGCGCTCTg > 2:410685/1‑111 (MQ=255) gCGGCCATCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAGGCGCTCTg < 1:410896/111‑1 (MQ=255) gCGGCCATCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAGGCGCTCTg < 1:410685/111‑1 (MQ=255) | GGGGATCAGCATCGATACCGGCTGGCCGAGCATGGCCGCTTCCGCTTCGATGCCGCCGACACCCCAGCCGAGTACGCCCAGGCCGTTGATCATGGTGGTGTGCGAGTCTGTGCCCACCAAGGTATCGGGGAAGGCATAGGTGCGGCCGTCGGCCTCACGGGTCCACACCGTGCGGCCCAGGTATTCCAGGTTGACCTGGTGGCAAATGCCGGTGCCCGGGGGGACCACGCGGAAGTTGTCGAAGGCGCTCTGGCCCCAACGCAGAAAGGCATAGCGCTCGCCATTGCGCT > NC_002947/2410750‑2411039 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |