| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,980,326 | C→G | 8.8% | D117H (GAC→CAC) ‡ | cobN ← | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,980,326 | 0 | C | G | 8.8% | 133.4 / 3.3 | 45 | D117H (GAC→CAC) ‡ | cobN | aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/18); new base G (2/2); total (25/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
TCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCG > NC_002947/3980184‑3980475 | tCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGccc < 2:352028/150‑1 (MQ=255)tCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGACAGCTCCGGTGCCGGGCGATGATCGccc > 2:677858/1‑150 (MQ=255) gcgGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGAAGTTGATCCCGTGTCCAGTCTTCGGCTTTCCGCCCTGGCGCAGATAATGCTAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGATGACCGCCCgg < 1:405321/150‑1 (MQ=255) 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aTTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCa > 1:269108/1‑150 (MQ=255) tggctggcCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGc < 2:235389/150‑1 (MQ=255) aGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCa < 2:116291/150‑1 (MQ=255) ttGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGggcg < 1:526581/150‑1 (MQ=255) cAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAg > 1:185943/1‑150 (MQ=255) 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cTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGAc > 1:588882/1‑150 (MQ=255) cTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGAc > 2:215431/1‑150 (MQ=255) ttGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCa < 2:334951/109‑1 (MQ=255) ttGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCa > 1:334951/1‑109 (MQ=255) gccCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTa < 1:215431/150‑1 (MQ=255) cacTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGTTCCGGGCGATCATCGCCCCACAACTGAAT‑AGCGTACTCTCAACGGCCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGcctgag > 2:22561/3‑146 (MQ=255) ccTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAgc > 2:157094/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAgc < 2:588882/150‑1 (MQ=255) cgcAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAg < 1:157094/150‑1 (MQ=255) aaTGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAgtt < 2:65292/123‑1 (MQ=255) aaTGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAgtt > 1:65292/1‑123 (MQ=255) gCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGt > 1:470645/1‑150 (MQ=255) cTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGacac > 1:322436/1‑150 (MQ=255) gCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCa > 1:156025/1‑150 (MQ=255) tCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAgg > 1:735478/1‑150 (MQ=255) aCCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCCGC‑AGCTCGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGAt < 1:149358/150‑1 (MQ=255) aCCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTc > 1:693599/1‑102 (MQ=255) aCCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTc < 2:693599/102‑1 (MQ=255) aCCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGAt > 1:265071/1‑150 (MQ=255) cccAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTtggcgtgg < 2:322436/150‑1 (MQ=255) cccAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTtggcgtgg > 2:447573/1‑150 (MQ=255) cccAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTtggcgtgg < 2:841429/150‑1 (MQ=255) ccAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTtggcgtggc > 1:428117/1‑150 (MQ=255) 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TCGCGGCCCAGCCATTGGCTGGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCGGGCGGTCATCGCCCGGCACCAGAATCAGC‑TGCACGCCACGGGCGGCCAGCTCGACCAGTTGTTCGACGCCGTAGCGCCAGTAGCCAACGCCACCGTGCAGCGACACCAGGATGACCTTGGCGTGGCGCAGCACCTGGTCGACATACAGGTCGACCG > NC_002947/3980184‑3980475 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |