| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,277,390 | G→A | 18.4% | H258H (CAC→CAT) | ampC ← | beta‑lactamase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,277,390 | 0 | G | A | 18.4% | 54.6 / 5.4 | 28 | H258H (CAC→CAT) | ampC | beta‑lactamase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/14); new base A (2/3); total (11/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 | |||||||||||
CTGTTGCCATCGATCAGTGTGCTCAGCGTGACCGGGTAGGGGTAGCGTTCCCAGCCCAGGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGT‑AAGGGCCGGGCCCTACACGCACCGGCTTGTCGTCGGCGTCATACCCTTGGGCATAAAGCCCCTGGGCGCTGGCC > NC_002947/3277241‑3277528 | cTGTTGCCATCGATCAGTGTGCTCAGCGTGACCGGGTAGGGGTAGCGTTCCCAGCCCAGGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGCCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCAtg > 2:614324/1‑150 (MQ=255) ttGCCATCGATCAGTGTGCTCAGAGTGACCGGGTAGGGGTAGCGTTCCCAGCCCAGGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGc < 2:412480/150‑1 (MQ=255) gCCATCGATCAGTGTGCTCAGCGTGACCGGGTAGGGGTAGCGTTCCCAGCCCAGGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCaa > 2:317508/1‑150 (MQ=255) aTCGATCAGTGTGCTCAGCGTGACCGTGGAGGGGTAGCGTTCCCAGCCCAGGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCg > 2:715843/1‑150 (MQ=255) aTCGATCAGTGTGCTCAGCGTGACCGGGTAGGGGTAGCGTTCCCAGCCCAGGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCg > 1:434532/1‑150 (MQ=255) tCAGCGTGACCGGGTAGGGGTAGCGTTCCCAGCCCAGGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCGGTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATCTGCGACCGCGCATAGCgcagca > 1:527279/1‑150 (MQ=255) gggtaggggtagCGTTCCCAGCCCAGGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCgcagca < 2:587284/139‑1 (MQ=255) gggtaggggtagCGTTCCCAGCCCAGGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCgcagca > 1:587284/1‑139 (MQ=255) cGTTCCCAGCCCAGGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGAACCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATg < 1:542942/150‑1 (MQ=255) cccagcccagGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGt < 1:529265/150‑1 (MQ=255) cccagGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGcc > 1:171833/1‑150 (MQ=255) agGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCa > 1:706786/1‑150 (MQ=255) tCATGGCGTCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGT‑AAg < 1:36960/150‑1 (MQ=255) ggCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGT‑AAgggcc < 1:317508/150‑1 (MQ=255) gcCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGTTGCACATGCAGCCGcagg < 1:550204/88‑3 (MQ=38) gcCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGTTGCACATGCAGCCGcagg > 2:550204/1‑86 (MQ=38) cTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGTTGCACATGCAGCCGca < 1:247516/80‑1 (MQ=38) cTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGTTGCACATGCAGCCGca > 2:247516/1‑80 (MQ=38) cTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGTGTAGGGCCCGGCCCtt > 1:819960/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGT‑AAGGGCCGGGCCCTACACGCACCGGCt < 1:715843/150‑1 (MQ=255) ctgctgGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGT‑AAGGGCCGGGCCCTACACGCACCGGCtt < 2:453596/150‑1 (MQ=255) gCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGT‑AAGGGCCGGGCCCTacac < 2:359962/121‑1 (MQ=255) gCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGT‑AAGGGCCGGGCCCTacac > 1:359962/1‑121 (MQ=255) tCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCGCGGTGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCTGCGGCTG‑AAGGGCCGGGCCCTACACGCACCGGCTTGTCGTCGGCGTCATACCCTTggg < 2:634188/150‑1 (MQ=255) tCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGT‑AAGGGCCGGGCCCTACACGCACCGGCTTGTCGTCGGCGTCATACCCTTggg < 2:706786/150‑1 (MQ=255) ggCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGT‑AAGGGCCGGGCCCTACACGCACCGGCTTGTCGTCGGCGTCATACCCTTGGGCATAAAg < 2:192721/150‑1 (MQ=255) tGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGT‑AAGGGCCGGGCCCTACACGCACCGGCTTGTCGTCGGCGTCATACCCTTGGGCATAAAGCCCCTg < 1:614324/150‑1 (MQ=255) cAGGCCCTGCGGCTGCATATGCAACCGCACAGAGCCTAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTCATGCCGTAGGCCTCATTGGCAC‑CAGCGCCGGGCCTGACACGCATCGGCTTGTCGCCGGCATCATACCCTTGGGCATAAAGcccgtacgc < 2:118396/150‑7 (MQ=255) tGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGT‑AAGGGCCGGGCCCTACACGCACCGGCTTGTCGTCGGCGTCATACCCTTGGGCATAAAGCCCCTGGGCGCTGGcc < 2:527279/150‑1 (MQ=255) | CTGTTGCCATCGATCAGTGTGCTCAGCGTGACCGGGTAGGGGTAGCGTTCCCAGCCCAGGCCTTGCGTCATGGCGCCAACCTGGAAGTAGCCCTGCTGGGTAATGGCGGTGGCTTTCGCCAGGGCCGGTGGCAGGCCCTGCGGCTGCATGTGCAACCGCACATAGCGCAGCAGGTCGCTGGCGCTGGTTTTGATGCCGTAGGCCTCATCGGCGT‑AAGGGCCGGGCCCTACACGCACCGGCTTGTCGTCGGCGTCATACCCTTGGGCATAAAGCCCCTGGGCGCTGGCC > NC_002947/3277241‑3277528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |