| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,103,516 | A→T | 16.0% | A220A (GCA→GCT) ‡ M1M (ATG→TTG) † |
PP_2713 → PP_2714 → |
two‑component system response regulator sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,103,516 | 0 | A | T | 16.0% | 58.0 / 5.9 | 25 | A220A (GCA→GCT) ‡ M1M (ATG→TTG) † | PP_2713 PP_2714 | two‑component system response regulator sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/8); new base T (2/2); total (15/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
TGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCAGCCACGAAATTAACGAGGTATATGACGCGCACCTGGCCCAGAACGCGCGTTTGCTG > NC_002947/3103397‑3103665 | tGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGgc > 1:27002/1‑150 (MQ=255) gATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGcgcg > 1:607252/1‑150 (MQ=255) agagCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCATGCCTTGACCTc > 2:85737/1‑119 (MQ=255) agagCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCATGCCTTGACCTc < 1:85737/119‑1 (MQ=255) agagCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATg > 1:555470/1‑150 (MQ=255) ggAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTtg > 1:62432/1‑150 (MQ=255) agCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTtgctgc < 2:62432/150‑1 (MQ=255) tGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCtt < 2:555470/150‑1 (MQ=255) tACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCgcgc < 1:581057/150‑1 (MQ=255) aCCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGa < 2:771153/80‑1 (MQ=255) aCCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGa > 1:771153/1‑80 (MQ=255) aagaagCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTAcc > 1:241173/1‑150 (MQ=255) agCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGa > 2:518266/1‑150 (MQ=255) ctcttCAACGGCCTGATTCTCACGGTGCGCGCAATTGCCTATCTGGTCCAGGACAAGGCATAACCTCGCTCCGCCAGCGCACGCTGTGGCCCGTGATGATCTTCCTGCAACTCGGTACCGGCTTCCTCGCGCCCTACAACTACCACGAca < 2:122440/147‑1 (MQ=255) ttCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTc < 1:797107/110‑1 (MQ=255) ttCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTc > 2:797107/1‑110 (MQ=255) cAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACagcagc < 2:241173/150‑1 (MQ=255) gCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCAGCCACGa > 2:469693/1‑150 (MQ=255) tCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCAGCCACGAAATTAACGAGGTATATGACGCGCACCTGGcc > 2:577458/1‑150 (MQ=255) gcgaagcGAGGTCATGCCTTGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCAGCCACGAAATTAACGa < 2:629267/122‑1 (MQ=255) gcgaagcGAGGTCATGCCTTGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCAGCCACGAAATTAACGa > 1:629267/7‑128 (MQ=255) tGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCAGCCACGAAATTAACGAGGTATATGACGCGCACCTGGCCCa > 1:686310/1‑150 (MQ=255) tCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCAGCCACGAAATTAACGAGGTATATGACGCGCACCTGGCCCAGaa > 2:351453/1‑150 (MQ=255) ggTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCAGCCACGAAATTAACGAGGTATATGACGCGCACCTGGCCCAGAAcgcg < 1:469693/150‑1 (MQ=255) tCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCAGCCACGAAATTAACGAGGTATATGACGCGCACCTGGCCCAGAAcgcgcg > 1:42175/1‑150 (MQ=255) aTGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCAGCCACGAAATTAACGAGGTATATGACGCGCACCTGGCCCAGAACGCGCGTTtgctg > 2:370052/1‑150 (MQ=255) | TGGGATGAAGAGCCGGAGAGCAACACGCTGGAGGTGAACATCTACCATTTGCGCAAGAAGCTGTTCAACGGCCTGATTCGCACGGTGCGCGGAATTGGCTATCTGGTCGAGGTCAAGGCATGACCTCGCTTCGCCAGCGCACGCTGTGGCGCGTGATGCTCTTGCTGCTACTCGGTACCGGCTTGCTCGCGCTCTATAACTACCACGACAGCAGCCACGAAATTAACGAGGTATATGACGCGCACCTGGCCCAGAACGCGCGTTTGCTG > NC_002947/3103397‑3103665 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |