Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,166,099 | G→C | 11.7% | G163A (GGC→GCC) | PP_2780 → | 3‑oxoacyl‑ACP synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,166,099 | 0 | G | C | 11.7% | 114.4 / 2.6 | 40 | G163A (GGC→GCC) | PP_2780 | 3‑oxoacyl‑ACP synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/17); new base C (2/3); total (20/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCGTTTGCAGGACATGCTGCTCAGCCTGGCGGATAACCCGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTGGCCATTGCCGGGGGCGCCGATTCGGTGCTTAGCCTGGACACC > NC_002947/3165953‑3166247 | tCGTTTGCCGGACATGCTGCTCAGCCTGGCGGATAACCCGGCGCAGCCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCAt < 1:185566/150‑1 (MQ=255) gCAGGACATGCTGCTCAGCCTGGCGGATAAGCCGGCGCAGGCGCCGAGCTGGGCTCAAGTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGGCAGAGCAACGACCGCCTTGCCCGGGTGATTGCCGAGGCCATCGGCaa < 2:400492/150‑2 (MQ=255) gCAGGACATGCTGCTCAGCCTGGCGGATAACCCGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAg > 2:545261/1‑150 (MQ=255) cAGGACATGCTGCTCAGCCTGGCGGATAACCCGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGt < 1:545261/150‑1 (MQ=255) tCAGCCTGGCGGATAACCCGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGa > 2:200306/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGGATAACCCGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCaa < 1:466470/150‑1 (MQ=255) cGGATAACCCGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTca < 1:116086/150‑1 (MQ=255) ggATAACCCGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACATTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGTCAGTGAAGGCGCGGTGATCAATGTcag > 2:345982/1‑150 (MQ=255) cccGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATCGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAgcgc < 1:515879/150‑1 (MQ=255) ccGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTcag < 2:536565/143‑1 (MQ=255) ccGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTcag > 1:536565/1‑143 (MQ=255) ccGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGcc > 1:42604/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGCCATCGGCaa < 2:815987/119‑2 (MQ=255) ccGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGCCATCGGCaa < 2:815736/119‑2 (MQ=255) ccGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGCCATCGGCaa > 1:815987/1‑118 (MQ=255) ccGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGCCATCGGCaa > 1:815736/1‑118 (MQ=255) gggCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCgg < 1:595270/97‑1 (MQ=255) gggCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCgg > 2:595270/1‑97 (MQ=255) aTTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGt > 2:473085/1‑94 (MQ=255) aTTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGt < 1:473085/94‑1 (MQ=255) gcgACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCAtt > 2:194280/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAgat > 2:299621/1‑150 (MQ=255) aGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAgat < 1:718893/145‑1 (MQ=255) aGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAgat > 2:718893/1‑145 (MQ=255) tCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCa < 1:74006/69‑1 (MQ=255) tCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCa > 2:74006/1‑69 (MQ=255) tGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAgcgc < 1:519565/93‑1 (MQ=255) tGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAgcgc > 2:519565/1‑93 (MQ=255) catgtCACTGCGTCAGAGCAAAGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGt < 2:347348/146‑1 (MQ=255) aGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTc > 1:685863/1‑150 (MQ=255) tGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTgg < 1:200306/150‑1 (MQ=255) gagCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTGGCCATTGc > 2:62116/1‑150 (MQ=255) cAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTGGCCATTGCCgg < 2:23754/150‑1 (MQ=255) gCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTGGCCATTGCCGGGGGCGCCg > 1:714805/1‑150 (MQ=255) cgGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTGGCCATTGCCGGGGGCGCCGATTCGGTg < 1:345982/150‑1 (MQ=255) gTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTGGCCATTGCCGGGGGCGCCGATTCGGTGCtt < 2:204915/150‑1 (MQ=255) ttGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTGGCCATTGCCGGGGGCGCCGATTCGGTGCTTAGcc > 1:383187/1‑150 (MQ=255) cGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTGGCCATTGCCGGGGGCGCCGATTCGGTGCTTAGCCTGGa > 2:308295/1‑150 (MQ=255) cGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTGGCCATTGCCGGGGGCGCCGATTCGGTGCTTAGCCTGGa < 1:62116/150‑1 (MQ=255) gATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTGGCCATTGCCGGGGGCGCCGATTCGGTGCTTAGCCTGGac > 1:339300/1‑150 (MQ=255) ggCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTGGCCATTGCCGGGGGCGCCGATTCGGTGCTTAGCCTGGACAcc < 2:339300/150‑1 (MQ=255) | TCGTTTGCAGGACATGCTGCTCAGCCTGGCGGATAACCCGGCGCAGGCGCCGTCCTGGGCTCAATTGATGGCGCGACAGGCGCAGGTCGATCCTGACAGTTCACTGCGTCAGAGCAACGACCGCCTTGCGCGGGTGATTGCCGATGGCATCGGCAGTGAAGGCCCGGTGATCAATGTCAGCAGCGCCTGCGCGGGAGCGTCCCAGGCCATCGGCAATGCATTCCAGATGATCCGTCGCGGCGAGGTCGAGCTGGCCATTGCCGGGGGCGCCGATTCGGTGCTTAGCCTGGACACC > NC_002947/3165953‑3166247 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |