| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,782,002 | G→C | 16.7% | Q278H (CAG→CAC) | nikB → | nickel ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,782,002 | 0 | G | C | 16.7% | 85.1 / 11.4 | 37 | Q278H (CAG→CAC) | nikB | nickel ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/12); new base C (3/3); total (21/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 | |||||||||||
CTGGCTGCCGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTG > NC_002947/3781858‑3782142 | cTGGCTGCCGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCtt > 2:506492/1‑150 (MQ=255) gCCGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGAAGCACTGCATCAccgg < 2:155955/150‑3 (MQ=255) tGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCATTGCTTCACCCTGCTAc > 1:200652/1‑150 (MQ=255) cGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGAAGCACTGCATCAccg < 2:181943/131‑2 (MQ=255) cGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGAAGCACTGCATCAccg > 1:181943/1‑130 (MQ=255) gCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCtga < 1:41227/150‑1 (MQ=255) gtttaTCCGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGCAGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTCCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTgatgat < 2:394178/146‑1 (MQ=255) ggcggcGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGAt < 1:77414/150‑1 (MQ=255) ggcggcGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTAATGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGAt > 1:852855/1‑150 (MQ=255) aTCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTgg < 1:702267/150‑1 (MQ=255) tCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGc < 1:506492/150‑1 (MQ=255) gagaCGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGc < 2:703651/148‑1 (MQ=255) gagaCGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGc > 1:703651/1‑148 (MQ=255) agaCGTTCTTCGCCTGTCCCGGGGTTGGTCGTTTGGGGGTGTCGGCAGTGCTTAACGGCAACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTGCTGACAGGCGTGCTGATGAAGTGTAAGGTGAGAGTCGATGTGTGCTACGCCTTGCCTg > 2:3170/1‑150 (MQ=255) agaCGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTg > 1:698375/1‑150 (MQ=255) gaCGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCATTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGa < 2:200652/150‑1 (MQ=255) gaCGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGa < 2:736094/129‑1 (MQ=255) gaCGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGa > 1:736094/1‑129 (MQ=255) ttCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCCGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGc > 2:400735/1‑150 (MQ=255) tCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCct < 1:33842/75‑1 (MQ=255) tCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCct > 2:33842/1‑75 (MQ=255) tCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGaa > 2:582623/1‑150 (MQ=255) tttGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTGTAGCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCa < 1:480456/150‑1 (MQ=255) gCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGGTCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGCGTTAAGCCGCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGa < 1:627292/150‑1 (MQ=255) ttAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCt > 1:62573/1‑150 (MQ=255) ccGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGAtgtgtg < 1:672513/81‑1 (MQ=255) ccGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGAtgtgtg > 2:672513/1‑81 (MQ=255) cgcgACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTc > 2:787031/1‑150 (MQ=255) cgcgACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTc > 1:588386/1‑150 (MQ=255) gtagcagggTGAAGCACTGCATCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGcc > 2:77347/8‑150 (MQ=255) cTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATTTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCa > 2:379977/1‑150 (MQ=255) ttCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTATCACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCAt > 1:22961/1‑150 (MQ=255) gcagggTGAAGCACTGCATCACCGTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAggg > 2:347988/5‑110 (MQ=255) gcagggTGAAGCACTGCATCACCGTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAggg < 1:347988/106‑1 (MQ=255) ggTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATtgctg > 1:585916/1‑150 (MQ=255) gTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCt < 1:202714/46‑1 (MQ=255) gTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCt > 2:202714/1‑46 (MQ=255) | CTGGCTGCCGCTGGTGACGGCCACCGGCATGCACATCGGCGAACTGCTCGGCGGCGCACTGGTGATCGAGACGATCTTCGCCTGGCCCGGCGTTGGTCGTTTTGCGGTGTCGGCAGTGCTTAACCGCGACTTCCCGGTGATGCAGTGCTTCACCCTGCTACTGACCGGCCTGCTGATGATCTGTAACCTGATAGTCGATGTGTGCTACGCCTGGCTTGATCCTCGCAGCCGGCTGGAAGGGGTGAACGCATGAGTGTGCACGCTGCCCTGCGTCAGCCATTGCTG > NC_002947/3781858‑3782142 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |