Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,006,640 | G→C | 9.3% | A427G (GCC→GGC) | PP_3535 ← | gamma‑glutamyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,006,640 | 0 | G | C | 9.3% | 125.7 / 5.3 | 43 | A427G (GCC→GGC) | PP_3535 | gamma‑glutamyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/15); new base C (2/2); total (26/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.42e-01 |
CGGCTGCACCCGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGAT‑GAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGCTCGCCGATCAGCGCCGCGCGGCTG > NC_002947/4006501‑4006786 | cGGCTGCACCCGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGAT‑GAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGtt < 2:367772/150‑1 (MQ=255) cGGCTGCACCCGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGAT‑GAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTAAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGtt < 2:496645/150‑1 (MQ=255) cGGCTGCACCCGATTGGCCACAGGCTTCCCGTGCTCGTGGGGGATCGCAC‑CTAATTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGtt < 1:53077/150‑1 (MQ=255) gATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGAT‑GAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGt < 1:28900/141‑1 (MQ=255) gATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGAT‑GAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGt > 2:28900/1‑141 (MQ=255) ttGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGAC‑GCAGGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCATTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCa > 1:627351/1‑150 (MQ=255) tGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGAT‑GAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCAc < 2:207766/150‑1 (MQ=255) ttGCCGTGCTCGTGGGGGAT‑GAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGCCCTGGccatg < 1:331142/125‑4 (MQ=255) ttGCCGTGCTCGTGGGGGAT‑GAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGCCCTGGccatg > 2:331142/1‑122 (MQ=255) ggggAT‑GAACGAGAAGTCGGTCAGCTGACTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCACGGCCTGGCCGTTGTCCTCCACCGCACCGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAg > 2:405610/1‑150 (MQ=255) aCGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGAAGGGAGACTTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGc < 2:627351/150‑1 (MQ=255) gaAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTc < 2:59191/150‑1 (MQ=255) tCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCTAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGgc > 1:463789/1‑150 (MQ=255) cTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAgcgc > 1:738909/1‑150 (MQ=255) gAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGc > 1:661583/1‑150 (MQ=255) aGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTc > 2:259542/1‑146 (MQ=255) aGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTc < 1:259542/146‑1 (MQ=255) gAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCGCCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTg > 1:810681/1‑150 (MQ=255) gAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGt > 2:182650/1‑92 (MQ=255) gAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGt < 1:182650/92‑1 (MQ=255) gAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCttt > 1:216826/1‑149 (MQ=255) tGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTg > 2:292200/1‑58 (MQ=255) tGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTg < 1:292200/58‑1 (MQ=255) ggTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACGGTGTCGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACggg > 1:240068/1‑150 (MQ=255) gTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTc > 1:615422/1‑123 (MQ=255) gTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTc < 2:615422/123‑1 (MQ=255) gTGCGAGCCAAATGCGGCATCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGgc > 1:19741/1‑150 (MQ=255) tGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGgcg > 2:570516/1‑150 (MQ=255) gAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGgcgcgc > 2:174831/1‑150 (MQ=255) gAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGgcgcgc > 1:749531/1‑150 (MQ=255) ccAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGGGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGCCGGGCGCGCTTc > 2:160395/1‑150 (MQ=255) aaTGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGAAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATg > 1:656162/1‑150 (MQ=255) aTGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGc > 1:479425/1‑150 (MQ=255) tGCGGCCTCCAACGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGTGGTCAGCGGGTGAGATGCCTCGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCt < 1:488013/150‑1 (MQ=255) cTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGCTc > 2:561587/1‑150 (MQ=255) cACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGCTCGcc > 2:588147/1‑150 (MQ=255) ccGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCgg < 1:627971/84‑1 (MQ=255) ccGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCgg > 2:627971/1‑84 (MQ=255) aacggCCAGGCCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGa > 1:732300/4‑66 (MQ=255) aacggCCAGGCCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGa < 2:732300/63‑1 (MQ=255) aTGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACACACGCGCTTCATGCTGTGCTCGCCGATCAGCGCcgcg > 2:69286/1‑150 (MQ=255) ggCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGCTCGCCGATCAGCGCcgcgcg < 1:561587/150‑1 (MQ=255) aGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGCTCGCCGATCAGCGCCGCGCGGCTg < 2:463789/150‑1 (MQ=255) | CGGCTGCACCCGATTGGCCACAGGCTTGCCGTGCTCGTGGGGGAT‑GAACGAGAAGTCGGTCAGCTGATTGTTGAGCAGGAAGCCCTTGACCATCAGGTGCGAGCCAAATGCGGCCTCCACCGAGGTGGTCATGGCCAGGGCCTGGCCGTTGTCATCCACCGCACTGAGGTGAGAGGTGGAGATGCGCAGTGGCGAGCGGTCGGGCGCAAGCGCCAGGTCCGCTCCTTGCGGCTGGCCCGGACGGGCGCGCTTCATGCTGTGCTCGCCGATCAGCGCCGCGCGGCTG > NC_002947/4006501‑4006786 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |