Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,789,637 | G→C | 9.3% | *63S (TGA→TCA) | PP_2441 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,789,637 | 0 | G | C | 9.3% | 130.0 / 5.2 | 43 | *63S (TGA→TCA) | PP_2441 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/19); new base C (2/2); total (22/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 |
CCCAAAGCCCGGGCAGCAAGAGCAGGACCTGCACTGGGGCTACCTGGAAATCTACGCCGACGGTCGCGCTGTGTTCGTCGACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGCGAGAATCGCCTCGATTTCCGC > NC_002947/2789488‑2789786 | cccAAAGCCCGGGCAGCAAGAGCAGGACCTGCACTGGGGCTACCTGGAAATCTACGCCGACGGTCGCGCTGTGTTCGTCGACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTg > 2:716971/1‑150 (MQ=255) ccAAAGCCCGGGCAGCAAGAGCAGGACCTGCACTGGGGCTACCTGGAAATCTACGCCGACGGTCGCGCTGTGTTCGTCGACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGa < 1:68878/150‑1 (MQ=255) gCCCGGGCAGCAAGAGCAGGACCTGCACTGGGGCTACCTGGAAATCTACGCCGACGGTCGCGCTGTGTTCGTCGACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCt < 1:591851/150‑1 (MQ=255) ccGGGCAGCAAGAGCAGGACCTGCACTGGGGCTACCTGGAAATCTACGCCCACGGTCGCGCTGTGTTCGTCGACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCa < 1:188413/150‑1 (MQ=255) gggCAGCAAGAGCAGGACCTGCACTGGGGCTACCTGGAAATCTACGCCGACGGTCGCGCTGTGTTCGTCGACAAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGc > 2:256080/1‑150 (MQ=255) cagcaAGAGCAGGACCTGCACTGGGGCTACCTGGAAATCTACGCCGACGGTCGCGCTGTGTTCGTCGACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCtt < 2:230767/150‑1 (MQ=255) cagcaAGAGCAGGACCTGCACTGGGGCTACCTGGAAATCTACGCCGACGGTCGCGCTGTGTTCGTCGACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCtt < 1:716971/150‑1 (MQ=255) gAAATCTACGCCGACGGTCGCGCTGTGTTCGTCGACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCaa > 2:216437/1‑150 (MQ=255) tCTACGCCGACGGTCGCGCTGTGTTCGTCGACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCg < 1:493431/150‑1 (MQ=255) cGACGGTCGCGCTGTGTTCGTCGACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTGCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCgggcttcg > 2:615639/1‑150 (MQ=255) gcTGTGTTCGTCGACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCgggcttcgagggcttcga > 1:824284/1‑150 (MQ=255) cgtcgACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGtct < 1:591794/150‑1 (MQ=255) ccTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTgc > 2:536732/1‑150 (MQ=255) cTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTgcc > 2:561090/1‑150 (MQ=255) tGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGac < 2:752336/138‑1 (MQ=255) tGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGac > 1:752336/1‑138 (MQ=255) gACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCAc < 1:202811/150‑1 (MQ=255) cGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCACAGAGCGCATCCAGCGCCGCAATGCTTGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTTACACACTGCCGCCACTgg > 1:232714/1‑150 (MQ=255) ggAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCACCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTg > 1:751502/1‑150 (MQ=255) gCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCgggcttc < 2:27743/100‑1 (MQ=255) gCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCgggcttc > 1:27743/1‑100 (MQ=255) ccGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGcgcc < 1:256080/150‑1 (MQ=255) gAGCGCAAGCGCTGCCGCCATTGCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGcgccgc < 2:232714/150‑1 (MQ=255) gcAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGCGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTc < 2:616110/150‑1 (MQ=255) aaGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCct > 1:821345/1‑150 (MQ=255) agCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCAc > 1:250224/1‑126 (MQ=255) agCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCAc < 2:250224/126‑1 (MQ=255) ccGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGt > 1:350268/1‑150 (MQ=255) cGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTg > 1:821962/1‑150 (MQ=255) aTTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGc < 2:46781/150‑1 (MQ=255) cccgaccccgaGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGCGAGaa > 2:816344/1‑150 (MQ=255) cccgaccccgaGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCCTGCAGCGCGaa > 2:156239/1‑150 (MQ=255) ccgaccccgaGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGCGAGAAt > 1:489838/1‑150 (MQ=255) ccgaccccgaGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGCGAGAAt > 2:773377/1‑150 (MQ=255) ggctgaGCCGTCACGGCTCGGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGCGAGAATCGcc < 2:146266/146‑1 (MQ=255) ggctgaGCCGTCACGGCTCGGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGCGAGAATCGcc > 1:146266/5‑150 (MQ=255) ccgaGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTg > 1:724684/1‑106 (MQ=255) ccgaGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTg < 2:724684/106‑1 (MQ=255) ccgaGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGCGAGAATCGCCTc < 1:216437/150‑1 (MQ=255) ccgaGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCCCCGCGAAGCGGGCCTCGAGGGCTTCGTTGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGCGAGAATCGCCTc < 1:102015/150‑1 (MQ=255) tgaGCCGTCACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGCGAGAATCGCCTCg > 1:717172/2‑150 (MQ=255) gaGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGcc > 2:566270/1‑129 (MQ=255) gaGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGcc < 1:566270/129‑1 (MQ=255) gaGCCGTCACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGCGAGAATCGCCTCGa < 2:717172/150‑1 (MQ=255) gACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGCGAGAATCGCCTCGATTTccgc > 2:255291/1‑150 (MQ=255) | CCCAAAGCCCGGGCAGCAAGAGCAGGACCTGCACTGGGGCTACCTGGAAATCTACGCCGACGGTCGCGCTGTGTTCGTCGACCAGCGCCCTACTGACCGGGAGCTGGCCGAGCGCAAGAGCTGCCGCAATTTCCCCGACCCCGAGCCGTGACGGCTCAGCCTTCCAGCTCAGCCAGGCGCGCTTCCAGCGCCGCAATGCGGGCTTCGAGGGCTTCGATGCGGTCTTCTGACACACTGCCGCCACTGGTGCGCGCGCCGCCTTCCTGCTGCCGTGCAGCGAGAATCGCCTCGATTTCCGC > NC_002947/2789488‑2789786 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |