Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,684,037 | T→G | 12.5% | L97R (CTG→CGG) ‡ | PP_3250 → | transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,684,037 | 0 | T | G | 12.5% | 69.6 / 5.7 | 32 | L97R (CTG→CGG) ‡ | PP_3250 | transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/15); new base G (2/2); total (15/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.65e-01 |
TGGAAAACCTGCAGTGGCTGTTCACCGGCACCTTCATTGCCACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGATCTCGCTGGCCTGGAGCGTGCTCGCCGATCTGTTTTCCACCGCCCAGG > NC_002947/3683902‑3684180 | tGGAAAACCTGCAGTGGCTGTTCACCGGCACCTTCATTGCCACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCCACACAAGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCgg > 2:117033/1‑150 (MQ=255) tGCAGTGGCTGTTCACCGGCACCTTCATTGCCACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTgg > 1:382755/1‑150 (MQ=255) tGTTCACCGGCACCTTCATTGCCACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTg < 1:740686/122‑1 (MQ=255) tGTTCACCGGCACCTTCATTGCCACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTg > 2:740686/1‑122 (MQ=255) tGTTCACCGGCACCTTCATTGCCACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGCCCgggcggc > 1:374131/1‑145 (MQ=255) cACCGGCACCTTCATTGCCACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTga < 2:170239/150‑1 (MQ=255) cACCGGCACCTTCATTGCCACGTTGGCGTGCCTGCCGATGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTga < 1:545434/150‑1 (MQ=255) cccGGCACCTTCATTGCCACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTgac < 2:776585/149‑1 (MQ=255) cTTCATTGCCACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTg > 2:219118/1‑150 (MQ=255) cTTCATTGCCACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTg > 1:8991/1‑150 (MQ=255) ccACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGc > 1:572079/1‑121 (MQ=255) ccACGTTGGCGTGCCTGCCCCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGc < 2:572079/121‑1 (MQ=255) cACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACAGGTTGCTggc < 2:280170/105‑3 (MQ=255) cACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACAGGTTGCTggc > 1:280170/1‑103 (MQ=255) ccGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTgg < 2:359143/150‑1 (MQ=255) tggctggcCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTc > 2:767637/1‑150 (MQ=255) tggcCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAAtt > 2:813679/1‑150 (MQ=255) aGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGCCCGCCCGGGCGTTCTATATCTGCCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGATCTCGCTGGcc < 2:8991/150‑1 (MQ=255) atatCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTc < 1:389615/122‑1 (MQ=255) atatCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTc > 2:389615/1‑122 (MQ=255) tCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGATCTCGCTGGCCTGGAGCg > 1:334905/1‑150 (MQ=255) cTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTgacgac < 2:132154/75‑1 (MQ=255) cTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTgacgac > 1:132154/1‑75 (MQ=255) tGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGATCTCGCTGGCCTGGAGCGTGc < 2:38056/150‑1 (MQ=255) gCCTTGGACTTATGGTCTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCTTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGATCTCGCTGGCCTGGAGCgggtc < 2:79026/150‑5 (MQ=255) ttGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGATCTCGCTGGCCTGGAGCGTGCTCGc < 1:767637/150‑1 (MQ=255) ttATGGTTTTTTCGACAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGATCTCGCTGGCCTGGAGCGTGCTCGCCGATCt < 1:813679/150‑1 (MQ=255) tttttCGCCAGCCACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTCGGCCGGTATTCCGGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGATCGCTCTGGCCTGGATCGTGCTCGCCGATCTGTTTTcc < 1:203491/150‑1 (MQ=255) ccAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGATCTCGCTGGCCTGGAGCGTGCTCGCCGATCTGTTTTCCACCGccc > 1:271959/1‑150 (MQ=255) acAGCAACAGGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGATCTCGCTGGCCTGGa < 2:356421/119‑1 (MQ=255) acAGCAACAGGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGATCTCGCTGGCCTGGa > 1:356421/2‑120 (MQ=255) gcccccTGTTGTTATTCGCGGCACTGGTGACCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGGGCTCGCTGGCCTGGAGCGTGCTCGCCGATCTGTTTTCCACCGCCCAgg < 2:334905/146‑1 (MQ=255) | TGGAAAACCTGCAGTGGCTGTTCACCGGCACCTTCATTGCCACGTTGGCGTGCCTGCCGCTGTTTGGCTGGCTGGCCTCCAGGGTGCAGCGCAGGCATATCCTGCCTTGGACTTATGGTTTTTTCGCCAGCAACCTGTTGCTGTTCGCGGCACTGTTGGCCGGTAACCCTGACGACCTCTGGACCGCCCGGGCGTTCTATATCTGGCTGTCGGTGTTCAATTTGCTGACGATCTCGCTGGCCTGGAGCGTGCTCGCCGATCTGTTTTCCACCGCCCAGG > NC_002947/3683902‑3684180 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |