| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 348,673 | C→T | 17.4% | A186V (GCG→GTG) | PP_0288 → | oxalate/formate antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 348,673 | 0 | C | T | 17.4% | 43.1 / 4.3 | 23 | A186V (GCG→GTG) | PP_0288 | oxalate/formate antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/8); new base T (2/2); total (13/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 | |||||||||||
CATCAGCTGTGGCTGATGTGGCTTGGCTCGGGCGTGATTGGCGGTATCGGTCTGGGCCTGGGCTACATCTCACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCAGAGCTTTGTCGCCATGGCGGCGATCTACTTCGTGTTCATGACCGCTGGCGCCC > NC_002947/348543‑348822 | cATCAGCTGTGGCTGATGTGGCTTGGCTCGGGCGTGATTGGCGGTATCGGTCTGGGCCTGGACTACATCTCACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTcggcggc > 1:652514/1‑150 (MQ=255) cTGATGTGGCTTGGCTCGGGCGTGATTGGCGGTATCGGTCTGGGCCTGGGCTACATCTCACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGTCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTc > 2:479456/1‑150 (MQ=255) ggcttggctCGGGCGTGATTGGCGGTATCGGTCTGGGCCTGGGCTACATCTCACCCGTGTCGACCTTGATCAGGTGGTTGCCGGACAAACGCGGCATTGCCACCGCTATGGCGATCATGGCGCTCGGGGGCCGAGGCCTGGTGGGGgcgc > 2:138311/1‑150 (MQ=255) gcttggctCGGGCGTGATTGGCGGTATCGGTCTGGGCCTGGGCTACATCTCACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGcgcc > 1:735093/1‑150 (MQ=255) gggCGTGATTGGCGGTATCGGTCTGGGCCTGGGCTACATCTCACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGTCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCAc < 1:479456/150‑1 (MQ=255) ggCGGTATCGGTCTGGGCCTGGGCTACATCTCACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATg < 2:217658/150‑1 (MQ=255) tCTGGGCCTGGACTACATCTCACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTgg < 2:652514/150‑1 (MQ=255) ggcctgggcTACATCTCACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAAt < 1:62525/150‑1 (MQ=255) tctcACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGTGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTg < 1:483017/107‑1 (MQ=255) tctcACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGTGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTg > 2:483017/1‑107 (MQ=255) tctcACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGTGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTg < 1:482766/107‑1 (MQ=255) tctcACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGTGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTg > 2:482766/1‑107 (MQ=255) gtCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCa < 2:735093/150‑1 (MQ=255) tCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCag > 2:560931/1‑150 (MQ=255) aCCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCAGAGc > 1:635459/1‑150 (MQ=255) gTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCAGAGCTTTGTCGCCAt < 1:227581/150‑1 (MQ=255) cGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCAGAGCTTTGTCGCCATGGCGGCGa > 2:776239/1‑150 (MQ=255) ggACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCAGAGCTTTGTCGCCATGGCGGCGAt > 2:741518/1‑150 (MQ=255) aaaCGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCAGAGCTTTGTCGCCATGGCGGCGATCTAc < 1:560931/150‑1 (MQ=255) gCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCAGAGCTTTGTCGCCATGGCGGCGATCTACTTCgtgt > 1:341472/1‑150 (MQ=255) gTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCAGAGCTTTGTCGCCATGGCGGCGATCTAc < 2:308930/131‑1 (MQ=255) gTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCAGAGCTTTGTCGCCATGGCGGCGATCTAc > 1:308930/1‑131 (MQ=255) gCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCAGAGCTTTGTCGCCATGGCGGCGATCTACTTCGTGTTCATGACCGCTGGCGcc > 1:116710/1‑150 (MQ=255) cGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCAGAGCTTTGTCGCCATGGCGGCGATCTACTTCGTGTTCATGACCGCTGGCGccc < 1:776239/150‑1 (MQ=255) | CATCAGCTGTGGCTGATGTGGCTTGGCTCGGGCGTGATTGGCGGTATCGGTCTGGGCCTGGGCTACATCTCACCCGTGTCGACCTTGATCAAGTGGTTCCCGGACAAACGCGGCATGGCCACCGGTATGGCGATCATGGGCTTCGGCGGCGGGGCCATGGTCGGGGCGCCGCTGGCCACCGCGCTTATGGGGCATTTTGGCAATGAGCACGAGGTTGGCGTATGGCAGAGCTTTGTCGCCATGGCGGCGATCTACTTCGTGTTCATGACCGCTGGCGCCC > NC_002947/348543‑348822 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |