| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,693,846 | G→A | 13.8% | A32T (GCC→ACC) | PP_2362 → | usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,693,846 | 0 | G | A | 13.8% | 103.9 / 6.9 | 43 | A32T (GCC→ACC) | PP_2362 | usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/21); new base A (3/3); total (19/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
TCAATGGTCAACACTCGGCGGACGCCATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGG > NC_002947/2693697‑2693995 | tCAATGGTCAACACTCGGCGGACGCCATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTgg > 2:668499/1‑150 (MQ=255) aaTGGTCAACACTCGGCGGACGCCATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGACTGAAGTGCAGGGGCCAGGGATGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGAcc > 1:721328/1‑150 (MQ=255) aTGGTCAACACTCGGCGGACGCCATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCa < 2:394558/150‑1 (MQ=255) 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cATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGACCATGGCCAGccccag < 2:565818/141‑3 (MQ=255) cATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGACCATGGCCAGccccag > 1:565818/1‑139 (MQ=255) aTGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGc > 2:285872/1‑149 (MQ=255) aTGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGc < 1:285872/149‑1 (MQ=255) aaCGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCg > 2:382783/1‑150 (MQ=255) ggCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGccc > 2:173357/1‑150 (MQ=255) aaTGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGga < 2:88463/150‑1 (MQ=255) tGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCGGGCAAGGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGgaga > 1:451692/1‑150 (MQ=255) tGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTcc < 2:166338/150‑1 (MQ=255) cAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGAt > 1:456549/1‑144 (MQ=255) 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ccGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGcc < 2:123884/63‑1 (MQ=255) gacgacGCGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCGACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGa < 1:555654/150‑1 (MQ=255) acgacgTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGAc < 2:164953/150‑1 (MQ=255) acgacgTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGAc < 2:139097/150‑1 (MQ=255) acgacgTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGAc < 2:245205/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGAt > 1:49631/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCgg < 2:355868/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGATCCTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCgg < 1:649437/150‑1 (MQ=255) tGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAAcc < 2:122646/121‑1 (MQ=255) tGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAAcc > 1:122646/1‑121 (MQ=255) gTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTgca < 2:451692/150‑1 (MQ=255) ccTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCcgac > 1:618931/1‑43 (MQ=255) ccTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCcgac < 2:618931/43‑1 (MQ=255) ccTGGAGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTCCCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTgcagca < 2:143359/150‑1 (MQ=255) ggggCTGACCATGGCCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGcg > 1:63526/1‑150 (MQ=255) gCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATAc > 2:137411/1‑130 (MQ=255) gCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATAc < 1:137411/130‑1 (MQ=255) gCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGcgggccggg > 2:518476/1‑150 (MQ=255) | TCAATGGTCAACACTCGGCGGACGCCATCCGCCAAGGCCAATGAGCCAACGGCCGAATGAAGTGCAGGGGCCAGGGAGGACCCGGCAATGGTTGGAAACCGTGTGTGAAATGGCTCCCGGCGACGACGTGCCGCTGGTGCCTGGGGCTGGCCATGGTCAGCCCCGCGCTGGTACTGGCCGACGACTTGCCCCCACCGCCCACGGAGATGTCCGCCATCGCCGAGGCCACCCTTTACCTCGACCTGGTGGTGAACCAGATGCCCAGGGTTGACCTGATACCGGTGCAGCAGCGGGCCGGG > NC_002947/2693697‑2693995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |