Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,876,231 | C→G | 9.5% | L227V (CTG→GTG) | xcpS → | type II secretion pathway protein XcpS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,876,231 | 0 | C | G | 9.5% | 127.3 / 5.4 | 42 | L227V (CTG→GTG) | xcpS | type II secretion pathway protein XcpS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/16); new base G (2/2); total (24/18) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 |
CTGGTGGGAGGCGGTGTGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTCTATCGC > NC_002947/3876084‑3876377 | cTGGTGGGAGGCGGTGTGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTg > 1:387084/1‑150 (MQ=255) gggAGGCGGTGTGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCt < 2:387084/150‑1 (MQ=255) gAGGCGGTGTGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCAGTGGCGCttg < 2:628395/150‑3 (MQ=255) gtgCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGt > 1:17031/1‑150 (MQ=255) tgCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTgg > 1:299743/1‑138 (MQ=255) tgCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTgg < 2:299743/138‑1 (MQ=255) gcgTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCtgctgc > 2:45438/1‑146 (MQ=255) gcgTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCtgctgc < 1:45438/146‑1 (MQ=255) cAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCAGTGGCGCttg > 2:586799/1‑102 (MQ=255) cAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCAGTGGCGCttg < 1:586799/104‑3 (MQ=255) ccAGGTGTTCGAAGACATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCcgcg > 1:332985/1‑150 (MQ=255) aGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTg < 1:526507/111‑1 (MQ=255) aGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTg > 2:526507/1‑111 (MQ=255) ttCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGCCCCCTCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACgg > 1:437807/1‑150 (MQ=255) gAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTAc > 2:831556/1‑150 (MQ=255) aGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGGCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTg < 1:831556/150‑1 (MQ=255) gCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCGGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTggg > 1:384212/1‑150 (MQ=255) tGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTACTGATGCAGGTAGGACTGTTTCTGCATGACCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGTGTATTTTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGcct > 2:524377/1‑150 (MQ=255) gggCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGcctc > 1:539260/1‑150 (MQ=255) aCCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTgcg > 1:171571/1‑150 (MQ=255) cccTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTgg > 2:142789/1‑132 (MQ=255) cccTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTgg < 1:142789/132‑1 (MQ=255) cccTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTgcgg > 2:310893/1‑150 (MQ=255) cTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTg < 2:318697/150‑1 (MQ=255) cTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTg < 1:778548/150‑1 (MQ=255) tCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGgc < 2:795757/91‑1 (MQ=255) tCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGgc > 1:795757/1‑91 (MQ=255) gggTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCg < 2:20986/147‑1 (MQ=255) gggTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCg > 1:20986/1‑147 (MQ=255) tGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGc > 2:511383/1‑150 (MQ=255) tGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAgc < 2:171571/150‑1 (MQ=255) tCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCtga < 1:48924/150‑1 (MQ=255) ggCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCCCTGCACCAGCGCCtgatg > 2:834236/1‑150 (MQ=255) ccTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTgatgat > 2:767053/1‑150 (MQ=255) tttCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTAc < 2:646644/150‑1 (MQ=255) tttCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTAc > 1:396049/1‑150 (MQ=255) gCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCt > 1:277034/1‑150 (MQ=255) tgcccaGCGCCAGTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGt > 2:160386/6‑150 (MQ=255) cAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGt < 2:17031/150‑1 (MQ=255) aGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGtt < 2:332985/150‑1 (MQ=255) gCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGttt < 2:384212/150‑1 (MQ=255) ccACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTCTAtcgc > 2:290071/1‑150 (MQ=255) | CTGGTGGGAGGCGGTGTGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTCTATCGC > NC_002947/3876084‑3876377 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |