Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,456,394 | A→T | 8.2% | L212Q (CTG→CAG) | PP_3950 ← | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,456,394 | 0 | A | T | 8.2% | 140.6 / 4.8 | 49 | L212Q (CTG→CAG) | PP_3950 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/24); new base T (2/2); total (23/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.95e-01 |
ATGGCGCTGGACCTGTACAGTGGCCCAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAGGGGCTGGTAGAACATCAACGTGACTTC > NC_002947/4456246‑4456539 | aTGGCGCTGGACCTGTACAGTGGCCCAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAg > 1:113644/1‑150 (MQ=255) tGGCGCTGGACCTGTACAGTGGCCCAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAgg > 1:244076/1‑150 (MQ=255) gcgcTGGACCTGTACAGTGGCCCAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTa > 1:234963/1‑150 (MQ=255) gcgcTGGACCTGTACAGTGGCCCAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTa < 1:546528/150‑1 (MQ=255) cgcTGGACCTGTACAGTGGCCCAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACACCGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAg < 1:322707/150‑1 (MQ=255) cgcTGGACCTGTACAGTGGCCCAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAg < 1:524621/150‑1 (MQ=255) tGTACAGTGGCCCAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGccc < 1:201279/150‑1 (MQ=255) gTACAGTGGCCCAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCg > 1:161276/1‑150 (MQ=255) tACAGTGGCCCAGGGCGTGCGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGa < 2:562766/150‑1 (MQ=255) gTGGCCCAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCg < 2:669017/150‑1 (MQ=255) tGGCCCAGGCCCTGTGCATCCCCTTCCTGAGGTTTTCGCCATGGCGGACACTGGCGTCCTCCACACGCGAGCGGGACAACGCGGCACCCGGCTGTACGCCAAGGGCGAACCCCGATTCCGCCACGAACACGGAGTTGTCGCCCGACCCgc > 2:670822/1‑149 (MQ=255) cccAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGCTTTCGCCATCGGTTAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGAATAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGt < 1:405157/150‑1 (MQ=255) ccAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTa > 2:504699/1‑150 (MQ=255) cAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTaa > 1:420503/1‑150 (MQ=255) gtgtGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAgg > 2:377963/1‑120 (MQ=255) gtgtGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAgg < 1:377963/120‑1 (MQ=255) gtgtGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGc < 2:482046/150‑1 (MQ=255) gtgCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGccc < 2:244076/150‑1 (MQ=255) gtgCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGccc < 2:234963/150‑1 (MQ=255) gCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAg < 2:373055/115‑1 (MQ=255) gCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAg > 1:373055/1‑115 (MQ=255) aCCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTc > 2:757180/1‑150 (MQ=255) cGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGGCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTcgc < 2:113644/150‑1 (MQ=255) ttCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGGGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCgcgc < 1:504699/150‑1 (MQ=255) gTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTg < 2:420503/150‑1 (MQ=255) gTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTg > 2:699948/1‑145 (MQ=255) gTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTg < 1:699948/145‑1 (MQ=255) gggACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGccc > 1:535166/1‑71 (MQ=255) gggACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGccc < 2:535166/71‑1 (MQ=255) ggTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACttt < 1:484232/150‑1 (MQ=255) ggCGGTATGCCGGGGTCGAAGCGCGGTTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGTTGGTTCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCg < 1:670822/150‑1 (MQ=255) gCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGt > 2:558094/1‑150 (MQ=255) gCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAg > 1:732088/1‑150 (MQ=255) gCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAg < 2:161276/150‑1 (MQ=255) ccAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAgg > 1:548608/1‑150 (MQ=255) tCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAGGGGCTgg < 2:732088/150‑1 (MQ=255) gcgATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAgg > 1:786455/1‑137 (MQ=255) gcgATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAgg < 2:786455/137‑1 (MQ=255) cgATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAGGGGCTGGTAGAACAt > 2:343633/1‑150 (MQ=255) gcCATGAACTGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAg < 2:453824/62‑1 (MQ=255) gcCATGAACTGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAg < 2:453813/62‑1 (MQ=255) gcCATGAACTGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAg > 1:453824/1‑62 (MQ=255) gcCATGAACTGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAg > 1:453813/1‑62 (MQ=255) cATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAGGGGCTGGTAGAACATCAACGTGAc > 1:114176/1‑150 (MQ=255) aTGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAGGGGCTGGTAGAACATCAACGTGACt > 2:743364/1‑150 (MQ=255) tGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAGGGGCTGGTAGAACATCAACGTGACtt < 1:743364/150‑1 (MQ=255) gAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAgggg < 2:588401/126‑1 (MQ=255) gAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAgggg > 1:588401/1‑126 (MQ=255) gAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAGGGGCTGGTAGAACATCAACGTGACTTc > 1:89132/1‑150 (MQ=255) | ATGGCGCTGGACCTGTACAGTGGCCCAGGGCGTGTGCATACCGTTCTTGAGGTTTTCGCCATGGGTGAAAGTGGCGTCCTCGAAACGCGAGCGGGACAACGCGGTACCGGGCTGTATGCCAGGGTCGAAGCGCGATTGCGCCATGAACAGGTAGTTGTCGCCCGACTCGGGGTAAATGTGCCCTGCCTCGCGCTGGATCAGGTCACCCAGCACATCGTTGGGCACCCGCCCACACAGACAACCCAGCACTTTGCCCTCGTGCATGAGGGGCTGGTAGAACATCAACGTGACTTC > NC_002947/4456246‑4456539 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |