Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,293,590 | T→A | 9.3% | Q153L (CAG→CTG) | PP_3763 ← | precorrin‑6A synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,293,590 | 0 | T | A | 9.3% | 121.3 / 4.9 | 43 | Q153L (CAG→CTG) | PP_3763 | precorrin‑6A synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/22); new base A (2/2); total (19/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.47e-01 |
CCAGTAGATGGTCAACGCCGGGTCATCGAGCCCGGCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACAGGGTGGGCTCGCCCCACAGCAGGAAGGCCCCCGTTTCA > NC_002947/4293442‑4293739 | ccAGTAGATGGTCAACGCCGGGTCATCGAGCCCGGCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTg > 1:786849/1‑150 (MQ=255) gTCAACGCCGGGTCATCGAGCCCGGCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTgccgcgcc < 2:405255/150‑1 (MQ=255) aaCGCCGGGTCATCGAGCCCGGCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCgccgcc > 1:717776/1‑150 (MQ=255) aaCGCCGGGTCATCGAGCCCGGCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCgccgcc > 1:66793/1‑150 (MQ=255) aCGCCGGGTCATCGAGCCCGGCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCa < 2:701994/150‑1 (MQ=255) aCGCCGGGTCATCGAGCCCGGCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCa > 2:178159/1‑150 (MQ=255) gggTCATCGAGCCCGGCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATTCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGcc < 1:21261/150‑1 (MQ=255) ccGGCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACActgctg < 2:498588/150‑1 (MQ=255) cgtcAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGCGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGa < 1:550670/147‑1 (MQ=255) cGGCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGa < 2:88740/150‑1 (MQ=255) ggCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCTAGCGCCTGCACACTGCTGAt > 1:571480/1‑150 (MQ=255) ggCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGAt > 2:804525/1‑150 (MQ=255) aaGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCa > 1:115549/1‑150 (MQ=255) aGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAg < 2:66793/150‑1 (MQ=255) tGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCTGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGAcc < 2:571480/150‑1 (MQ=255) cGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCa > 1:546205/1‑150 (MQ=255) gCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCa > 2:159229/1‑150 (MQ=255) aTCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGc > 1:501856/1‑150 (MQ=255) accaccacATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTc > 1:311651/1‑150 (MQ=255) tCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTcg < 2:786849/150‑1 (MQ=255) tCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTcg > 2:354012/1‑150 (MQ=255) cAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGGCGGGGGCTCGCCGATGCGGTTGACCGGGCCCTGGTGCCGCGCCGCCAGCTCCGGCACACCGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGaa < 2:837907/150‑1 (MQ=255) tCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCAAGCTTTGACCTGCAAGCGCAGCGTCCCGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGt > 1:270089/1‑150 (MQ=255) ggCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTAt < 2:717776/150‑1 (MQ=255) cGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGGGTATGCGCAgg < 1:178159/150‑1 (MQ=255) tCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGt > 1:325568/1‑150 (MQ=255) gCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGc > 1:750807/1‑150 (MQ=255) cGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTc < 2:337207/150‑1 (MQ=255) aaCACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAgg < 2:786604/138‑1 (MQ=255) aaCACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAgg > 1:786604/1‑138 (MQ=255) aaCACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTAc > 1:376337/1‑150 (MQ=255) acacGGTCAGGAGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACa < 2:581129/150‑1 (MQ=255) acGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACAgg < 1:607650/150‑1 (MQ=255) acGGGCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACAgg < 2:311651/150‑1 (MQ=255) cGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACAggg < 1:354012/150‑1 (MQ=255) ggTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGTTCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACAGGGt < 2:797332/150‑1 (MQ=255) ggggCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACAGGGTGGGCt < 1:526846/150‑1 (MQ=255) gCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACAGGGTGGGCTCGc < 2:115549/150‑1 (MQ=255) gCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCACTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACAGGGTGGGCTCGc < 2:546205/150‑1 (MQ=255) ggcgCGGCACCAGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCa > 2:731019/4‑93 (MQ=255) ggcgCGGCACCAGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCa < 1:731019/90‑1 (MQ=255) ggcgCGGCACCAGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACAGGGTggg < 2:563837/127‑1 (MQ=255) ggcgCGGCACCAGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACAGGGTggg > 1:563837/4‑130 (MQ=255) tGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACAGGGTGGGCTCGCCCCACAGCAGGAAGGCCCCCGTTTCa > 1:110645/1‑150 (MQ=255) | CCAGTAGATGGTCAACGCCGGGTCATCGAGCCCGGCAAAGGCGCACTGCCCGTCGAGCATCACCACCACATTATCGACAGCCCCCTGCTCGGCCAGGCGTCGCCCCGGCAACACGGTCAGGGGCTCGCCGATGCGGTTGAGCGGCACCTGGTGCCGCGCCGCCAGCGCCTGCACACTGCTGATGCCAGGGATGACCTGCAAGCGCAGCGTCACGCCCTGTTCGCGAACCAGGTCGAGTATGCGCAGGGTGCTGTCGTACAGGGTGGGCTCGCCCCACAGCAGGAAGGCCCCCGTTTCA > NC_002947/4293442‑4293739 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |