| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,752,681 | G→C | 9.3% | G415G (GGC→GGG) | PP_3316 ← | chaperone‑associated ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,752,681 | 0 | G | C | 9.3% | 131.9 / 5.2 | 43 | G415G (GGC→GGG) | PP_3316 | chaperone‑associated ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/19); new base C (2/2); total (22/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 | |||||||||||
GCTCGGGCACCACGACCGGTTGGAAACGCCGCTCCAGCGCAGCGTCCTGCTCGATGTACTTCTGGTACTCGTTGAGCGTCGTCGCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCACGCGCTCCTCGAACTCGCCTCGGTACTTCGCGCCA > NC_002947/3752536‑3752822 | gCTCGGGCACCACGACCGGTTGGAAACGCCGCTCCAGCGCAGCGTCCTGCTCGATGTACTTCTGGTACTCGTTGAGCGTCGTCGCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAgccgc < 2:501571/150‑1 (MQ=255)gCTCGGGCACCACGACCGGTTGGAAACGCCGCTCCAGCGCAGCGTCCTGCTCGATGTACTTCTGGTACTCGTTGAGCGTCGTCGCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAgccgc < 1:470335/150‑1 (MQ=255) cacGACCGGTTGGAAACGCCGCTCCAGCGCAGCGTCCTGCTCGATGTACTTCTGGTACTCGTTGAGCGTCGTCGCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCAcc > 1:77542/1‑150 (MQ=255) cacGACCGGTTGGAAACGCCGCTCCAGCGCAGCCCCCTGCTCGATGTACTTCTGGTACTCGTTGAGCGTCGTCGCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCAcc > 2:301128/1‑150 (MQ=255) cGGTTGGAAACGCCGCTCCAGCGCAGCGTCCTGCTCGATGTACTTCTGGTACTCGTTGAGCGTCGTCGCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTg < 2:282785/150‑1 (MQ=255) ggTTGGAAACGCCGCTCCAGCGCAGCGTCCTGCTCGATGTACTTCTGGTACTCGTTGAGCGTCGTCGCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTgg < 1:301128/150‑1 (MQ=255) gccgcTCCAGCGCAGCGTCCTGCTCGATGTACTTCTGGTACTCGTTGAGCGTCGTCGCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCcga > 1:74367/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGCAGCGTCCTGCTCGATGTACTTCTGGTACTCGTTGAGCGTCGTCGCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATg > 1:485616/1‑150 (MQ=255) gcgcagcgTCCTGCTCGATGTACTTCTGGTACTCGTTGAGCGTCGTCGCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGgtgt < 2:379805/150‑1 (MQ=255) 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tcgCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTc < 1:705627/133‑1 (MQ=255) tcgCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTc > 2:705627/1‑133 (MQ=255) gcCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTc > 1:735304/1‑150 (MQ=255) ccAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCTATTTcc < 2:96044/150‑1 (MQ=255) ccAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTcc < 1:267339/150‑1 (MQ=255) ccAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTcc < 1:267291/150‑1 (MQ=255) tCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTg > 1:476526/1‑76 (MQ=255) tCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTg < 2:476526/76‑1 (MQ=255) ggTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGa < 1:332778/128‑1 (MQ=255) ggTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGa > 2:332778/1‑128 (MQ=255) accacGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCAc > 1:424120/1‑150 (MQ=255) cacGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGgtgt > 1:392011/1‑81 (MQ=255) cacGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGgtgt < 2:392011/81‑1 (MQ=255) cacGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCa < 1:339625/135‑1 (MQ=255) cacGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCa > 2:339625/1‑135 (MQ=255) tcatcGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCAg > 2:326615/1‑127 (MQ=255) tcatcGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCAg < 1:326615/127‑1 (MQ=255) tcGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCGCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCACGCGCTCCTCGAACt > 1:609003/1‑150 (MQ=255) gCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCcgacga > 1:42706/1‑60 (MQ=255) gCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCcgacga < 2:42706/60‑1 (MQ=255) tttaataCGTTGGCCACGTCCAACCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCACGCGCTCCTCGAACTCGCCt < 2:732310/144‑1 (MQ=255) tcgaggtcGTGGGCCACGTCCAACCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCACGCGCTCCTCGAACTCGCCt < 2:732520/143‑1 (MQ=255) aaGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCACGCGCTCCTCGAACTCGCCTCgg < 2:424120/150‑1 (MQ=255) gACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGa > 1:200449/1‑94 (MQ=255) gACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGa < 2:200449/94‑1 (MQ=255) gACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCACGCGCTCCTCGAACTCGCCTCGGTa > 1:525209/1‑150 (MQ=255) ttGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGACCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATTCTCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCACGCGCTCCTCGAACTCGCCTCGGTACTTc < 2:411174/150‑1 (MQ=255) ccACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCACGCGCTCCTCGAACTCGCCTCGGTACTTCgcgc > 2:713356/1‑150 (MQ=255) ccACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCACGCGCTCCTCGAACTCGCCTCGGTACTTCgcgc < 2:74367/150‑1 (MQ=255) aCGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCGCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATACAGAGAATCAGCGCGCCAGTATGCTCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCACGCGCTCCTCGAACTCGCCTCGGTACTTCGCgcca < 1:277475/150‑1 (MQ=255) aCGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCACGCGCTCCTCGAACTCGCCTCGGTACTTCGCgcca > 1:428428/1‑150 (MQ=255) | GCTCGGGCACCACGACCGGTTGGAAACGCCGCTCCAGCGCAGCGTCCTGCTCGATGTACTTCTGGTACTCGTTGAGCGTCGTCGCGCCAATCAGGTTCAGCTCACCACGCGCCATCATCGGCTTGAAGACGTTGGCCACGTCCAAGCCGCCTTCTCCACCGCCCTGGCCTGCCCCGACGATGGTGTGCACTTCGTCGATGAAGAGAATCAGCTCGCCCTGATGCTCGGCGATTTCCTTCAGCACCTTCTGCACGCGCTCCTCGAACTCGCCTCGGTACTTCGCGCCA > NC_002947/3752536‑3752822 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |