| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,244,402 | G→C | 12.5% | S221R (AGC→AGG) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,244,402 | 0 | G | C | 12.5% | 128.2 / 10.9 | 48 | S221R (AGC→AGG) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/21); new base C (3/3); total (24/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
GCAAGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCG > NC_002947/4244254‑4244544 | gCAAGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGc < 1:125208/150‑1 (MQ=255) gCATGCACAGGGCGCGGTTTTCACGCTGTGTCGATCGTGACGACGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGa < 2:472252/150‑1 (MQ=255) gCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGCCTGCCgggcatgg < 1:246415/150‑6 (MQ=255) cATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGCCTGCCgggcatggc < 1:303206/150‑7 (MQ=255) aGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCg > 2:38306/1‑150 (MQ=255) ggCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGAAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGcc < 1:755210/150‑1 (MQ=255) gCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGGCGGTGCTGTGGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGCTGCTCCTTGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCt < 1:270900/150‑1 (MQ=255) gAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTc < 2:725941/150‑1 (MQ=255) ggTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCt < 2:450309/146‑1 (MQ=255) ggTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCt > 1:450309/1‑146 (MQ=255) tttCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGACAGGCTGcc > 2:799322/1‑124 (MQ=255) tttCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGACAGGCTGcc < 1:799322/124‑1 (MQ=255) aGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACagcagc > 2:306202/1‑150 (MQ=255) tGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTGCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑AATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCg < 1:659880/150‑1 (MQ=255) gCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCgg > 2:623228/1‑117 (MQ=255) gCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCgg < 1:623228/117‑1 (MQ=255) gCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCACATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCACTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAg > 1:58874/1‑150 (MQ=255) tGTCGAGCCGACCACCCACCCCAT‑CGCTGAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTc > 1:451161/1‑150 (MQ=255) gAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTTGCATCAAGCCC‑CTAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTAGCCTTTCTCCAGCAATTGCCTGGAGACCTCGTCagag > 1:15723/1‑150 (MQ=255) accaccCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAgt < 1:202761/150‑2 (MQ=255) acccacccCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTTGCCGTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCcac > 1:93439/1‑150 (MQ=255) cATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCGGAGATCAGCCACAGATCATg < 1:306202/150‑1 (MQ=255) cATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATg < 1:836647/150‑1 (MQ=255) tGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATggg < 1:533237/150‑1 (MQ=255) gcgc‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGc < 1:38306/150‑1 (MQ=255) gc‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCaa > 1:221501/1‑150 (MQ=255) gCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGca > 1:726900/1‑150 (MQ=255) aTGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAg > 1:605306/1‑150 (MQ=255) gATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGACCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGcc > 2:344699/1‑150 (MQ=255) aTTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCt > 2:763014/1‑150 (MQ=255) tttGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGcaca > 1:254152/1‑134 (MQ=255) tttGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGcaca < 2:254152/134‑1 (MQ=255) aCAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCTCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTTCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAgg < 2:351316/150‑1 (MQ=255) aCAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAgg < 1:838703/150‑1 (MQ=255) aGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTg > 1:268212/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGgc > 1:725895/1‑150 (MQ=255) aaCGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGc > 2:827775/1‑150 (MQ=255) aaCGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGCGCCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGc < 1:779851/150‑1 (MQ=255) aGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGc > 1:388352/1‑150 (MQ=255) cgcTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGcaact < 1:763014/150‑5 (MQ=255) tCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGaa < 1:827775/150‑1 (MQ=255) tCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCAACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGaa < 1:228456/150‑1 (MQ=255) gccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtgt > 2:842568/3‑150 (MQ=255) ccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATgg < 2:163822/84‑1 (MQ=255) ccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATgg > 1:163822/2‑85 (MQ=255) ccccGGCAGCCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTtgtg > 1:141086/2‑150 (MQ=255) cccGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAACCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGATGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGc > 2:153149/1‑150 (MQ=255) ccGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCg > 2:383635/1‑150 (MQ=255) | GCAAGCCGTAGAGCATGCACAGGGCGAGGTTTTCCAGATGCGTGGCCAGTGCTGTCGAGCCGACCACCCACCCCATGCGC‑CAGCCGGTCATGGCATGCGATTTGGACAGGCTGTTCAACGTTGCAGTGCGCTCGGC‑CATGCCCGGCAGGCTGCCGGGGCTGACATGCTCGCCTTCATACAGCAGCTCGCTGTAGACCTCGTCAGAGATCAGCCACAGATCATGGGCAACGCACAGTTCGGCCAGCGCCTCCCAGGTGGCGCGCGGCAGGCTCGCCCCTGAAGGGTTGTGCG > NC_002947/4244254‑4244544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |