| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,274,674 | G→T | 12.1% | S196I (AGC→ATC) | glcD → | glycolate oxidase FAD‑linked subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,274,674 | 0 | G | T | 12.1% | 108.1 / 2.0 | 39 | S196I (AGC→ATC) | glcD | glycolate oxidase FAD‑linked subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/20); new base T (2/3); total (16/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTGGCCAGTTTCGACAGCGTCGA > NC_002947/4274529‑4274821 | ccTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGAt < 2:510908/150‑1 (MQ=255) ttCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGc < 2:351416/150‑1 (MQ=255) cTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCt < 2:519518/150‑1 (MQ=255) gCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGa < 2:361149/150‑1 (MQ=255) gATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTc > 2:505025/1‑148 (MQ=255) gATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTc < 1:505025/148‑1 (MQ=255) gATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGa < 1:247936/150‑1 (MQ=255) aaCGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCa > 1:765216/1‑150 (MQ=255) cGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCAt > 1:2294/1‑150 (MQ=255) cGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCAt < 2:514689/150‑1 (MQ=255) gAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATc < 1:127440/150‑1 (MQ=255) gAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATc < 2:765216/150‑1 (MQ=255) tGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAgg < 1:709957/150‑1 (MQ=255) gTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATg > 2:593752/1‑150 (MQ=255) cACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTc > 2:788556/1‑150 (MQ=255) tCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCAGGGCATCGCTGccca < 2:416707/88‑2 (MQ=255) tCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCAGGGCATCGCTGccca > 1:416707/1‑87 (MQ=255) gCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAg > 1:311066/1‑150 (MQ=255) ccTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCATCGCTGccc < 1:199100/77‑1 (MQ=255) ccTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCATCGCTGccc > 2:199100/1‑77 (MQ=255) acacAATGTACTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGTGCAGCGATCCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGTCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCaa < 2:175362/150‑1 (MQ=255) cTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTTGAATTGTTCATCGGCGCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGccc > 1:443932/1‑150 (MQ=255) gTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGCCCATCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGccc < 1:396991/150‑1 (MQ=255) tGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGcccc < 1:788556/150‑1 (MQ=255) cATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCAt < 2:429573/77‑1 (MQ=255) cATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCAt > 1:429573/1‑77 (MQ=255) cATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGt < 2:311066/150‑1 (MQ=255) aTCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTg < 1:593752/150‑1 (MQ=255) aTCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTg > 2:699795/1‑150 (MQ=255) tCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTgg < 1:691128/150‑1 (MQ=255) ggCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTg > 1:346062/1‑150 (MQ=255) gCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCAACGCGAGCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTgg > 1:692068/1‑150 (MQ=255) cGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTGGc < 2:346062/150‑1 (MQ=255) cTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTGGCCAGTTTc > 1:844779/1‑150 (MQ=255) cTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACACCCCCGGCTGCGCCCTGCTGGCAGTGTTCACCTGCTCCGAACTGATGCTCGGTCTGGTCGTCGAAGGCACCGGCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTTGCCAGTTTc > 1:619246/1‑150 (MQ=255) gAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTCTCGTCACCGAAGTAGCCGTCAAGCTGCTGCCCAATCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTGGCCAGTTTCGa < 1:531932/150‑1 (MQ=255) gggCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCgg > 2:160481/1‑124 (MQ=255) gggCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCgg < 1:160481/124‑1 (MQ=255) cAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTGGCCAGTTTCGACAGCGTCGa < 2:2294/150‑1 (MQ=255) | CCTTCCTCGCAAATTGCCTGCTCGATCGGTGGCAACGTCGCCGAAAACGCCGGTGGCGTGCACTGCCTCAAGTACGGCCTGACCGTACACAATGTGCTCAAGGTGGACATCCTTACGGTCGAGGGCGAACGCCTGAGCCTGGGCAGCGATGCCCTGGACAGCCCCGGCTTCGACCTGCTGGCATTGTTCATCGGCTCCGAAGGCATGCTCGGTATCGTCACCGAAGTCACCGTCAAGCTGCTGCCCAAGCCCCAGGTGGCGCGGGTGATACTGGCCAGTTTCGACAGCGTCGA > NC_002947/4274529‑4274821 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |