| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,420,695 | A→T | 18.5% | intergenic (‑42/+67) | PP_3035 ← / ← PP_5554 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,420,695 | 0 | A | T | 18.5% | 54.4 / 9.4 | 27 | intergenic (‑42/+67) | PP_3035/PP_5554 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/10); new base T (2/3); total (14/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
CAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTAAGT > NC_002947/3420555‑3420837 | cAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACTTGTGCCTgga < 2:14296/150‑2 (MQ=255) aaaaaaaaGGAGACCCGAATGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGGGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCGAGGCACAAGTCCCTGGGTGCGGCCTTtctc > 2:212626/3‑150 (MQ=255) aGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCt < 2:756906/127‑1 (MQ=255) aGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCt > 1:756906/1‑127 (MQ=255) 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(MQ=255) aagTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGcc > 2:807323/3‑150 (MQ=255) gtaCCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCg > 1:677377/1‑150 (MQ=255) acaGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACt < 1:4966/150‑1 (MQ=255) gCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTCCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCAGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTaa < 1:87537/150‑1 (MQ=255) cTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAATCCGGGGGTCCAGGCACTAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGTCGACATCACTGGTAAt < 2:234565/150‑1 (MQ=255) 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CAAAGGCCGACATAGAAAAAAGGCGACCCGAAGGTCGCCTGGTTTCCCCCAGTAGTACCACCACAGTGCTACCGGGCCGCGTTCAAGGATGTGGTGCACACCACGAAACTACTGTCCTTGAACCCGGGGGTCCAGGCACAAGTGCCTGGGTGCCGCCTTTCTCCACCACAGATAGGGCGGCGGGGTGCCAGTGATAGTCGGGCGACATCACTGGTAATAGCTCTTAACGAGCCATGCGGCGAGTGTAACACCACCGCTCGTCGCTGGGACTGGCAGCTTAAGT > NC_002947/3420555‑3420837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |