| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,893,528 | G→C | 8.5% | G283A (GGC→GCC) | rarD → | chloramphenicol‑sensitive protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,893,528 | 0 | G | C | 8.5% | 139.1 / 4.1 | 47 | G283A (GGC→GCC) | rarD | chloramphenicol‑sensitive protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/19); new base C (2/2); total (26/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
TGCCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCTCATCA > NC_002947/3893381‑3893676 | tgcCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCt > 2:596916/1‑150 (MQ=255) ccATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTc > 1:806012/1‑150 (MQ=255) aTTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCaa < 2:420769/150‑1 (MQ=255) gCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCAcc > 1:36105/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTAc < 1:587133/150‑1 (MQ=255) cTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAg > 2:388528/1‑150 (MQ=255) tGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAAGCCCTCAAGCAc > 1:306056/1‑137 (MQ=255) tGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAAGCCCTCAAGCAc < 2:306056/137‑1 (MQ=255) tGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACCGGTGCTGGTTCGTGATGGTTTTAAGCACCTGCTACGTCAGc > 2:649085/1‑150 (MQ=255) tGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTCGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGc < 1:649085/150‑1 (MQ=255) cGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTc < 2:602459/150‑1 (MQ=255) gTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCg > 1:78153/1‑150 (MQ=255) tCGAACCCGTGCTACTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGTCCGCAGTACTGGTGCTGTTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCgg > 1:325381/1‑150 (MQ=255) cGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCGGCGTCGCCGTTCGgt < 2:806012/150‑1 (MQ=255) cccGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTaa < 1:596916/150‑1 (MQ=255) tgctgGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCAGTTCGGCTTACACCGAAc < 2:36105/150‑1 (MQ=255) ctgGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAAGCCCTCAAGCAc > 1:260674/1‑111 (MQ=255) ctgGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAAGCCCTCAAGCAc < 2:260674/111‑1 (MQ=255) gtggcgtTGCTGCTGGACGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGTTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTAccc > 1:607174/1‑150 (MQ=255) gcgtTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCGGCCAATCTGTGCCGCAGTACTGCTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTCCGTCAGCGTCGCTGTTCGGCGTGAGCCGAAACTGGCGTTCCCGtt > 2:238268/1‑149 (MQ=255) ttGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGct < 1:388528/150‑1 (MQ=255) ccATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCt < 1:595872/82‑1 (MQ=255) ccATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCt > 2:595872/1‑82 (MQ=255) cATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCAGAAGCTCTTCCACCGCCTCCAca > 2:397072/1‑149 (MQ=255) tCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGt > 1:339453/1‑150 (MQ=255) cccGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGc < 2:78153/150‑1 (MQ=255) tCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTTGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGc < 1:513746/144‑1 (MQ=255) tCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTTGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGc > 2:513746/1‑144 (MQ=255) acctacctGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAgg > 2:588055/1‑150 (MQ=255) cctacctGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGc > 1:467167/1‑150 (MQ=255) ctacctGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCGGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCGGCATCCAGCCATTCCAGGCt > 2:436279/1‑150 (MQ=255) ctacctGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGc > 2:435620/1‑149 (MQ=255) ctacctGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGc < 1:435620/149‑1 (MQ=255) ctacctGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCt > 1:723006/1‑150 (MQ=255) ccAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGt < 1:609473/150‑1 (MQ=255) cGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATc > 2:109946/1‑150 (MQ=255) tgctggtgctTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTc < 1:727096/150‑1 (MQ=255) gctggtgctTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCTGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTcc < 1:238268/150‑1 (MQ=255) ctggtgctTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCa < 2:723006/150‑1 (MQ=255) ttGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCt > 1:30493/1‑150 (MQ=255) ttGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCt > 2:712169/1‑150 (MQ=255) tGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCtc < 1:588055/150‑1 (MQ=255) gAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCACTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCtca > 1:577587/1‑150 (MQ=255) aGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGcc > 1:654137/1‑47 (MQ=255) aGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGcc < 2:654137/47‑1 (MQ=255) aGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCtcat < 2:30493/150‑1 (MQ=255) aGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCtcat > 1:71036/1‑150 (MQ=255) ggCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCtcatca < 1:110981/150‑1 (MQ=255) | TGCCATTCAGCCTGTTCGGCCTGCTCAGCTACGTCGAACCCGTGCTGCTGGTAGGCGTGGCGTTGCTGCTGGGCGAAACCATCGGCCCGGATCAGTGGCTGACCTACCTGCCAATCTGGGCCGCAGTACTGGTGCTGGTGCTTGAGGGCTTCAAGCACCTGCTACGTCAGCGTCGCCGTTCGGTGTAAGCCGAACCTGGCGTACCCGTCGCTCTTCAACCGCCTCCACGGTCAGCATCCAGCCATTCCAGGCTAGCCGGTCACCGACCATCGGCAGGCGGTCCAGCAAGCTCATCA > NC_002947/3893381‑3893676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |