| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,348,749 | A→G | 58.7% | intergenic (‑70/+404) | PP_3820 ← / ← galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,348,749 | 0 | A | G | 58.7% | 8.4 / 45.5 | 46 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/9); new base G (15/12); total (25/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
GCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACC > NC_002947/4348637‑4348892 | gCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCaa > 2:532676/1‑150 (MQ=17) cATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAg > 1:168522/1‑150 (MQ=32) cATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAg < 1:82199/150‑1 (MQ=33) aTTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGc < 1:836700/150‑1 (MQ=21) ttACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCg > 2:232254/1‑150 (MQ=21) cGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGtgc > 1:74706/1‑148 (MQ=21) ggTTACCAACGAGACGGCGACGCCTAATGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGAGACGCGGTTAAC‑‑CGCCCCTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGACTTTCTACGAGTGGCGTCACAGTGGCAAGCGTA‑cc > 2:199766/1‑149 (MQ=11) ttACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGa > 1:706373/1‑150 (MQ=25) gcggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑Tc > 1:688840/1‑150 (MQ=35) cggcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑Tcc < 1:39367/150‑1 (MQ=35) gcATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTg > 1:705853/1‑150 (MQ=35) cATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGc < 1:532676/150‑1 (MQ=25) cATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCCCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGc < 1:703534/150‑1 (MQ=25) cTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGc < 2:168522/150‑1 (MQ=35) ttCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTg > 2:835475/1‑150 (MQ=25) cGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTc < 1:199766/150‑1 (MQ=25) cccTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGa > 1:228037/1‑150 (MQ=25) ggtggCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAc < 2:688840/150‑1 (MQ=35) ggtggAGCTCTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGATTCGGCTGACTTCTGCACGCTGGTCCCGTCTTCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TTCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAc < 2:323984/150‑1 (MQ=11) agtggcgGTTAACCGCGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTAc > 1:845452/5‑150 (MQ=255) gcgGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTcaca < 1:208476/150‑1 (MQ=25) cgGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAgg > 2:317481/1‑102 (MQ=255) cgGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAgg < 1:317481/102‑1 (MQ=255) ttAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCGTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTCTCGGATCTACGTCACAGCGt > 2:847412/1‑150 (MQ=255) c‑‑cGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGc < 2:517441/123‑1 (MQ=37) c‑‑cGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGc > 1:517441/1‑123 (MQ=35) cACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa < 2:733672/78‑1 (MQ=255) cACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa > 1:733672/1‑78 (MQ=255) cACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCa > 2:405904/1‑150 (MQ=35) aCTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCaa < 2:706373/150‑1 (MQ=25) ttACTACGGCTTCGACTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGt > 2:73039/1‑150 (MQ=255) ctacGTCTTCGGCCGACTTCTGCACACTCGTCCCTTCGCTTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCATAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATTTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTAtt < 2:74706/150‑1 (MQ=11) acGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTgg < 2:705853/150‑1 (MQ=35) gCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCGCACCTCTCCT‑‑TCATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCt > 2:22631/1‑150 (MQ=11) ttCGGCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCttt > 1:236820/1‑150 (MQ=25) ggCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTca > 1:841782/1‑120 (MQ=255) ggCTGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTca < 2:841782/120‑1 (MQ=255) tGACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGGCGCGCGTTAGAACGGGGGCGGGAGCATCATA‑CTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGAt > 2:247056/1‑150 (MQ=11) ttCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 1:73039/150‑1 (MQ=25) ttCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt > 2:196271/1‑150 (MQ=25) ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 2:845004/150‑1 (MQ=34) ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt > 1:343264/1‑150 (MQ=35) ttCTGCAAGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt > 1:599321/1‑150 (MQ=255) cTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGc < 2:228037/150‑1 (MQ=25) cACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAc > 2:66376/1‑150 (MQ=35) aCGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCAcc < 1:773986/150‑1 (MQ=35) | GCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAAC‑‑CGCCACTTACTACGGCTTCGGCTGACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTA‑CAGATCTCCCAGGGTAATTCGCGCG‑ACCT‑TCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACC > NC_002947/4348637‑4348892 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |