Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,802,435 | T→C | 17.9% | L259P (CTG→CCG) ‡ | rbsA‑I → | ribose ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,802,435 | 0 | T | C | 17.9% | 52.7 / 5.6 | 28 | L259P (CTG→CCG) ‡ | rbsA‑I | ribose ABC transporter ‑ ATP‑binding subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/14); new base C (2/3); total (11/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 |
GCATCGCCTGGAAGAGTTGCAGCGCGTGGCCCAACGCATCGTTGTGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAGGTGCGCGAGGTGTCGTTCGAAGTCAGGGCAGGGGAGATTTTTGGCATCTCCGGCCTGATCGGCGCCGGCCGTACCGAGCTGCTGCGC > NC_002947/2802286‑2802583 | gCATCGCCTGGAAGAGTTGCAGCGCGTGGCCCAACGCATCGTTGTGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCt > 1:581201/1‑150 (MQ=255) gCATCGCCTGCAAGAGTTGCATCGCGTGGCCCAACGCATCGTTGTGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCt > 2:35995/1‑150 (MQ=255) aTCGCCTGGAAGAGTTGCAGCGCGTGGCCCAACGCATCGTTGTGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTgg < 1:759775/150‑1 (MQ=255) gAAGAGTTGCAGCGCGTGGCCCAACGCATCGTTGTGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCCAGGTCGatat < 1:451819/150‑4 (MQ=255) agagTTGCAGCGCGTGGCCCAACGCATCGTTGTGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCa < 2:581201/150‑1 (MQ=255) gTTGCAGCGCGTGGCCCAACGCACCGTTGTGGCGCGCAATCAGACCAGC‑GTTG‑GCGCTTAGCGCATCCGGCTCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGACGGTCGGCCGCGAGCTAAG‑CGAGATTTTCTACCTGGTTTGTCGGCAGtt < 2:401822/150‑1 (MQ=255) ttGCAGCGCGTGGCCCAACGCATCGTTGTGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTg > 2:413681/1‑150 (MQ=255) tGCAGCGCGTGGCCCAACGCATCGTTGTGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGTCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTgg < 1:50769/150‑1 (MQ=255) gTGGCCCAACGCATCGTTGTGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCg > 1:163371/1‑150 (MQ=255) gTGGCCCAACGCATCGTTGTGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCCAGGTCGatat < 1:199452/135‑4 (MQ=255) gTGGCCCAACGCATCGTTGTGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCCAGGTCGatat > 2:199452/1‑132 (MQ=255) cGTTGGGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGGCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGa < 2:597155/150‑1 (MQ=255) gtgCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACaaa < 1:95106/150‑1 (MQ=255) cAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGa < 1:413681/150‑1 (MQ=255) aaGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCCAGGTCGatat < 1:463003/102‑4 (MQ=255) aaGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCCAGGTCGatat > 2:463003/1‑99 (MQ=255) cTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAg < 1:35995/150‑1 (MQ=255) cTGGTGTGCGACAAGCCGAGCTAGGTCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCG‑GCGCTGGGCCGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAg < 1:270596/150‑1 (MQ=255) cgaGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAGGTGCGCGAGgt < 2:163371/150‑1 (MQ=255) ccGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAGGTGCGCGAGGTGTCg < 1:29367/150‑1 (MQ=255) cgcTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAGGTGCGCGAGGTGTCGTTCGAAGTc < 1:465535/150‑1 (MQ=255) tACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGt < 2:136505/114‑1 (MQ=255) tACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGt > 1:136505/1‑114 (MQ=255) aacggcagcGCCGAGCTGGTCAACATGATGGTCGGCCGCGAGCTGGC‑CGAACAAAACGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACAGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGTCGACAAGGTGCGCGAGGGGTCGTTCGAAGTcgga > 2:300260/5‑147 (MQ=255) cagcGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAGGTGCGCGAGGTGTCGTTCGAAGTcagggcagg < 1:242746/150‑1 (MQ=255) gCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAGGTGCGCGAGGTGTCGTTCGAAGTCAGGGCAGGGGAGAtttt > 1:778356/1‑150 (MQ=255) aCCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAGGTGCGCGAGGTGTCGTTCGAAGTCAGGGCAGGGGAGATTTTTGGCAtct > 2:748346/1‑150 (MQ=255) tGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAGGTGCGCGAGGTGTCGTTCGAAGTCAGGGCAGGGGAGATTTTTGGCATCTCCGGcc > 1:222229/1‑150 (MQ=255) cTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAGGTGCGCGAGGTGTCGTTCGAAGTCAGGGCAGGGGAGATTTTTGGCATCTCCGGCCTGATCGGCGCCGGCCGTACCGAGCTGCTgcgc > 1:653242/1‑150 (MQ=255) cTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAGGTGCGCGAGGTGTCGTTCGAAGTCAGGGCAGGGGAGATTTTTGGCATCTCCGGCCTGATCGGCGCCGGCCGTACCGAGCTGCTgcgc > 1:439259/1‑150 (MQ=255) | GCATCGCCTGGAAGAGTTGCAGCGCGTGGCCCAACGCATCGTTGTGCTGCGCGAT‑‑GGCAAGCTGGTGTGCGACGAGCCGATCCAGCGCTACAGCAGCGCCGAGCTGGTCAACCTGATGGTCGGCCGCGAGCTGGG‑CGAGCATATCGACCTGGGTCGACGGCAGTTGGGTGCACCGCTGCTCAAGGTCGACAAACTGTGCCGTGGCGACAAGGTGCGCGAGGTGTCGTTCGAAGTCAGGGCAGGGGAGATTTTTGGCATCTCCGGCCTGATCGGCGCCGGCCGTACCGAGCTGCTGCGC > NC_002947/2802286‑2802583 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |